Секвениране на бисулфит на целия геном (WGBS)
Тази техника, базирана на бисулфитното третиране на ДНК, за да се индуцира превръщането на неметилирани цитозини в урацил (C към U), като същевременно метилираните цитозини остават непроменени, е златният стандарт за задълбочено изследване на ДНК метилирането, по-специално петата позиция в цитозина (5-mC), ключов регулатор на генната експресия и клетъчната активност.
Тази техника предлага разделителна способност на единични бази, което позволява на изследователите да изследват цялостно метилома и да открият анормални модели на метилиране в пробите. Чрез използването на WGBS, учените могат да получат несравнима информация за ландшафтите на метилиране в целия геном, предоставяйки нюансирано разбиране на епигенетичните механизми, които са в основата на различни биологични процеси и заболявания.
Характеристики на услугата
● Секвениране на Illumina NovaSeq.
● Изисква референтен геном.
● Ламбда ДНК се добавя за наблюдение на ефективността на превръщането на бисулфит.
Предимства на услугата
●Златен стандарт за изследвания на ДНК метилиранеТази зряла технология има висока точност и добра възпроизводимост.
●Широко покритие и еднобазова резолюция:Откриването на местата на метилиране е на ниво целия геном.
●Пълна платформа:Ние предлагаме цялостно обслужване - от обработка на проби, изграждане на библиотеки, секвениране до биоинформатичен анализ.
●Обширна експертизаИмаме широк спектър от завършени проекти, обхващащи разнообразни видове. BMKGENE разполага с над десет години опит, висококвалифициран екип за анализ, изчерпателно съдържание и отлична следпродажбена поддръжка.
●Възможност за присъединяване към транскриптомичен анализПозволява интегриран анализ на WGBS с други omics данни, като например RNA-seq.
Примерни спецификации
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителен изход на данни | Контрол на качеството |
| Обработен с бисулфит | Илумина PE150 | 30x дълбочина | Q30 ≥ 85% Конверсия на бисулфит > 99% |
Примерни изисквания
| Концентрация (ng/µL) | Общо количество (µg) | Допълнителни изисквания | |
| Геномна ДНК | ≥ 5 | ≥ 400 нг | Ограничено разграждане или замърсяване |
Работен поток на услугата
Доставка на мостри
Екстракция на ДНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Доставка на данни
Услугата включва следния анализ:
● Контрол на качеството на суровите секвенирания;
● Картиране към референтен геном;
● Откриване на 5mC метилирани бази;
● Анализ на разпределението на метилирането и анотация;
● Анализ на диференциално метилирани региони (DMR);
● Функционална анотация на гени, свързани с DMR.
Откриване на метилиране на 5mC: видове метилирани места
Карта на метилиране. Разпределение на 5mC метилиране в целия геном.
Анотация на силно метилирани региони
Диференциално метилирани региони: свързани гени
Диференциално метилирани региони: анотация на свързани гени (генна онтология)
Разгледайте напредъка в научните изследвания, улеснен от услугите на BMKGene за секвениране на целия геном с бисулфит, чрез подбрана колекция от публикации.
Fan, Y. et al. (2020) „Анализ на профилите на ДНК метилиране по време на развитието на скелетните мускули на овце, използвайки бисулфитно секвениране на целия геном“,BMC Genomics, 21(1), стр. 1–15. doi: 10.1186/S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) „Нови нарушения в метилирането на дезоксирибонуклеинова киселина при работници, изложени на винилхлорид“,Токсикология и индустриално здраве, 38(7), стр. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) „Връзки между метилирането на генома, нивата на некодиращи РНК, иРНК и метаболити в зреещите плодове на домати“,Списанието за растения, 103 (3), стр. 980–994. doi: 10.1111/TPJ.14778.
