Секвениране на цели транскриптоми – Illumina
Характеристики
● Генериране на двойна библиотека за секвениране на пълния транскриптом: библиотека за изчерпване на рРНК и подготовка на малка РНК библиотека.
● Пълен биоинформатичен анализ на mRNA, lncRNA, circRNA и miRNA в отделни биоинформатични доклади, плюс съвместен анализ с комбинирана експресия на всички RNA, включително анализ на цеРНК мрежи.
Предимства на услугата
●Обширна експертизаОбработили сме над 2100 проекта за цялостни транскриптоми, обхващащи различни видове проби. Влагаме богатия си опит във всеки проект.
●Строг контрол на качествотоНие внедряваме основни контролни точки на всички етапи, от подготовката на пробите до подготовката на библиотеките, секвенирането и биоинформатиката. Нашият щателен мониторинг гарантира получаването на постоянно висококачествени резултати.
●Изчерпателна анотацияИзползваме множество бази данни, за да анотираме функционално диференциално експресираните гени (DEG) и да извършваме съответните анализи за обогатяване. Този всеобхватен подход предоставя информация за клетъчните и молекулярните процеси, лежащи в основата на транскриптомния отговор, като гарантира, че ще получите цялата възможна информация за данните от вашия експеримент.
●Задълбочен анализ на регулаторните мрежиАнализът на цеРНК мрежите е осъществен чрез съвместно секвениране на иРНК, дълга некротизираща РНК, кръгла РНК и миРНК, както и чрез изчерпателен биоинформатичен работен процес.
●Следпродажбена поддръжкаРазбираме колко е важно да присъствате, затова нашият ангажимент се простира и след завършването на проекта с 3-месечен период на следпродажбено обслужване. През това време предлагаме проследяване на проекта, помощ при отстраняване на неизправности и сесии с въпроси и отговори, за да отговорим на всякакви въпроси, свързани с резултатите.
Изисквания за проба и доставка
| Библиотека | Стратегия за секвениране | Препоръчителни данни | Контрол на качеството |
| рРНК изчерпана | Илумина PE150 | 16 Гб | Q30≥85% |
| Избран размер | Илумина SE50 | 10-20 милиона четения |
Примерни изисквания:
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/μl) | Количество (μg) | Чистота | Почтеност |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Ограничено или никакво замърсяване с протеини или ДНК, наблюдавано върху гела. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ограничена или никаква елевация на базовата линия |
Препоръчителна доставка на проби
Контейнер: 2 ml центрофужна епруветка (не се препоръчва калаено фолио)
Примерно етикетиране: Групиране + повторение, например A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Пратка:
1. Сух лед: Пробите трябва да бъдат опаковани в торби и заровени в сух лед.
2. RNAstable епруветки: РНК пробите могат да бъдат изсушени в RNA стабилизираща епруветка (напр. RNAstable®) и транспортирани при стайна температура.
Работен поток на услугата
Дизайн на експеримента
Доставка на мостри
Екстракция на РНК
Строителство на библиотека
Секвениране
Анализ на данни
Следпродажбено обслужване
Биоинформатика
В допълнение към всички анализи на всеки отделен вид, 4-те вида РНК са комбинирани в нашия съвместен анализ:
- Анализ на коекспресията между всички различни видове РНК данни
- Преглед на РНК експресията
- Общ преглед на диференциалните изрази
- CeRNA мрежа
- Ключови гени, интегрирани в пътя
- Анализ на опазването
- Насочване към отношения
Преглед на РНК експресията
Диференциално експресирани гени
анализ на цеРНК
Диференциално експресирани miRNA и сродни РНК
Разгледайте напредъка в научните изследвания, улеснен от услугите за секвениране на цялостни транскриптоми на BMKGene, чрез подбрана колекция от публикации.
Dai, Y. et al. (2022) „Изчерпателни профили на експресия на mRNA, lncRNA и miRNA при болестта на Кашин-Бек, идентифицирани чрез RNA-секвениране“,Молекулярна омика, 18(2), стр. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) „Анализ на пълни транскриптоми на студоустойчивостта на Apis cerana в планината Чанбай по време на зимуващ период.“Джийн, 830, стр. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) „Приоритизиране на конкуриращи се ендогенни РНК регулаторни мрежи при дребноклетъчен рак на белия дроб, базирано на мулти-омикс интеграция: Молекулярни характеристики и кандидати за лекарства“,Граници в онкологията, 12, стр. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) „Интегрираният анализ на експресионните профили lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA разкрива нови прозрения за потенциалните механизми в отговор на кореновите нематоди при фъстъците“,BMC Genomics, 23(1), стр. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Ян, З. и др. (2022) „РНК секвенирането на цялата транскриптома подчертава молекулярните механизми, свързани с поддържането на качеството на броколи след прибиране на реколтата чрез облъчване с червен светодиод“,Следжътвена биология и технологии, 188, стр. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHAVRBIO.2022.111878.
