BMKCloud Log in
条形банер-03

Продукти

Секвениране на усилен фрагмент със специфичен локус (SLAF-Seq)

Генотипизирането с висока производителност, особено при широкомащабна популация, е фундаментална стъпка в изследванията на генетичните асоциации, която осигурява генетична основа за функционално откриване на гени, еволюционен анализ и т.н. Вместо дълбоко повторно секвениране на целия геном, секвениране на геном с намалено представяне (RRGS ) се въвежда, за да се минимизират разходите за секвениране на проба, като същевременно се поддържа разумна ефективност при откриването на генетични маркери.Това обикновено се постига чрез извличане на рестрикционен фрагмент в рамките на даден размерен диапазон, който се нарича библиотека с намалено представяне (RRL).Секвенирането на усилен фрагмент със специфичен локус (SLAF-Seq) е самостоятелно разработена стратегия за SNP генотипиране със или без референтен геном.
Платформа: Платформа Illumina NovaSeq


Подробности за услугата

Демо резултати

Представени публикации

Подробности за услугата

Техническа схема

111

Работния процес

流程图

Предимства на услугата

Висока ефективност на откриване на маркери- Технологията за секвениране с висока производителност подпомага SLAF-Seq при откриването на стотици хиляди тагове в целия геном.

Ниска зависимост от генома- Може да се прилага към видове със или без референтен геном.

Дизайн на гъвкава схема- Храносмилане с един ензим, с два ензима, с много ензими и различни видове ензими, всички могат да бъдат избрани за постигане на различни изследователски цели или видове.Предварителната оценка in silico се използва, за да се осигури оптимален ензимен дизайн.

Ефективно ензимно храносмилане- Беше проведен предварителен експеримент за оптимизиране на условията, което прави официалния експеримент стабилен и надежден.Ефективността на събиране на фрагменти може да достигне над 95%.

Равномерно разпределени SLAF тагове- SLAF таговете са равномерно разпределени във всички хромозоми в най-голяма степен, постигайки средно 1 SLAF на 4 kb.

Ефективно избягване на повторения- Повтарящата се последователност в SLAF-Seq данните е намалена до по-малко от 5%, особено при видове с високо ниво на повторения, като пшеница, царевица и др.

Богат опит-Над 2000 затворени SLAF-Seq проекта за стотици видове, обхващащи растения, бозайници, птици, насекоми, водни организми и др.

Самостоятелно разработен биоинформационен работен процес- Интегриран биоинформационен работен процес за SLAF-Seq е разработен от BMKGENE, за да се гарантира надеждност и точност на крайния резултат.

 

Сервизни спецификации

 

Платформа

Конц. (ng/gl)

Обща сума (ug)

OD260/280

Illumina NovaSeq

>35

>1.6(Том>15μl)

1,6-2,5

Забележка: Три проби, всяка с три ензимни схеми, ще бъдат направени за предварителен експеримент.

Препоръчителна стратегия за последователност

Дълбочина на секвениране: 10X/Tag

Размер на генома

Препоръчителни етикети SLAF

< 500 Mb

100K или WGS

500 Mb- 1 Gb

100 К

1 Gb -2 Gb

200 К

Гигантски или сложни геноми

300 - 400K

 

Приложения

 

Препоръчва се

Мащаб на населението

 

Стратегия за последователност и дълбочина

 

Дълбочина

 

Номер на етикет

 

GWAS

 

Номер на пробата ≥ 200

 

10X

 

 

 

 

 

Според

размер на генома

 

Генетична еволюция

 

Индивиди на всеки

подгрупа ≥ 10;

общо проби ≥ 30

 

10X

 

Препоръчителна доставка на мостри

Контейнер: центрофужна епруветка от 2 ml

За повечето проби препоръчваме да не се съхраняват в етанол.

Етикетиране на проби: Пробите трябва да бъдат ясно етикетирани и идентични с представения формуляр с информация за пробата.

Пратка: Сух лед: Пробите трябва първо да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.

Работен процес на услугата

Примерен QC
Пилотен експеримент
SLAF експеримент
Подготовка на библиотеката
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги

Примерен QC

Пилотен експеримент

SLAF-експеримент

Подготовка на библиотеката

Секвениране

Анализ на данни

Следпродажбени услуги


  • Предишен:
  • Следващия:

  • 1. Статистика на резултата от картата

    изображение1

    A1

    2. Разработване на SLAF маркер

    A2

    3. Вариационна анотация

    A3

    година

    Журнал

    IF

    Заглавие

    Приложения

    2022 г

    Комуникации с природата

    17,694

    Геномна основа на гига-хромозомите и гига-генома на дървесния божур

    Paeonia ostii

    SLAF-GWAS

    2015 г

    Нов фитолог

    7,433

    Отпечатъците от опитомяване закрепват геномни региони от агрономическо значение в

    соя

    SLAF-GWAS

    2022 г

    Вестник за напреднали изследвания

    12,822

    Изкуствени интрогресии на Gossypium barbadense в целия геном в G. hirsutum

    разкриват превъзходни локуси за едновременно подобряване на качеството и добива на памучни влакна

    черти

    SLAF-Еволюционна генетика

    2019 г

    Молекулярно растение

    10.81

    Популационният геномен анализ и сглобяването на De Novo разкриват произхода на Weedy

    Оризът като еволюционна игра

    SLAF-Еволюционна генетика

    2019 г

    Природна генетика

    31,616

    Геномна последователност и генетично разнообразие на обикновения шаран, Cyprinus carpio

    SLAF-Карта на свързване

    2014 г

    Природна генетика

    25,455

    Геномът на култивирания фъстък дава представа за кариотипите на бобовите растения, полиплоид

    еволюция и опитомяване на културите.

    SLAF-Карта на свързване

    2022 г

    Вестник за растителна биотехнология

    9,803

    Идентифицирането на ST1 разкрива селекция, включваща промяна на морфологията на семената

    и съдържание на масло по време на опитомяването на соята

    Разработка на SLAF-Маркер

    2022 г

    Международен журнал за молекулярни науки

    6.208

    Идентифициране и развитие на ДНК маркер за пшеница-Leymus mollis 2Ns (2D)

    Дисомична хромозомна субституция

    Разработка на SLAF-Маркер

    получите оферта

    Напишете вашето съобщение тук и ни го изпратете

    Изпратете вашето съобщение до нас: