-
Секвениране на едноядрена РНК
Разработването на техники за улавяне на единични клетки и изграждане на персонализирани библиотеки, съчетани с високопроизводително секвениране, революционизира изследванията на генната експресия на клетъчно ниво. Този пробив позволява по-задълбочен и по-цялостен анализ на сложни клетъчни популации, преодолявайки ограниченията, свързани с осредняването на генната експресия върху всички клетки и запазвайки истинската хетерогенност в рамките на тези популации. Макар че РНК секвенирането на единични клетки (scRNA-seq) има неоспорими предимства, то среща предизвикателства в определени тъкани, където създаването на суспензия от единични клетки се оказва трудно и изисква пресни проби. В BMKGene ние се справяме с това препятствие, като предлагаме РНК секвениране на единични ядра (snRNA-seq), използвайки най-съвременната технология 10X Genomics Chromium. Този подход разширява спектъра от проби, подходящи за транскриптомен анализ на ниво единични клетки.
Изолирането на ядрата се осъществява чрез иновативния 10X Genomics Chromium чип, включващ осемканална микрофлуидна система с двойни кръстосвания. В тази система, гел перли, включващи баркодове, праймери, ензими и едно ядро, са капсулирани в маслени капки с размер на нанолитър, образувайки гел перли в емулсия (GEM). След образуването на GEM, във всеки GEM се извършва клетъчен лизис и освобождаване на баркод. Впоследствие, молекулите на mRNA претърпяват обратна транскрипция в кДНК, включвайки 10X баркодове и уникални молекулни идентификатори (UMI). Тези кДНК след това се подлагат на конструиране на стандартна библиотека за секвениране, което улеснява стабилното и цялостно изследване на профилите на генна експресия на ниво единична клетка.
Платформа: 10× Genomics Chromium и Illumina NovaSeq платформа
-
Пълноразмерно секвениране на мРНК - нанопори
Въпреки че NGS-базираното mRNA секвениране е универсален инструмент за количествено определяне на генната експресия, разчитането му на кратки четения ограничава ефикасността му при сложни транскриптомни анализи. От друга страна, нанопорното секвениране използва технология за дълги четения, което позволява секвенирането на mRNA транскрипти с пълна дължина. Този подход улеснява цялостното изследване на алтернативен сплайсинг, генни сливания, полиаденилиране и количествено определяне на mRNA изоформи.
Нанопорното секвениране, метод, който разчита на електрически сигнали в реално време от единични молекули на нанопори, предоставя резултати в реално време. Водена от моторни протеини, двуверижната ДНК се свързва с нанопорни протеини, вградени в биофилм, като се развива, докато преминава през нанопорния канал под въздействието на разлика в напрежението. Отличителните електрически сигнали, генерирани от различни бази по ДНК веригата, се откриват и класифицират в реално време, което улеснява точното и непрекъснато нуклеотидно секвениране. Този иновативен подход преодолява ограниченията на краткото четене и предоставя динамична платформа за сложен геномен анализ, включително комплексни транскриптомни изследвания, с незабавни резултати.
Платформа: Nanopore PromethION 48
-
Пълноразмерно секвениране на иРНК -PacBio
Въпреки че NGS-базираното mRNA секвениране е универсален инструмент за количествено определяне на генната експресия, разчитането му на кратки четения ограничава използването му в сложни транскриптомни анализи. От друга страна, PacBio секвенирането (Iso-Seq) използва технология за дълги четения, което позволява секвенирането на mRNA транскрипти с пълна дължина. Този подход улеснява цялостното изследване на алтернативно сплайсинг, генни сливания и полиаденилиране. Съществуват обаче и други възможности за количествено определяне на генната експресия поради голямото количество необходими данни. Технологията за секвениране PacBio разчита на секвениране в реално време (SMRT) на единични молекули, което предоставя ясно предимство при улавянето на mRNA транскрипти с пълна дължина. Този иновативен подход включва използването на вълноводи с нулев режим (ZMW) и микрофабрикувани ямки, които позволяват наблюдение на ДНК полимеразната активност в реално време по време на секвениране. В рамките на тези ZMW, ДНК полимеразата на PacBio синтезира комплементарна верига ДНК, генерирайки дълги четения, които обхващат всички mRNA транскрипти. Работата на PacBio в режим на кръгово консенсусно секвениране (CCS) повишава точността чрез многократно секвениране на една и съща молекула. Генерираните HiFi показания имат точност, сравнима с NGS, което допълнително допринася за цялостен и надежден анализ на сложни транскриптомични характеристики.
