-
PacBio-Секвениране на ампликони с пълна дължина 16S/18S/ITS
Платформата Amplicon (16S/18S/ITS) е разработена с дългогодишен опит в анализа на проекти за микробно разнообразие и включва стандартизиран основен анализ и персонализиран анализ: основният анализ обхваща основното аналитично съдържание на съвременните микробни изследвания, съдържанието на анализа е богато и изчерпателно, а резултатите от анализа са представени под формата на проектни доклади; Съдържанието на персонализирания анализ е разнообразно. Пробите могат да бъдат избирани и параметрите могат да бъдат задавани гъвкаво според основния аналитичен доклад и целта на изследването, за да се реализират персонализирани изисквания. Операционна система Windows, проста и бърза.
-
PacBio-Пълнометражен транскриптом (без референция)
Използвайки данни за секвениране на изоформи на Pacific Biosciences (PacBio) като входни данни, това приложение е в състояние да идентифицира транскриптни последователности с пълна дължина (без сглобяване). Чрез картографиране на последователности с пълна дължина спрямо референтния геном, транскриптите могат да бъдат оптимизирани чрез известни гени, транскрипти, кодиращи региони и др. В този случай може да се постигне по-точно идентифициране на структури на мРНК, като например алтернативен сплайсинг и др. Съвместният анализ с данни за секвениране на транскриптоми от NGS позволява по-цялостна анотация и по-точно количествено определяне на експресията на транскриптно ниво, което до голяма степен е от полза за диференциалната експресия надолу по веригата и функционалния анализ.
-
Инструментариуми
BMKCloud е водеща биоинформационна платформа, предоставяща цялостно решение за геномни програми, на която се доверяват изследователи в различни области, включително медицина, селско стопанство, околна среда и др. BMKCloud е ангажирана да предоставя интегрирани, надеждни и ефикасни услуги, включително платформи и инструменти за биоинформационен анализ, изчислителни ресурси, публични бази данни, онлайн курсове по биоинформатика и др. BMKCloud разполага с различни често използвани биоинформационни инструменти, включително анотация на гени, инструменти за еволюционна генетика, некротизираща РНК (ncRNA), контрол на качеството на данните, сглобяване, подравняване, извличане на данни, мутации, статистика, генератор на фигури, анализ на последователности и др.
-
Малка РНК
Малките РНК са вид къси некодиращи РНК със средна дължина от 18-30 nt, включително miRNA, siRNA и piRNA. Има много съобщения, че тези малки РНК участват в различни биологични процеси, като разграждане на иРНК, инхибиране на транслацията, образуване на хетерохроматин и др. Анализът на секвенирането на малки РНК се прилага широко в изследвания върху развитието на животни/растения, болести, вируси и др. Платформата за анализ на секвенирането на малки РНК се състои от стандартен анализ и разширено извличане на данни. Въз основа на RNA-seq данни, стандартният анализ може да постигне идентифициране и прогнозиране на miRNA, прогнозиране на miRNA целеви гени, анотация и анализ на експресията. Разширеният анализ позволява персонализирано търсене и екстракция на miRNA, генериране на диаграма на Вен, изграждане на miRNA и мрежа от целеви гени.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS е платформа за анализ на повторно секвениране на целия геном, разработена на базата на богат опит в технологиите за биомаркери. Тази лесна за използване платформа позволява бързо подаване на интегриран работен процес за анализ, като просто се задават няколко основни параметъра, които са подходящи за данни от ДНК секвениране, генерирани както от платформата Illumina, така и от платформата за секвениране BGI. Платформата е разположена на високопроизводителен изчислителен сървър, което позволява високоефективен анализ на данни за много ограничено време. Предлага се персонализирано извличане на данни въз основа на стандартен анализ, включително заявка за мутирали гени, проектиране на PCR праймери и др.
-
иРНК (референтна)
Транскриптомът е връзката между геномната генетична информация и протеома на биологичната функция. Регулацията на транскрипционно ниво е най-важният и най-широко изучаваният начин на регулиране на организмите. Секвенирането на транскриптоми може да секвенира транскриптома във всеки един момент или при всякакви условия, с резолюция, точна до един нуклеотид. То може динамично да отразява нивото на генна транскрипция, едновременно да идентифицира и количествено определи редки и нормални транскрипти и да предостави структурна информация за специфични за пробата транскрипти.
Понастоящем технологията за секвениране на транскриптоми се използва широко в агрономията, медицината и други области на изследване, включително регулиране на развитието на животните и растенията, адаптация към околната среда, имунно взаимодействие, локализация на гени, генетична еволюция на видовете и откриване на тумори и генетични заболявания.
