হাই থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং (ATAC-seq) ব্যবহার করে ট্রান্সপোজেস-অ্যাক্সেসিবল ক্রোমাটিনের জন্য অ্যাসে
পরিষেবার বৈশিষ্ট্য
● ডিএনএ-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া সংরক্ষণ করার জন্য, এই পরিষেবার ক্ষেত্রে নিষ্কাশিত নিউক্লিক অ্যাসিডের পরিবর্তে টিস্যুর নমুনা প্রয়োজন হয়।
● ATAC পদ্ধতির মধ্যে রয়েছে টিস্যু বিচ্ছিন্নকরণ, এরপর নিউক্লিয়াস পৃথকীকরণ, Tn5 প্রক্রিয়াকরণ ও বিশুদ্ধকরণ, PCR বিবর্ধন, আকার নির্বাচন এবং সিকোয়েন্সিং।
● ইলুমিনা নোভা সিক-এ সিকোয়েন্সিং
পরিষেবার সুবিধা
●উচ্চ সংবেদনশীলতা:লাইব্রেরি প্রস্তুতি এবং সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য অল্প সংখ্যক কোষই যথেষ্ট।
●অত্যন্ত তথ্যপূর্ণ কৌশলএকই সাথে উন্মুক্ত ক্রোমাটিন এবং সক্রিয় নিয়ন্ত্রক উপাদান, যেমন ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইটের, জিনোমিক অবস্থান প্রকাশ করে।
●ভালো পরীক্ষামূলক পুনরুৎপাদনযোগ্যতাকারিগরি প্রতিলিপিগুলো চমৎকার পুনরাবৃত্তিযোগ্যতা দেখায়।
●ব্যাপক দক্ষতাশত শত ATAC সিকোয়েন্সিং প্রজেক্ট সফলভাবে সম্পন্ন করার মাধ্যমে, BMKGENE এক দশকেরও বেশি অভিজ্ঞতা, একটি অত্যন্ত দক্ষ বিশ্লেষণ দল, ব্যাপক বিষয়বস্তু এবং চমৎকার বিক্রয়োত্তর সহায়তা নিয়ে এসেছে।
●ট্রান্সক্রিপ্টোমিক্স বিশ্লেষণের সাথে যুক্ত হওয়ার সম্ভাবনাএটিএসি সিকোয়েন্সিং-এর সাথে আরএনএ-সিকোয়েন্সিং-এর মতো অন্যান্য ওমিক্স ডেটার সমন্বিত বিশ্লেষণের সুযোগ করে দেয়।
● ব্যাপক জৈবতথ্য বিশ্লেষণযা কেবল ক্রোমাটিনের উন্মুক্ত অঞ্চল এবং তাদের সংশ্লিষ্ট কার্যকারিতা (প্রোমোটার, ইউটি, এক্সন, ইন্ট্রন) শনাক্ত করতেই সক্ষম করে না, বরং নমুনাগুলোর মধ্যে ক্রোমাটিনের উন্মুক্ত অঞ্চলগুলোর পার্থক্য বিশ্লেষণ করতেও সক্ষম করে।
পরিষেবার স্পেসিফিকেশন
| লাইব্রেরি | ক্রমবিন্যাস কৌশল | প্রস্তাবিত ডেটা আউটপুট | গুণমান নিয়ন্ত্রণ |
| ATAC-seq | ইলুমিনা পিই১৫০ | ২০ মিলিয়ন রিড জিনোমের আকারের উপর নির্ভর করে (মানুষের ক্ষেত্রে: ৫০ মিলিয়ন রিড) | Q30≥85% |
নমুনা প্রয়োজনীয়তা
নমুনার ধরণ: টিস্যু, জীবন্ত বা হিমায়িত কোষ, রক্ত
● সেল নম্বর: ≥ ১০6কোষ
● টিস্যুর ওজন: ≥ ২০০ মিলিগ্রাম তাজা টিস্যু
● রক্ত: ≥ ৪ মিলি
পরিষেবা কার্যপ্রবাহ
পরীক্ষার নকশা
নমুনা সরবরাহ
ডিএনএ নিষ্কাশন
গ্রন্থাগার নির্মাণ
ক্রমবিন্যাস
ডেটা বিশ্লেষণ
বিক্রয়োত্তর সেবা
নিম্নলিখিত বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত:
● কাঁচা তথ্যের গুণমান নিয়ন্ত্রণ;
● রেফারেন্স জিনোমের সাথে ম্যাপিংয়ের ভিত্তিতে শীর্ষবিন্দু চিহ্নিতকরণ;
● শীর্ষ অবস্থানের উপর জিনের টীকা;
● মোটিফ বিশ্লেষণ: ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইট (TFBS) শনাক্তকরণ;
● ডিফারেনশিয়াল পিক বিশ্লেষণ ও টীকা।
১. TSS এবং সংলগ্ন অঞ্চলসমূহে (±৩ kb) ATAC রিডের বন্টনের হিটম্যাপ
২. জিনোমের বিভিন্ন উপাদানে উন্মুক্ত ক্রোমাটিন অঞ্চলের বন্টন
৩. দলগুলোর মধ্যে সর্বোচ্চ ডাকের পার্থক্য
নির্বাচিত প্রকাশনা সংকলনের মাধ্যমে BMKGene-এর ATAC সিকোয়েন্সিং পরিষেবার দ্বারা সাধিত গবেষণার অগ্রগতি সম্পর্কে জানুন।
ফু, এ.ইত্যাদি।(২০২৩) 'করলার (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) টেলোমিয়ার-টু-টেলোমিয়ার জিনোম অ্যাসেম্বলি ফলের বিকাশ, গঠন এবং পাকানোর জেনেটিক বৈশিষ্ট্য প্রকাশ করে',উদ্যানপালন গবেষণা, 10(1)। doi: 10.1093/HR/UHAC228।
গং, বি।ইত্যাদি।(2023) 'গ্লিওমায় অনকোজিন হিসেবে সিক্রেটরি কাইনেজ FAM20C-এর এপিজেনেটিক এবং ট্রান্সক্রিপশনাল সক্রিয়করণ',জার্নাল অফ জেনেটিক্স অ্যান্ড জিনোমিক্স, 50(6), পৃ. 422-433। doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
সে, ওয়াই।ইত্যাদি।(2023) 'বিউটিরেট সি-ফস-নির্ভর এক্সসিটি দমন প্ররোচিত করে কোলোরেক্টাল ক্যান্সারে ফেরোপটোসিস প্রতিরোধ ক্ষমতাকে বিপরীত করে',রেডক্স জীববিজ্ঞান, ৬৫, পৃ. ১০২৮২২। ডিওআই: ১০.১০১৬/জে.রেডক্স.২০২৩.১০২৮২২।
