Продукти

Секвениране на прокариотна РНК

Секвенирането на прокариотна РНК използва секвениране от следващо поколение (NGS), за да разкрие наличието и количеството на РНК в даден момент, чрез анализиране на променящия се клетъчен транскриптом.Секвенирането на прокариотна РНК на нашата компания е насочено конкретно към прокариоти с референтни геноми, предоставяйки ви профилиране на транскриптоми, анализ на генна структура и т.н. То се прилага широко за фундаментални научни изследвания, изследвания и разработки на лекарства и др.

Платформа: Платформа Illumina NovaSeq

Свържете се с нас

Подробности за услугата

Сервизни спецификации

Платформа: платформа Illumina NovaSeq, PE150

Тип библиотека: 350bp вмъкване на cDNA библиотека (зависи от пиковото разпределение)

Стратегия за секвениране: Paired-End 150 bp

Препоръчително количество данни: 2 Gb необработени данни/извадка

Биоинформатика

(1) Контрол на качеството на данните за секвениране: разпределение на нуклеотидите, разпределение на базовото качество, оценка на съотношението на рРНК;

(2) Анализ на подреждането на последователността: Статистика на резултатите от подравняването, насищане на последователността, покритие на последователността;

(3) Анотация на референтния геном (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Анализ на експресията: Разпределение на експресията (с две или повече проби), Анализ на експресията между пробите (анализ на Вен, корелационен анализ, PCA анализ);

(5) Анализ на диференциална експресия (с две или повече проби);

(6) Анализ на набор от гени: анализ на Venn, клъстерен анализ, анализ на анотация на функции (COG, GO, KEGG), анализ на обогатяване на функции (GO, KEGG), хордова графика на обогатяване на функции, Ipath анализ;

(7) sRNA анализ: sRNA прогноза, sRNA анотация (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA прогноза за вторична структура, sRNA целева генна прогноза;

(8) Анализ на структурата на транскрипта: анализ на оперон, прогнозиране на начални и крайни сайтове на транскрипция, UTR анотация и анализ, прогноза на последователност на промотор, SNP/InDel анализ (SNP/InDel анотация, SNP/InDel регионално разпределение, SNP статистика).