-
Метагеномика (NGS)
Тази аналитична платформа е проектирана за анализ на метагеномни данни, базиран на дългогодишен опит. Тя се състои от интегриран работен процес, включващ различни често използвани метагеномни анализи, включително обработка на данни, изследвания на видово ниво, изследвания на ниво генна функция, метагеномно групиране и др. В допълнение, към стандартния работен процес за анализ са налични персонализирани инструменти за извличане на данни, включително заявки за гени и видове, задаване на параметри, генериране на персонализирани фигури и др.
-
LncRNA
Дългите некодиращи РНК (lncRNA) са вид транскрипти с дължина над 200 nt, които не са в състояние да кодират протеини. Натрупаните доказателства сочат, че повечето lncRNA е много вероятно да са функционални. Технологиите за високопроизводително секвениране и биоинформатичните инструменти за анализ ни дават възможност да разкриваме lncRNA секвенции и информация за позициониране по-ефективно и ни водят до откриването на lncRNA с ключови регулаторни функции. BMKCloud с гордост предоставя на своите клиенти платформа за анализ на lncRNA секвениране, за да постигне бърз, надежден и гъвкав lncRNA анализ.
-
GWAS
Изследването на асоциациите в целия геном (GWAS) има за цел да идентифицира генетични варианти (генотип), които са свързани със специфични черти (фенотип). GWA изследванията изследват генетични маркери, обхващащи целия геном на голям брой индивиди, и предсказват асоциации генотип-фенотип чрез статистически анализ на ниво популация. Ресеквенирането на целия геном може потенциално да открие всички генетични варианти. В съчетание с фенотипни данни, GWAS може да бъде обработено за идентифициране на свързани с фенотип SNP, QTL и кандидат-гени, което силно подкрепя съвременната селекция на животни/растения. SLAF е самостоятелно разработена опростена стратегия за секвениране на генома, която открива маркери, разпределени в целия геном, SNP. Тези SNP, като молекулярно-генетични маркери, могат да бъдат обработени за асоциативни изследвания с целеви черти. Това е рентабилна стратегия за идентифициране на сложни черти, свързани с генетични вариации.
-
Нанопорни транскриптомики с пълна дължина
Сложните и променливи алтернативни изоформи в организмите са важни генетични механизми за регулиране на генната експресия и протеиновото разнообразие. Точното идентифициране на транскриптните структури е основа за задълбочено изследване на моделите на регулиране на генната експресия. Платформата за секвениране Nanopore успешно изведе транскриптомните изследвания на ниво изоформа. Тази аналитична платформа е предназначена да анализира RNA-Seq данни, генерирани на платформата Nanopore, въз основа на референтен геном, което постига качествен и количествен анализ както на генно, така и на транскриптно ниво.
-
circ-РНК
Кръговата РНК (circRNA) е вид некодираща РНК, за която наскоро беше установено, че играе жизненоважна роля в регулаторните мрежи, участващи в развитието, устойчивостта към околната среда и др. За разлика от линейните РНК молекули, например mRNA, lncRNA, 3′ и 5′ краищата на circRNA са свързани заедно, за да образуват кръгова структура, което ги предпазва от смилане от екзонуклеаза и са по-стабилни от повечето линейни РНК. Установено е, че CircRNA има разнообразни функции в регулирането на генната експресия. CircRNA може да действа като цеРНК, която се свързва конкурентно с miRNA, известна като miRNA гъба. Платформата за анализ на секвениране на CircRNA дава възможност за анализ на структурата и експресията на circRNA, прогнозиране на мишени и съвместен анализ с други видове РНК молекули.
-
БСА
Платформата за групов сегрегационен анализ (BSA) се състои от едноетапен стандартен анализ и разширен анализ с персонализирани параметри. BSA е техника, използвана за бързо идентифициране на генетични маркери, свързани с фенотип. Основният работен процес на BSA включва: 1. избиране на две групи индивиди с изключително противоположни фенотипове; 2. обединяване на ДНК, РНК или SLAF-seq (разработено от Biomarker) на всички индивиди, за да се образуват два блока ДНК; 3. идентифициране на диференциални последователности спрямо референтния геном или между тях, 4. прогнозиране на свързани региони с кандидати чрез ED и SNP-index алгоритъм; 5. Функционален анализ и обогатяване на гени в региони с кандидати и др. Предлагат се и по-напреднали методи за извличане на данни, включително скрининг на генетични маркери и проектиране на праймери.
-
Ампликон (16S/18S/ITS)
Платформата Amplicon (16S/18S/ITS) е разработена с дългогодишен опит в анализа на проекти за микробно разнообразие и включва стандартизиран основен анализ и персонализиран анализ: основният анализ обхваща основното аналитично съдържание на съвременните микробни изследвания, съдържанието на анализа е богато и изчерпателно, а резултатите от анализа са представени под формата на проектни доклади; Съдържанието на персонализирания анализ е разнообразно. Пробите могат да бъдат избирани и параметрите могат да бъдат задавани гъвкаво според основния аналитичен доклад и целта на изследването, за да се реализират персонализирани изисквания. Операционна система Windows, проста и бърза.
