Специфично-локусно амплифицирано фрагментно секвениране (SLAF-Seq)
Работен процес
Услугата има известен предварителен дизайн in silico, за да гарантира оптималния избор на ензими при подготовката на библиотеката.
Техническа схема
Характеристики на услугата
● Секвениране на NovaSeq с PE150.
● Подготовка на библиотеката с двойно баркодиране, позволяваща обединяването на над 1000 проби.
● Независимо от референтния геном:
С референтен геном: откриване на SNP и InDel
Без референтен геном: клъстериране на проби и откриване на SNP
● ВсиликоновВ етапа на предварително проектиране се скринират множество комбинации от рестрикционни ензими, за да се намерят тези, които генерират равномерно разпределение на SLAF тагове по генома.
● По време на предварителния експеримент се тестват три ензимни комбинации в 3 проби, за да се генерират 9 SLAF библиотеки, и тази информация се използва за избор на оптималната комбинация от рестрикционни ензими за проекта.
Предимства на услугата
●Откриване на високи генетични маркериИнтегрираме високопроизводителна система с двоен баркод, позволяваща едновременно секвениране на големи популации, и локус-специфична амплификация, повишаваща ефективността, гарантирайки, че номерата на етикетите отговарят на разнообразните изисквания на различни изследователски въпроси.
● Ниска зависимост от геномаМоже да се прилага за видове със или без референтен геном.
●Гъвкав дизайн на схематаЕдноензимно, двуензимно, многоензимно смилане и различни видове ензими могат да бъдат избрани, за да отговорят на различни изследователски цели или видове.
● Висока ефективност при ензимно разгражданеПровеждането насиликоновПредварителният дизайн и предварителният експеримент осигуряват оптимален дизайн с равномерно разпределение на SLAF тагове върху хромозомата (1 SLAF таг/4Kb) и намалена повтаряща се последователност (<5%).
●Обширна експертизаНие влагаме богат опит във всеки проект, с опит в завършването на над 5000 SLAF-Seq проекта на стотици видове, включително растения, бозайници, птици, насекоми и водни организми.
● Самостоятелно разработен биоинформатичен работен процесРазработихме интегриран биоинформационен работен процес за SLAF-Seq, за да гарантираме надеждността и точността на крайния резултат.
Спецификации на услугата
| Вид анализ | Препоръчителен мащаб на популацията | Стратегия за секвениране | |
| Дълбочина на последователността на таговете | Номер на етикет | ||
| Генетични карти | 2 родители и >150 потомци | Родители: 20x WGS Потомство: 10x | Размер на генома: <400 Mb: Препоръчва се WGS <1Gb: 100K тагове 1-2Gb:: 200K тагове >2Gb: 300K тагове Максимум 500 хиляди тагове |
| Проучвания за асоцииране в целия геном (GWAS) | ≥200 проби | 10 пъти | |
| Генетична еволюция | ≥30 проби, с >10 проби от всяка подгрупа | 10 пъти | |
Изисквания за обслужване
Концентрация ≥ 5 ng/µL
Общо количество ≥ 80 нг
Нанокапка OD260/280=1.6-2.5
Агарозен гел: без или ограничено разграждане или замърсяване
Препоръчителна доставка на проби
Контейнер: 2 ml центрофужна епруветка
(За повечето проби препоръчваме да не се съхраняват в етанол)
Етикетиране на пробите: Пробите трябва да бъдат ясно етикетирани и идентични с подадения формуляр с информация за пробата.
Доставка: Сух лед: Пробите трябва първо да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
Работен процес на услугата
Контрол на качеството на пробата
Пилотен експеримент
SLAF-експеримент
Подготовка на библиотеката
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбени услуги
Нашият биоинформационен анализ включва:
Контрол на качеството на данните и изрязване на данни за премахване на богати на N четения, четения на адаптери или четения с ниско качество.
Втори контрол на качеството на чистите отчетени данни, за да се провери разпределението на базите, качеството на последователността и оценката на данните, но също така и да се провери ефективността на смилането и получените вложки.
След като показанията са проверени, има две опции:
- Картиране към референтен геном
- Без референтен геном: клъстериране
След това, анализът на SLAF таговете се използва за извършване на някои вариантни извиквания, които да помогнат за откриването на маркери: SNP, InDel, SNV, CV извикване и анотиране.
Разпределение на SLAF тагове върху хромозомите:
Разпределение на SNPs върху хромозомите:
SNP анотация
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X и Shi C (2023) QTL картографиране и транскриптомен анализ на съдържанието на захар по време на узряването на плодоветеPyrus pyrifolia.Фронт. Растителни науки.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Идентифицирането на st1 разкрива селекция, включваща синхронно променяща се морфология на семената и съдържание на масло по време на опитомяването на соята.Списание за растителна биотехнология, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.и др.Геномна последователност и генетично разнообразие на обикновения шаран,Cyprinus carpio.Нат Женет 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.и др.Геномът на култивираните фъстъци предоставя представа за кариотиповете на бобовите растения, полиплоидната еволюция и опитомяването на културите.Нат Женет 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Година | Дневник | IF | Заглавие | Приложения |
| 2022 г. | Природни комуникации | 17.694 | Геномна основа на гигахромозомите и гигагенома на дървесния божур Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 г. | Нов фитолог | 7.433 | Следите от опитомяването закрепват геномни региони с агрономическо значение в соя | SLAF-GWAS |
| 2022 г. | Списание за напреднали изследвания | 12.822 | Изкуствени интрогресии на Gossypium barbadense в G. hirsutum в целия геном разкриват превъзходни локуси за едновременно подобряване на качеството и добива на памучни влакна черти | SLAF - Еволюционна генетика |
| 2019 г. | Молекулярно растение | 10.81 | Популационният геномен анализ и De Novo асемблирането разкриват произхода на Weedy Оризът като еволюционна игра | SLAF - Еволюционна генетика |
| 2019 г. | Природна генетика | 31.616 | Геномна последователност и генетично разнообразие на обикновения шаран, Cyprinus carpio | Карта на връзките на SLAF |
| 2014 г. | Природна генетика | 25.455 | Геномът на култивирания фъстък дава представа за кариотиповете на бобовите растения, полиплоидните еволюция и опитомяване на културите. | Карта на връзките на SLAF |
| 2022 г. | Списание за растителна биотехнология | 9.803 | Идентифицирането на ST1 разкрива селекция, включваща автостоп на морфологията на семената и съдържание на масло по време на опитомяването на соя | Разработване на SLAF-маркер |
| 2022 г. | Международно списание за молекулярни науки | 6.208 | Идентификация и разработване на ДНК маркер за пшеница - Leymus mollis 2Ns (2D) Дизомично хромозомно заместване | Разработване на SLAF-маркер |
| Година | Дневник | IF | Заглавие | Приложения |
| 2023 г. | Граници в растениевъдството | 6.735 | QTL картографиране и транскриптомен анализ на съдържанието на захар по време на узряването на плодовете на Pyrus pyrifolia | Генетична карта |
| 2022 г. | Списание за растителна биотехнология | 8.154 | Идентифицирането на ST1 разкрива селекция, включваща автостоп на морфологията на семената и съдържанието на масло по време на опитомяването на соята
| Призив на ШНП |
| 2022 г. | Граници в растениевъдството | 6.623 | Картографиране на асоциации в целия геном на фенотипове на Hulless Barely в среда на суша.
| GWAS |
