Прокариотно РНК секвениране
Характеристики
● Обработката на РНК проби включваше изчерпване на рРНК, последвано от подготовка на насочена РНК библиотека.
● Биоинформатичен анализ, базиран на подравняване с референтен геном
● Анализът включва генна експресия и диференциално експресирани гени (DEG), но също така и анализ на структурата на транскриптите и sRNA
Предимства на услугата
●Строг контрол на качествотоНие внедряваме основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробите и библиотеките до секвенирането и биоинформатиката. Този щателен мониторинг гарантира получаването на постоянно висококачествени резултати.
●Данни за секвениране, специфични за веригата: поради насочеността на подготовката на РНК библиотеката, което позволява идентифициране на антисенс транскрипти.
●Пълен анализ, съобразен с прокариотни транскриптомиБиоинформатичният процес включва не само анализ на генната експресия, но и анализ на структурата на транскрипта, включително идентифициране на оперони, неуточняващи се рестрикции (UTR) и промотори. Той включва и анализ на sRNA, а именно анотация и прогнозиране на вторична структура и мишени.
●Следпродажбена поддръжкаНашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Изисквания за проба и доставка
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| rRNA изчерпана насочена библиотека | Илумина PE150 | 1-2 Гб | Q30≥85% |
Примерни изисквания:
| Конц. (нг/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Ограничено или никакво замърсяване с протеини или ДНК, наблюдавано върху гела. | RIN≥6.5 |
Препоръчителна доставка на проби
Контейнер: 2 ml центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране + повторение, например A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. RNAstable епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в RNA стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и транспортирани при стайна температура.
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Работен процес на биоинформатичен анализ
Включва следния анализ:
● Контрол на качеството на суровите данни
● Подравняване с референтния геном
● Оценка на качеството на библиотеката: случайност на фрагментацията на РНК, размер на вложката и насищане на секвенирането
● Функционална анотация на предсказаните кодиращи гени
● Експресионен анализ: корелация и анализ на главните компоненти (PCA)
● Диференциална генна експресия (DEG)
● Функционална анотация и обогатяване на диференциалните степени на разпределение (DEG)
● sRNA анализ: прогнозиране, анотиране, определяне на целта и прогнозиране на вторичната структура
● Анализ на структурата на транскрипта: оперони, начални и крайни позиции, нетранслиран регион (UTS), промотор и SNP/InDel анализ
Насищане на секвенцията
Функционална анотация на кодиращи гени
Корелация между пробите
Анализ на диференциално експресирани гени (DEG)
Анализ на функционалното обогатяване
sRNA анотация
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за секвениране на мРНК с пълна дължина Nanopore на BMKGene, в тази представена публикация.
Guan, CP et al. (2018) „Глобални транскриптомни промени на образуващия биофилм Staphylococcus epidermidis в отговор на общите алкалоиди на Sophorea alopecuroides“,Полски журнал по микробиология, 67(2), стр. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
