Секвениране на целия геном на растение/животно
1. Предимства на услугата
Обширен опит в геномното секвениране на над 1000 вида.
Над 800 публикувани случая с акумулативен импакт фактор над 4000.
Цялостен биоинформатичен анализ на извикване на вариации и функционален анализ.
2. Сервизни спецификации
| Платформа | Библиотека | Препоръчителна дълбочина на сек | |
| Илюмина | PE 150 | За SNP, InDel извикване ≥ 10x За SV, CNY разговори ≥ 30x
| |
| Нанопора
| 8 kb | За SV, CNY разговори ≥ 20x | |
| Пакбио | CCS | 15 kb | За SNP, InDel, SV, CNY разговори ≥ 10x |
3. Примерни изисквания
| Платформа | Конц.(ng/μL)
| Количество (ng)
| Чистота
| Агарозен гел
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Ясна основна лента без или ограниченаразграждане, наблюдавано върху гел. 2. Без или ограничено замърсяване с РНК или протеин
| ||||
| Илюмина | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Нанопора
| ≥30 | Зависи от добива на данни 10μg/клетка | 1,7-2,2 | ≥1,5 | ||
| Пакбио | CCS | ≥50 | 1,7-2,2 | 1,8-2,5 | ||
4. Биоинформационен анализ
5. Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Екстракция на ДНК
Изграждане на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Доставка на данни
1) Статистика на геномното картографиране
Таблица 1 Статистика на резултата от картографирането
Фигура 1 Разпределение на размера на вложката и покритието на четенията.
2) Откриване на промени
Фигура 2 Статистика и анотация на SNP/INDEL/SV сред пробите
Фигура 3 Разпределение на вариациите в целия геном
3) Функционална анотация на вариациите
| 2019 г | Комуникации с природата | Ресеквенирането на целия геном разкрива произхода на Brassica napus и генетичните локуси, участващи в неговото подобряване |
| 2020 г | PNAS | Еволюционният произход и историята на опитомяването на златната рибка (Carassius auratus) |
| 2021 г | Вестник за растителна биотехнология | Референтни геноми на двата култивирани вида юта |
| 2021 г | Вестник за растителна биотехнология | Геномни сигнатури на алополиплоид от зеленчуци и маслодайни семена Brassicajuncea и генетични локуси, контролиращи натрупването на глюкозинолати |
| 2019 г | Молекулярно растение | Повторното секвениране на целия геном на световна колекция от рапични семена разкрива генетична основа на тяхната екотипова дивергенция |
| 2022 г | Изследвания в градинарството | Геномният асоциационен анализ предоставя молекулярна представа за естествената вариация на размера на семките на динята |
| 2021 г | Вестник за експериментална ботаника | Проучване за асоцииране в целия геном идентифицира варианти на GhSAD1, придаващи устойчивост на студ в памука |
| 2021 г | Вестник за експериментална ботаника | Проучване на асоциацията в целия геном и сравнение на транскриптоми разкриват нови QTL и кандидат гени, които контролират размера на венчелистчетата в рапицата |
