Редуцирано представяне на бисулфитно секвениране (RRBS)
Бисулфитното секвениране с намалено представяне (RRBS) разчита на обогатяването на богати на CpG острови региони чрез разцепване с MspI, последвано от селекция по размер на фрагменти от 200-500/600 bps. Следователно, само региони, близки до CpG островите, се секвенират, докато тези с отдалечени CpG острови се изключват от анализа. Този процес, комбиниран с бисулфитно секвениране, позволява откриване на ДНК метилиране с висока резолюция, а подходът за секвениране, PE150, се фокусира специално върху краищата на вложките, а не върху средата, което повишава ефективността на профилирането на метилирането.
Тази техника се очертава като рентабилна и ефикасна алтернатива на секвенирането на целия геном с бисулфит (WGBS) в изследванията на ДНК метилирането. Въпреки че WGBS предоставя цялостна информация чрез изследване на целия геном с резолюция от единична база, високата му цена може да бъде ограничаващ фактор, който RRBS стратегически смекчава чрез селективно анализиране на представителна част от генома. Тази методология е безценен инструмент, който позволява рентабилни изследвания на ДНК метилирането и разширява познанията за епигенетичните механизми.
Характеристики на услугата
● Секвениране на Illumina NovaSeq.
● Изисква референтен геном.
● Ламбда ДНК се използва за наблюдение на ефективността на превръщането на бисулфит.
● Ефективността на смилане с MspI също се следи.
● Двойно ензимно смилане на растителни проби.
Предимства на услугата
●Рентабилна и ефикасна алтернатива на WGBSТова позволява анализът да се извърши на по-ниска цена и с по-малки изисквания за проби.
●Пълна платформа:Ние предлагаме отлично обслужване на едно гише - от обработка на проби, изграждане на библиотеки и секвениране до биоинформатичен анализ.
●Обширна експертизаИмаме успех в широк спектър от видове. BMKGENE разполага с над десетилетие опит, висококвалифициран екип за анализи, изчерпателно съдържание и отлична следпродажбена поддръжка.
Спецификации на услугата
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителен изход на данни | Контрол на качеството |
| Библиотека, смляна с MspI и третирана с бисулфит | Илумина PE150 | 8 Гб | Q30 ≥ 85% Конверсия на бисулфит > 99% Ефективност на рязане MspI > 95% |
Примерни изисквания
| Концентрация (ng/µL) | Общо количество (µg) |
| |
| Геномна ДНК | ≥ 30 | ≥ 1 | Ограничено разграждане или замърсяване |
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Анализът на бизнес-анализа (BI) включва:
● Контрол на качеството на суровите секвенирания;
● Картиране към референтен геном;
● Откриване на 5mC метилирани бази и идентифициране на мотиви;
● Анализ на разпределението на метилирането и сравнение на пробите;
● Анализ на диференциално метилирани региони (DMR);
● Функционална анотация на гени, свързани с DMR.
Контрол на качеството: ефективност на смилане (при картографиране на генома)
Контрол на качеството: преобразуване на бисулфит (при екстракция на информация за метилиране)
Карта на метилиране: разпределение на 5mC метилиране в целия геном
Сравнение на примери: Анализ на главните компоненти
Анализ на диференциално метилирани региони (DMR): топлинна карта
Разгледайте напредъка в научните изследвания, улеснен от услугите на BMKGene за секвениране на целия геном с бисулфит, чрез подбрана колекция от публикации.
Li, Z. et al. (2022) „Високоточно препрограмиране в Лайдигоподобни клетки чрез активиране на CRISPR и паракринни фактори“,PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) „Анализ на метилирането на ДНК в целия геном на телесния състав при китайски монозиготни близнаци“,Европейско списание за клинични изследвания, 53(11), стр. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) „ДНК метилиране и съотношение талия-ханш: епигеномно асоциативно проучване при китайски монозиготни близнаци“,Списание за ендокринологични изследвания, 45 (12), стр. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
