Сглобяване на T2T геном | Ултра дълго секвениране
Характеристики на услугата
•Осигурява високоточни, високосъседни и високопълнотни теломерни геномни асемблирания.
•Преодолява предизвикателствата при сглобяване в центромерни и силно повтарящи се региони.
•Анализира структурни вариации в сложни региони като центромери и теломери.
•Изследва произхода и опитомяването на хромозомите и идентифицира ключови гени, определящи пола.
Предимства на услугата
•Професионален екип от ултра-дълги специалисти, обхващащ целия процес от екстракция до секвениране, с успешен опит в работата с множество видове.
•Достъп до платформи за дълго четене PacBio и Nanopore с висока производителност и гъвкави стратегии за секвениране.
•Опитен екип в сглобяването на геноми и персонализирания биоинформатичен анализ, компетентен в T2T геномни проекти.
•Повече от 200 успешни геномни проекта и над 2000 натрупани импакт фактора.
•Интегрирани експериментални и биоинформационни решения, подкрепени от авторски права и патенти.
Спецификации на услугата
| Геномно проучване | Сглобяване на генома | Ниво на хромозоми | Запълване на празнини | Анотация на генома |
| 50X Illumina NovaSeq PE150 | 30X PacBio CCS HiFi чете | 100X Hi-C | 40-100X ONT Ултра дълги четения | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (по избор) RNA-seq с пълна дължина PacBio 40 Gb или Nanopore 12 Gb |
Изисквания за обслужване
За проби за секвениране от Survey, PacBio CCS, Hi-C и транскриптоми (за анотация), моля, вижте „хромозомно нивоизисквания за проба за сглобяване на геном„.
За ултра-дълго секвениране на ONT се препоръчват тъканни проби с по-високи стандарти за качество, за да се подпомогне екстракцията на ултра-HMW ДНК.
За подробни инструкции и изисквания за подготовка на пробите, моля, свържете се с нашия екип по продажбите за персонализирано решение въз основа на вида.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на ДНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Основните анализи включват:
1) Сглобяване на T2T геном
● T2T геномът се отнася до геном с „0 празнини“, в който поне една хромозома е напълно сглобена от теломер до теломер.
● Използване на високоточни CCS четения и ONT ултрадълги четения:
* Генериране на contig v1 геном чрез хибридно сглобяване, използвайки hifiasm (v0.25.0).
* Премахване на пластиди и замърсени последователности чрез BLAST спрямо NT базата данни.
* Скелетни контиги в хромозомно-мащабен асемблиране, използващи Hi-C данни с 3D-ДНК.
* Попълнете липсващите теломери чрез локално сглобяване с ONT четения, за да получите крайния T2T геном.
2) Оценка на монтажа
● Оценка на BUSCO
BUSCO v5.2.1 (Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs) конструира еднокопийни генни набори за основни еволюционни линии, базирани на базата данни OrthoDB 10. Сглобеният геном се оценява чрез подравняване спрямо този генен набор, въз основа на съотношението на съвпадение и целостта.
По-висок дял на „пълни BUSCO“ показва по-висока пълнота на сглобяване на генома.
● Чете картографиране
Подравнете кратките четения от секвениране от следващо поколение (напр. Illumina) със сглобения геном, използвайки bwa. Подравнете дългите четения от трето поколение със сглобения геном, използвайки Minimap2.
Пълнотата на сглобения геном и еднородността на покритието на секвенирането се оценяват въз основа на скоростта на картографиране, коефициента на покритие на генома и разпределението на дълбочината.
● Оценка на контрола на качеството на генома
Оценете сглобката, използвайки Merqury, като сравните k-mers, получени от високоточно секвениране, със сглобката на генома, за да получите консенсусно качество (QV).
По-високите стойности на качеството показват по-висока точност на сглобения геном.
