PacBio 2+3 разтвор на mRNA с пълна дължина
Характеристики
● Дизайн на изследването:
Обединена проба, секвенирана с PacBio, за идентифициране на транскриптни изоформи
Отделни проби (повторения и условия за тестване), секвенирани сNGS за количествено определяне на експресията на транскрипта
● PacBio секвениране в CCS режим, генериращо HiFi показания
● Секвениране на пълните транскрипти
● Анализът не изисква референтен геном; въпреки това, той може да бъде използван
● Биоинформатичният анализ включва не само експресия на генно и изоформно ниво, но също така анализ на lncRNA, генни сливания, полиаденилация и генна структура
Предимства
● Висока точностHiFi отчита с точност >99,9% (Q30), сравнима с NGS
● Анализ на алтернативно снажданеСеквенирането на всички транскрипти позволява идентифициране и характеризиране на изоформите.
● Комбинация от силни страни на PacBio и NGSТова позволява количествено определяне на експресията на ниво изоформа, разкривайки промяна, която може да бъде маскирана при анализа на цялостната генна експресия.
● Обширна експертизаОбработили сме над 2300 проби, нашият екип внася богат опит във всеки проект.
● Следпродажбено обслужванеНашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Изисквания за проба и доставка
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| PolyA обогатена mRNA CCS библиотека | PacBio Продължение II PacBio Revio | 20/40 Гб 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Обогатен с поли А | Илумина PE150 | 6-10 Гб | Q30≥85% |
Нуклеотиди
|
| Конц. (нг/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност |
| Библиотека Илюмина | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Ограничено или никакво замърсяване с протеини или ДНК, наблюдавано върху гела. | За растения: RIN≥4.0; За животни: RIN ≥ 4,5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничена или никаква елевация на базовата линия |
| Библиотека PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Ограничено или никакво замърсяване с протеини или ДНК, наблюдавано върху гела. | Растения: RIN≥7.5 Животни: RIN ≥ 8,0 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничена или никаква елевация на базовата линия |
Препоръчителна доставка на проби
Контейнер: 2 ml центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране + повторение, например A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед:Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. RNAstable епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в RNA стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и транспортирани при стайна температура.
Включва следния анализ:
- Сурови данни
- Контрол на качеството
- Алтернативен полиаденилационен анализ (APA)
- Анализ на фюжън транскрипт
- Алтернативен анализ на сплайсинга
- Сравнителен анализ на универсални еднокопийни ортологи (BUSCO)
- Анализ на нови транскрипти: предсказване на кодиращи последователности (CDS) и функционална анотация
- lncRNA анализ: предсказване на lncRNA и мишени
- Идентификация на микросателити (SSR)
- Анализ на диференциално експресирани транскрипти (DET)
- Анализ на диференциално експресирани гени (DEG)
- Функционална анотация на DEG и DET
BUSCO анализ
Алтернативен анализ на сплайсинга
Алтернативен полиаденилационен анализ (APA)
Диференциално експресирани гени (DEG) и транскрипти (DETs9 анализ)
Мрежи за взаимодействие протеин-протеин на DET и DEG
Разгледайте напредъка, улеснен от пълнометражното секвениране на иРНК PacBio 2+3 на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации.
Chao, Q. et al. (2019) „Динамиката на развитието на транскриптома на стъблото на Populus“,Списание за растителна биотехнология, 17(1), стр. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) „Динамични промени в съдържанието на аскорбинова киселина по време на развитието и узряването на плодовете на Actinidia latifolia (богата на аскорбат плодова култура) и свързаните с тях молекулярни механизми“,Международно списание за молекулярни науки, 23(10), стр. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) „Ефективно предсказване на гени за биосинтетични пътища, участващи в биоактивни полифилини в Paris polyphylla“,Комуникационна биология2022 5:1, 5(1), стр. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) „Комбиниран PacBio Iso-Seq и Illumina RNA-Seq анализ на транскриптомните и цитохром P450 гени на Tuta absoluta (Meyrick)“,Насекоми, 14(4), стр. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) „Изследване на сложността на транскриптомите, използващо PacBio анализ в реално време на единични молекули, комбиниран със секвениране на РНК на Illumina, за по-добро разбиране на биосинтеза на рицинолова киселина в Ricinus communis“,BMC Genomics, 20(1), стр. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
