Продукти

Секвениране на едноядрена РНК

Представено изображение за едноядрено секвениране на РНК

Напредъкът в улавянето на единична клетка и техниката за конструиране на индивидуална библиотека, комбинирана с високопроизводително секвениране, позволява изследвания на генната експресия на база клетка по клетка.Той дава възможност за по-задълбочен и пълен системен анализ на сложни клетъчни популации, при който до голяма степен избягва маскирането на тяхната хетерогенност чрез вземане на средна стойност за всички клетки.

Въпреки това, някои клетки не са подходящи за приготвяне на едноклетъчна суспензия, така че са необходими други методи за приготвяне на проби – извличане на ядра от тъкани, т.е. ядрото се извлича директно от тъканите или клетката и се приготвя в едноядрена суспензия за единични клетъчно секвениране.

BMK предоставя 10× Genomics ChromiumTM базирана услуга за секвениране на РНК на една клетка.Тази услуга е широко използвана в проучвания на изследвания, свързани със заболявания, като диференциация на имунни клетки, туморна хетерогенност, развитие на тъкани и др.

Пространствен транскриптомен чип: 10 × Genomics

Платформа: Платформа Illumina NovaSeq

Свържете се с нас

Подробности за услугата

Биоинформатика

Демо резултати

Технически принцип

Изолирането на ядрата се постига от 10× Genomics ChromiumTM, който се състои от осемканална микрофлуидна система с двойно кръстосване.В тази система гелни зърна с баркодове и праймер, ензими и едно ядро са капсулирани в маслена капка с размер на нанолитър, генерирайки гел-зърна в емулсия (GEM).След като GEM се образува, клетъчният лизис и освобождаването на баркодовете се извършват във всеки GEM.иРНК се транскрибират обратно в cDNA молекули с 10 × баркодове и UMI, които допълнително подлежат на стандартно конструиране на библиотека за секвениране.

Тъканта не е подходяща за приготвяне на суспензия от единични клетки

Клетка/тъкан	Причина
Непрясна замразена тъкан	Не могат да бъдат получени свежи или отдавна запазени организации
Мускулни клетки, мегакариоцити, мазнини...	Диаметърът на клетката е твърде голям, за да влезе в инструмента
Черен дроб…	Твърде крехък, за да се счупи, не може да различи отделни клетки
Невронна клетка, мозък...	По-чувствителен, лесен за стрес, ще промени резултатите от последователността
Панкреас, щитовидна жлеза…	Богат на ендогенни ензими, влияещи върху производството на суспензия от единични клетки

Едноядрен срещу едноклетъчен

Едноядрен	Едноклетъчни
Неограничен диаметър на клетката	Диаметър на клетката: 10-40 μm
Материалът може да бъде замразена тъкан	Материалът трябва да е прясна тъкан
Нисък стрес на замразени клетки	Ензимното лечение може да предизвика реакция на клетъчен стрес
Не е необходимо премахване на червени кръвни клетки	Червените кръвни клетки трябва да бъдат премахнати
Ядрото изразява биоинформация	Цялата клетка изразява биоинформация