● Оценка на LAI на генома
LAI (LTR Assembly Index) оценява целостта на геномния асембли като съотношение на непокътнати LTR ретротранспозонни последователности към общия брой LTR последователности. Кандидатите за LTR-RT последователности се идентифицират с помощта на LTR_FINDER (v1.0.7) и LTRharvest (v1.5.9), след което се филтрират и интегрират с помощта на LTR_retriever (v2.8), за да се получат високодостоверни LTR ретротранспозони и да се изчисли LAI.
Според публикацията на разработчика на LAI, стойностите на LAI се класифицират на три нива:
Чернова (0 ≤ LAI < 10), Справка (10 ≤ LAI < 20) и злато (LAI ≥ 20).
● Идентифициране на теломерите и центромерите
Идентифицирайте потенциални теломерни повтарящи се единици в генома, използвайки TIDK. Открийте теломерни последователности и получете позиционна информация, използвайки FindTelomere's, базирана на повтарящи се мотиви.
Идентифицирайте потенциални центромерни повторения, използвайки Centromics с дълги четения от трето поколение, след което ги преначертайте в генома, за да получите центромерни позиции и последователности.
1) Геномна хромозомна карта
2)Позиции на теломерите в генома
| Хр | Дължина на Chr (bp) | Upstream_Start(bp) | Upstream_End(bp) | Дължина_нагоре_по_схемата (bp) | Начална_стойка_надолу(bp) | Край_на_поток_надолу(bp) | Дължина надолу по веригата (bp) |
| Chr01 | 55 340 768 | 53 | 2036 | 1 984 | 55 338 794 | 55 340 768 | 1 975 |
| Chr02 | 56 588 289 | 1 | 2760 | 2760 | 56 584 191 | 56 588 289 | 4 099 |
| Chr03 | 46 886 733 | 20 | 3001 | 2 982 | 46 881 994 | 46 886 733 | 4 740 |
| Chr04 | 49 401 798 | 1 | 2 143 | 2 143 | 49 399 160 | 49 401 798 | 2 639 |
| Chr05 | 45 855 317 | 10 | 3 043 | 3 034 | 45 852 809 | 45 855 317 | 2 509 |
| Chr06 | 45 285 625 | 1 | 3 268 | 3 268 | 45 283 427 | 45 285 625 | 2199 |
| Chr07 | 48 122 726 | 1 | 2317 | 2317 | 48 120 519 | 48 122 726 | 2 208 |
Nбележка:
Chr: Идентификационен номер на хромозомата
Дължина на хромозомата (bp): Дължина на хромозомата
Upstream_Start (bp): Начална позиция на теломера нагоре по хромозомата
Upstream_End (bp): Крайна позиция на теломера нагоре по хромозомата
Upstream_Length (bp): Дължина на теломера нагоре по хромозомата
Начална позиция на низходящия теломер (bp): Начална позиция на низходящия теломер върху хромозомата
Край на низходящата част (bp): Крайна позиция на теломера надолу по веригата върху хромозомата
Дължина на низходящата_тяло (bp): Дължина на низходящия теломер на хромозомата
3)Позиции на центромерите в генома
| Хр | Дължина на Chr(bp) | Centromics_Start(bp) | Край_на_центромиката(bp) |
| Chr01 | 55 340 768 | 18 943 204 | 23 005 555 |
| Chr02 | 56 588 289 | 28 114 720 | 30 677 916 |
| Chr03 | 46 886 733 | 24 487 558 | 24 929 326 |
| Chr04 | 49 401 798 | 20 976 875 | 22 563 388 |
| Chr05 | 45 855 317 | 18 578 095 | 19 715 924 |
| Chr06 | 45 285 625 | 19 398 436 | 19 950 173 |
| Chr07 | 48 122 726 | 26 390 720 | 27 913 284 |
Забележка:
Chr: Идентификационен номер на хромозомата
Дължина на хромозомата (bp): Дължина на хромозомата