Платформа: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Секвениране на еукариотна иРНК - NGS
mRNA секвенирането е техника, която използва секвениране от следващо поколение, за да разкрие наличието и количеството на РНК молекули в биологична проба, предоставяйки моментна снимка на генната експресия в пробата.
Със своите широкообхватни приложения, този авангарден инструмент разкрива сложни профили на генна експресия, генни структури и молекулярни механизми, свързани с различни биологични процеси.
Тази техника е широко възприета в научните изследвания, клиничната диагностика и разработването на лекарства, тъй като предлага прозрения за тънкостите на клетъчната динамика и генетичната регулация, осигурявайки солидна основа за предизвикване на любопитство относно нейния потенциал в различни области.
Налични платформи: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Нереферентно базирано mRNA секвениране-NGS
mRNA секвенирането дава възможност за цялостно профилиране на всички mRNA транскрипти в клетките при специфични условия. Тази авангардна технология служи като мощен инструмент, разкриващ сложни профили на генна експресия, генни структури и молекулярни механизми, свързани с различни биологични процеси. Широко използвано във фундаменталните изследвания, клиничната диагностика и разработването на лекарства, mRNA секвенирането предлага прозрения за тънкостите на клетъчната динамика и генетичната регулация.
Платформа: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Дълго некодиращо секвениране - Illumina
Дългите некодиращи РНК (lncRNAs) са по-дълги от 200 нуклеотида, притежават минимален кодиращ потенциал и са ключови елементи в рамките на некодиращата РНК. Намиращи се в ядрото и цитоплазмата, тези РНК играят ключова роля в епигенетичната, транскрипционната и посттранскрипционната регулация, което подчертава тяхното значение за оформянето на клетъчните и молекулярните процеси. Секвенирането на LncRNA е мощен инструмент в клетъчната диференциация, онтогенезата и човешките заболявания.
Платформа: Illumina NovaSeq X
-
Секвениране на малки РНК - Illumina
Малките РНК са група РНК молекули, които включват микроРНК (miRNA), малки интерфериращи РНК (siRNA) и piwi-взаимодействащи РНК (piRNA). Сред тях, miRNA, с дължина около 18-25 нуклеотида, са особено забележителни заради ключовите си регулаторни роли в различни клетъчни процеси. С тъканно-специфични и стадийно-специфични модели на експресия, miRNA показват висока консервативност при различните видове.
Платформа: Illumina NovaSeq
-
CircRNA секвениране - Illumina
Кръговото РНК секвениране (circRNA-seq) профилира и анализира кръгови РНК, клас РНК молекули, които образуват затворени бримки поради неканонични събития на сплайсинг, осигурявайки на тази РНК повишена стабилност. Докато някои circRNAs е доказано, че действат като микроРНК гъби, секвестиращи микроРНК и предотвратявайки регулирането на целевите им мРНК, други circRNAs могат да взаимодействат с протеини, да модулират генната експресия или да играят роля в клетъчните процеси. Анализът на експресията на circRNA предоставя информация за регулаторните роли на тези молекули и тяхното значение в различни клетъчни процеси, етапи на развитие и болестни състояния, допринасяйки за по-дълбоко разбиране на сложността на РНК регулацията в контекста на генната експресия.
Платформа: Illumina Novaseq X
-
Секвениране на цели транскриптоми – Illumina
Транскриптомното секвениране на Wole предлага цялостен подход за профилиране на различни РНК молекули, обхващащ кодиращи (mRNA) и некодиращи РНК (lncRNA, circRNA и miRNA). Тази техника улавя целия транскриптом на специфични клетки в даден момент, позволявайки цялостно разбиране на клетъчните процеси.
Налични платформи: Illumina Novaseq X
