Секвениране на целия геном на растения/животини
Характеристики на услугата
Де ново
Тази техника е особено полезна при предизвикателни геноми, като например такива с висока степен на хетерозиготност, повтарящи се региони, полиполоидни геноми, анормално CG съдържание и др.
Нашето универсално решение предоставя интегрирани услуги за секвениране и биоинформатичен анализ, които осигуряват висококачествен de novo сглобен геном. Първоначалното геномно проучване с Illumina предоставя оценки за размера и сложността на генома и тази информация се използва за насочване на следващата стъпка - секвениране на дълги четения с PacBio HiFi, последвано от...де новосглобяване на контиги. Последващото използване на HiC сглобяване позволява закотвянето на контигите към генома, получавайки сглобяване на хромозомно ниво. Накрая, геномът се анотира чрез генно предсказване и чрез секвениране на експресирани гени, прибягвайки до транскриптоми с кратки и дълги четения.
-- Интегриране на множество услуги за секвениране и биоинформатика в едно решениеУслуга, подходяща за изграждането на роман
-- геноми или подобряване на съществуващи референтни геноми за видове от интерес.
Пресеквениране
-- Подготовката на библиотеката може да бъде стандартна или без PCR
-- Предлага се в 4 платформи за секвениране: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 или PacBio Revio.
-- Биоинформатичен анализ, фокусиран върху определянето на варианти: SNP, InDel, SV и CNV
Предимства на услугата
●Обширен опит и публикацииЗаде новоуслуги, ние сме натрупали огромен опит във висококачествено сглобяване на геноми от различни видове, включително диплоидни геноми и силно сложни геноми на полиплоидни и алополиплоидни видове. От 2018 г. насам сме допринесли за над 300 публикации с голямо въздействие, като над 20 от тях са публикувани в Nature Genetics. При повторно секвениране на генома натрупахме над 1000 вида, което доведе до над 1000 публикувани случая с кумулативен фактор на въздействие над 5000.
●Решение на едно гишеВключеноде новосеквениране, нашият интегриран подход комбинира множество технологии за секвениране и биоинформационни анализи в единен работен процес, предоставяйки висококачествено сглобен геном.
●Съобразено с вашите нуждиРаботният процес на нашите услуги е персонализируем, което позволява адаптиране към геноми с разнообразни характеристики и специфични изследователски нужди.
●Висококвалифициран екип по биоинформатика и лабораторияНезависимо дали е заде новосеквениране или повторно секвениране, нашият екип разполага с квалифициран набор от инструменти и знания, за да гарантира успеха на проекта. Това може да се потвърди със серията патенти и софтуерни авторски права, които са разработили.
● Следпродажбено обслужване:Нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
●Цялостен биоинформатичен анализВключително извикване на вариации и анотация на функции.
●Изчерпателна анотация за секвениранеИзползваме множество бази данни, за да анотираме функционално гените с идентифицираните вариации и да извършим съответния анализ за обогатяване, предоставяйки информация за вашите изследователски проекти.
Спецификации на услугата
| Варианти, които трябва да бъдат идентифицирани | Стратегия за секвениране | Препоръчителна дълбочина |
| Шотландската национална партия и ИнДел | Illumina NovaSeq PE150 или MGI T7 | 10 пъти |
| SV и CNV (по-малко точни) | 30 пъти | |
| SV и CNV (по-точно) | Нанопор Пром P48 | 20 пъти |
| SNPs, Indels, SV и CNV | PacBio Revio | 10 пъти |
Примерни изисквания
| Тъкан или екстрахирани нуклеинови киселини | Илумина/МГИ | Нанопори | ПакБио
| ||
| Животински вътрешности | 0,5-1 г | ≥ 3,5 г
| ≥ 3,5 г
| ||
| Животински мускул | ≥ 5 г
| ≥ 5 г
| |||
| Кръв на бозайници | 1,5 мл | ≥ 0,5 мл
| ≥ 5 мл
| ||
| Кръв от домашни птици/риби | ≥ 0,1 мл
| ≥ 0,5 мл
| |||
| Растение - пресни листа | 1-2 г | ≥ 2 г
| ≥ 5 г
| ||
| Култивирани клетки |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Меки тъкани от насекоми/Индивид | 0,5-1 г | ≥ 1 г
| ≥ 3 г
| ||
| Извлечена ДНК
| Концентрация: ≥ 1 ng/µL Количество: ≥ 30 нг Ограничено или никакво разграждане или замърсяване
| Концентрация Сума
OD260/280
OD260/230
Ограничено или никакво разграждане или замърсяване
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/проточна клетка/проба
1.7-2.2
≥1,5 | Концентрация Сума
OD260/280
OD260/230
Ограничено или никакво разграждане или замърсяване | ≥ 50 ng/µL 10 µg/проточна клетка/проба
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Приготвяне на библиотека без PCR: Концентрация ≥ 40 ng/µL Количество ≥ 500 нг | |||||
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Екстракция на ДНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Доставка на данни
Де новобиоинформатичен тръбопровод
Ако искате да видите общ преглед на различните ни тръбопроводи за монтаж:
Пълен биоинформационен анализ, разделен на 4 стъпки:
1. Геномно проучване, базирано на k-mer анализ с NGS четения.Това ще ни даде информация за:
- Оценка на размера на генома
- Оценка на хетерозиготността
- Оценка на повтарящи се региони
2. Сглобяване на геном с PacBio HiFi.Използването на дълги четения ще ни даде:
- Де новомонтаж
- Оценка на сглобяването: включително BUSCO анализ за пълнота на генома и картографиране на NGS и PacBio HiFi четения
3. Hi-C монтаж.След като сглобим генома, наличието на информация за 3D структурата на генома ще задълбочи знанията и ще обогати референтния геном, който изграждаме.