Centromere_Start (bp): Начална позиция на центромера върху хромозомата
Край_на_центромера (bp): Крайна позиция на центромера върху хромозомата
4) Статистика за пропуските в резултатите от събранието
| Група | Номер_на_празнина | Лен |
| Chr01 | 0 | 55 340 768 |
| Chr02 | 0 | 56 588 289 |
| Chr03 | 0 | 46 886 733 |
| Chr04 | 0 | 49 401 798 |
| Chr05 | 0 | 45 855 317 |
| Chr06 | 0 | 45 285 625 |
| Chr07 | 0 | 48 122 726 |
| Общо (съотношение %) | 0 | 347 481 256 (100,00) |
Nбележка:
Група: Идентификационен номер на хромозомата
Gap_Number: Брой празнини в хромозомата
Дължина (bp): Дължина на хромозомата
5) Оценка на геномния LAI
| Хр | Дължина на Chr (bp) | Непокътнат | Общо | raw_LAI | LAI |
| целият_геном | 347 481 256 | 0,046 | 0.36 | 12.94 | 15.18 |
Забележка: Според публикацията от разработчиците на LAI, стойностите на LAI са класифицирани в три категории: Чернова (0 ≤ LAI < 10), Референтна (10 ≤ LAI < 20) и Златна (LAI ≥ 20).
Дължина на хромозомата (bp): Дължина на хромозомата
Незасегнати: Пропорция на непокътнати LTR-RT в генома
Общо: Дял на общия брой LTR в генома
raw_LAI = Непокътнати / Общо × 100
LAI: Коригирана стойност на LAI
Разгледайте напредъка, улеснен от услугите за de novo сглобяване на геноми на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации:
T2T Gеноме
Liu, Shoucheng и др.„Теломерно-теломерна геномна сглобка, съчетана с мулти-омични данни, предоставя представа за еволюцията на хексаплоидната хлебна пшеница.„Природна генетика об. 57,4 (2025): 1008-1020. doi:10.1038/s41588-025-02137-x
Yao, Xue-Feng и др.„Пълно сглобяване на генома на японски сорт ориз Zhonghua 11.„Комуникации в завода том 6,10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463
Лв, Джиюан и др.„Близо до теломерно-теломерно сглобяване на генома на Camellia pitardii.„Научни данни об. 12,1 1422. 14 август 2025 г., doi:10.1038/s41597-025-05764-5
Ду, Хайюан и др.„Почти пълен геномен сбор на Fragaria iinumae.„Геномика на BMC об. 26,1 253. 14 март 2025 г., doi:10.1186/s12864-025-11440-0
Chen, Weikai и др.„Пълният геномен сбор на Nicotiana benthamiana разкрива генетичния и епигенетичен пейзаж на центромерите.„Природни растения об. 10,12 (2024): 1928-1943. doi:10.1038/s41477-024-01849-y
Хаплотипно разрешен T2T геном
Хан, Фалак Шер и др. „Хаплотипно разрешени T2T геноми без празнини на сорта грозде Каберне Совиньон.“Научни данни, 10.1038/s41597-026-06910-3. 26 февруари 2026 г., doi:10.1038/s41597-026-06910-3
T2T геном + сравнителен геном
Хонг, Лин и др. „Конструиране и анализ на теломерни геноми за 2 сладки портокала: Лонгхуихонг и Нюхол (Citrus sinensis).“ГигаНаукатом 13 (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
Ли, Сяо-Джие и др. „Анализ на теломерния геном на червения морков TXH4 изяснява ролята на DcLCYE и DcLCYB1 в натрупването на ликопен в моркова.“Изследвания в градинарствотооб. 12,11 uhaf192. 29 юли 2025 г., doi:10.1093/hr/uhaf192
T2T геном + пангеном
Уанг, Сяоджинг и др. „T2T геном, пангеномен анализ и гени за реакция на топлинен стрес при видовете Rhododendron.“iMetaоб. 4,2 e70010. 5 март 2025 г., doi:10.1002/imt2.70010
