-
Взаимодействие на хроматин, базирано на Hi-C
Hi-C е метод, предназначен за улавяне на геномна конфигурация чрез комбиниране на сондиране на взаимодействия, базирани на близост, и високопроизводително секвениране. Методът се основава на омрежване на хроматин с формалдехид, последвано от смилане и повторно лигиране по начин, при който само фрагменти, които са ковалентно свързани, ще образуват продукти на лигиране. Чрез секвениране на тези продукти на лигиране е възможно да се изследва 3D организацията на генома. Hi-C позволява изучаване на разпределението на частите от генома, които са леко опаковани (А компартменти, еухроматин) и е по-вероятно да бъдат транскрипционно активни, и регионите, които са по-плътно опаковани (В компартменти, хетерохроматин). Hi-C може да се използва и за точно определяне на топологично асоциирани домейни (TAD), региони на генома, които имат сгънати структури и е вероятно да имат подобни модели на експресия, както и за идентифициране на хроматинови бримки, ДНК региони, които са закотвени заедно от протеини и които често са обогатени с регулаторни елементи. Услугата за секвениране Hi-C на BMKGene дава възможност на изследователите да изследват пространствените измерения на геномиката, отваряйки нови пътища за разбиране на регулацията на генома и нейните последици за здравето и болестите.
-
Хроматиново имунопреципитационно секвениране (ChIP-seq)
Хроматиновата имунопреципитация (CHIP) е техника, която използва антитела за селективно обогатяване на ДНК-свързващи протеини и съответните им геномни мишени. Нейната интеграция с NGS позволява профилиране в целия геном на ДНК мишени, свързани с модификация на хистони, транскрипционни фактори и други ДНК-свързващи протеини. Този динамичен подход позволява сравнения на местата на свързване в различни клетъчни типове, тъкани или състояния. Приложенията на ChIP-Seq обхващат от изучаване на транскрипционната регулация и пътищата на развитие до изясняване на механизмите на заболяванията, което го прави незаменим инструмент за разбиране на пейзажите на геномната регулация и за напредък в терапевтичните познания.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
Секвениране на бисулфит на целия геном (WGBS)
Тази техника, базирана на бисулфитното третиране на ДНК, за да се индуцира превръщането на неметилирани цитозини в урацил (C към U), като същевременно метилираните цитозини остават непроменени, е златният стандарт за задълбочено изследване на ДНК метилирането, по-специално петата позиция в цитозина (5-mC), ключов регулатор на генната експресия и клетъчната активност.
Тази техника предлага разделителна способност на единични бази, което позволява на изследователите да изследват цялостно метилома и да открият анормални модели на метилиране в пробите. Чрез използването на WGBS, учените могат да получат несравнима информация за ландшафтите на метилиране в целия геном, предоставяйки нюансирано разбиране на епигенетичните механизми, които са в основата на различни биологични процеси и заболявания.
-
Анализ за транспозазно-достъпен хроматин с високопроизводително секвениране (ATAC-seq)
ATAC-seq е високопроизводителна техника за секвениране, използвана за анализ на достъпността на хроматина в целия геном. Тя осигурява по-задълбочено разбиране на сложните механизми на глобалния епигенетичен контрол върху генната експресия. Методът използва хиперактивна Tn5 транспозаза за едновременно фрагментиране и маркиране на отворени хроматинови региони чрез вмъкване на адаптери за секвениране. Последващата PCR амплификация води до създаването на библиотека за секвениране, която позволява цялостна идентификация на отворени хроматинови региони при специфични пространствено-времеви условия. ATAC-seq предоставя холистичен поглед върху достъпните хроматинови пейзажи, за разлика от методите, които се фокусират единствено върху местата за свързване на транскрипционни фактори или специфични хистоново-модифицирани региони. Чрез секвениране на тези отворени хроматинови региони, ATAC-seq разкрива региони, които е по-вероятно да имат активни регулаторни последователности и потенциални места за свързване на транскрипционни фактори, предлагайки ценна информация за динамичната модулация на генната експресия в целия геном.
-
Редуцирано представяне на бисулфитно секвениране (RRBS)
Бисулфитното секвениране с намалено представяне (RRBS) разчита на обогатяването на богати на CpG острови региони чрез разцепване с MspI, последвано от селекция по размер на фрагменти от 200-500/600 bps. Следователно, само региони, близки до CpG островите, се секвенират, докато тези с отдалечени CpG острови се изключват от анализа. Този процес, комбиниран с бисулфитно секвениране, позволява откриване на ДНК метилиране с висока резолюция, а подходът за секвениране, PE150, се фокусира специално върху краищата на вложките, а не върху средата, което повишава ефективността на профилирането на метилирането.
Тази техника се очертава като рентабилна и ефикасна алтернатива на секвенирането на целия геном с бисулфит (WGBS) в изследванията на ДНК метилирането. Въпреки че WGBS предоставя цялостна информация чрез изследване на целия геном с резолюция от единична база, високата му цена може да бъде ограничаващ фактор, който RRBS стратегически смекчава чрез селективно анализиране на представителна част от генома. Тази методология е безценен инструмент, който позволява рентабилни изследвания на ДНК метилирането и разширява познанията за епигенетичните механизми.