- QC от Hi-C библиотека за оценка на валидни Hi-C взаимодействия.
- Hi-C асемблиране. Ще извършим групиране на контиги в групи, последвано от подреждане на контигите във всяка група и задаване на ориентация на контигите.
- Оценка на Hi-C
4. Анотация на генома:
- Предсказване на некодираща РНК
- Идентификация на повтарящи се последователности (транспозони и тандемни повторения)
- Предсказване на гени
- Де новоab initio алгоритми
- Въз основа на хомология
- Въз основа на транскриптома, с дълги и кратки четения: четенията саде новосглобени или картографирани към черновата на генома
- Анотация на предсказани гени с множество бази данни
Повторно секвениранебиоинформатичен тръбопровод
Включва следния анализ:
- Контрол на качеството на суровите данни
- Статистика за подравняване с референтния геном
- Идентификация на варианти: SNP, InDel, SV и CNV
- Функционална анотация на варианти
Статистика на подравняването с референтния геном – разпределение на дълбочината на секвениране
SNP извикване между множество проби
Идентификация на InDel – статистика на дължината на InDel в CDS региона и региона на целия геном
Разпределение на вариантите в генома – Circos график
Функционална анотация на гени с идентифицирани варианти – Генна онтология
Chai, Q. et al. (2023) „Глутатион S-трансферазата GhTT19 определя пигментацията на цветните венчелистчета чрез регулиране на натрупването на антоцианин в памука“,Списание за растителна биотехнология, 21(2), стр. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) „Геномът на дивата Hevea brasiliensis на хромозомно ниво предоставя нови инструменти за геномно-асистирано размножаване и ценни локуси за повишаване на добива на каучук“,Списание за растителна биотехнология, 21(5), стр. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) „Геномните последователности разкриват глобални пътища на разпространение и предполагат конвергентни генетични адаптации в еволюцията на морските кончета“,Природни комуникации, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) „Мащабни хромозомни промени водят до промени в експресията на ниво геном, адаптация към околната среда и видообразуване при гаяла (Bos frontalis)“,Молекулярна биология и еволюция, 40 (1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) „Сглобяване на геном и генетична дисекция на видна сухоустойчива зародишна плазма на царевица“,Природна генетика 202355:3, 55(3), стр. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) „Разкриване на еволюцията на биосинтеза на тропанови алкалоиди чрез анализ на два генома от семейство Solanaceae“,Природни комуникации2023 14:1, 14(1), стр. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) „Анализът на промените в генома и метилирането при местните китайски пилета с течение на времето предоставя информация за опазването на вида“,Комуникационна биология, 5(1), стр. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Предизвикателни казуси:
Сглобяване на теломери:Фу, А. и др. (2023) „Теломерно-теломерно сглобяване на генома на горчив пъпеш (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) разкрива генетичните характеристики на развитието, състава и зреенето на плодовете“,Изследвания в градинарството, 10 (1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Сглобяване на хаплотип:Hu, W. et al. (2021) „Алелно дефиниран геном разкрива биалелна диференциация по време на еволюцията на касавата“,Молекулярно растение, 14(6), стр. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Гигантски геномен сбор:Yuan, J. et al. (2022) „Геномна основа на гигахромозомите и гигагенома на дървесния божур Paeonia ostii“,Природни комуникации2022 13:1, 13(1), стр. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Сглобяване на полиплоиден геном:Zhang, Q. et al. (2022) „Геномни прозрения за скорошното намаляване на хромозомите при автополиплоидната захарна тръстика Saccharum spontaneum“,Природна генетика 202254:6, 54(6), стр. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
