পূর্ণ-দৈর্ঘ্য mRNA সিকোয়েন্সিং -PacBio
পরিষেবার সুবিধা
● 3'- শেষ থেকে 5'- শেষ পর্যন্ত পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের সিডিএনএ অণুর সরাসরি রিড-আউট
● আইসো-ফর্ম লেভেল রেজোলিউশন ক্রম কাঠামোতে
● উচ্চ নির্ভুলতা এবং সততার সাথে প্রতিলিপি
● vaours প্রজাতির জন্য অত্যন্ত সামঞ্জস্যপূর্ণ
● 4টি PacBio সিক্যুয়েল II সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্ম সজ্জিত সহ বড় সিকোয়েন্সিং ক্ষমতা
● 700 টিরও বেশি Pacbio-ভিত্তিক RNA সিকোয়েন্সিং প্রকল্পের সাথে অত্যন্ত অভিজ্ঞ
● BMKCloud-ভিত্তিক ফলাফল বিতরণ: প্ল্যাটফর্মে কাস্টমাইজড ডেটা মাইনিং উপলব্ধ।
● বিক্রয়োত্তর পরিষেবাগুলি প্রকল্পের সমাপ্তির পরে 3 মাসের জন্য বৈধ
পরিষেবা নির্দিষ্টকরণ
প্ল্যাটফর্ম: PacBio সিক্যুয়েল II
সিকোয়েন্সিং লাইব্রেরি: পলি এ- সমৃদ্ধ mRNA লাইব্রেরি
প্রস্তাবিত ডেটা ফলন: 20 জিবি/নমুনা (প্রজাতির উপর নির্ভর করে)
FLNC（%）：≥75%
*FLNC: সম্পূর্ণ দৈর্ঘ্যের নন-কাইমেরিক ট্রান্সসিপ্ট
বায়োইনফরমেটিক্স বিশ্লেষণ
● কাঁচা তথ্য প্রক্রিয়াকরণ
● প্রতিলিপি সনাক্তকরণ
● সিকোয়েন্স গঠন
● অভিব্যক্তি পরিমাণ
● ফাংশন টীকা
নমুনা প্রয়োজনীয়তা এবং ডেলিভারি
নমুনা প্রয়োজনীয়তা:
নিউক্লিওটাইডস:
| Conc.(ng/μl) | পরিমাণ (μg) | বিশুদ্ধতা | অখণ্ডতা |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 জেলে দেখানো সীমিত বা কোন প্রোটিন বা ডিএনএ দূষণ নেই। | উদ্ভিদের জন্য: RIN≥7.5; প্রাণীদের জন্য: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; সীমিত বা কোন বেসলাইন উচ্চতা |
টিস্যু: ওজন (শুকনো):≥1 গ্রাম
*5 মিলিগ্রামের চেয়ে ছোট টিস্যুর জন্য, আমরা ফ্ল্যাশ হিমায়িত (তরল নাইট্রোজেনে) টিস্যুর নমুনা পাঠানোর পরামর্শ দিই।
সেল সাসপেনশন:কোষের সংখ্যা = 3×106- 1×107
*আমরা হিমায়িত সেল লাইসেট পাঠানোর পরামর্শ দিই।যদি ঘরটি 5×10 এর চেয়ে ছোট হয়5, তরল নাইট্রোজেনে ফ্ল্যাশ হিমায়িত করার পরামর্শ দেওয়া হয়, যা মাইক্রো নিষ্কাশনের জন্য পছন্দনীয়।
রক্তের নমুনা:আয়তন≥1 মি.লি
অণুজীব:ভর ≥ 1 গ্রাম
প্রস্তাবিত নমুনা বিতরণ
ধারক:
2 মিলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব (টিনের ফয়েল বাঞ্ছনীয় নয়)
নমুনা লেবেলিং: গ্রুপ+প্রতিলিপি যেমন A1, A2, A3;B1, B2, B3...
জাহাজে প্রেরিত কাজ:
1. শুকনো বরফ: নমুনাগুলি ব্যাগে প্যাক করা এবং শুকনো বরফের মধ্যে সমাহিত করা দরকার।
2. আরএনএস্টেবল টিউব: আরএনএ নমুনাগুলিকে আরএনএ স্ট্যাবিলাইজেশন টিউবে শুকানো যেতে পারে (যেমন RNAstable®) এবং ঘরের তাপমাত্রায় পাঠানো যেতে পারে।
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
পরীক্ষামূলক নকশা
নমুনা বিতরণ
আরএনএ নিষ্কাশন
গ্রন্থাগার নির্মাণ
সিকোয়েন্সিং
তথ্য বিশ্লেষণ
পরে বিক্রয় সেবা
1.FLNC দৈর্ঘ্য বন্টন
পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের নন-কাইমেরিক রিডের দৈর্ঘ্য (FLNC) গ্রন্থাগার নির্মাণে সিডিএনএর দৈর্ঘ্য নির্দেশ করে।গ্রন্থাগার নির্মাণের গুণমান মূল্যায়নে FLNC দৈর্ঘ্য বন্টন একটি গুরুত্বপূর্ণ সূচক।
FLNC রিড লেন্থ ডিস্ট্রিবিউশন
2. সম্পূর্ণ ORF অঞ্চলের দৈর্ঘ্য বন্টন
আমরা ট্রান্সডিকোডার ব্যবহার করি প্রোটিন কোডিং অঞ্চল এবং সংশ্লিষ্ট অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম অনুমান করতে ইউনিজিন সেট তৈরি করতে, যাতে সমস্ত নমুনায় সম্পূর্ণ অ-অপ্রয়োজনীয় প্রতিলিপি তথ্য থাকে।
সম্পূর্ণ ORF অঞ্চলের দৈর্ঘ্য বিতরণ
3.কেইজিজি পথ সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ
প্যাকবিও সিকোয়েন্সিং ডেটা দ্বারা উত্পন্ন পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্ট সেটগুলিতে এনজিএস-ভিত্তিক আরএনএ সিকোয়েন্সিং ডেটা সারিবদ্ধ করে আলাদাভাবে প্রকাশ করা ট্রান্সক্রিপ্ট (ডিইটি) সনাক্ত করা যেতে পারে।এই ডিইটিগুলি বিভিন্ন কার্যকরী বিশ্লেষণের জন্য আরও প্রক্রিয়াজাত করতে পারে, যেমন কেইজিজি পাথওয়ে সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ।
DET KEGG পাথওয়ে সমৃদ্ধকরণ - ডট প্লট
বিএমকে কেস
পপুলাস স্টেম ট্রান্সক্রিপ্টোমের বিকাশগত গতিবিদ্যা
প্রকাশিত: উদ্ভিদ বায়োটেকনোলজি জার্নাল, 2019
সিকোয়েন্সিং কৌশল:
নমুনা সংগ্রহ:স্টেম অঞ্চল: শীর্ষ, প্রথম ইন্টারনোড (IN1), দ্বিতীয় ইন্টারনোড (IN2), তৃতীয় ইন্টারনোড (IN3), ইন্টারনোড (IN4) এবং Nanlin895 থেকে ইন্টারনোড (IN5)
এনজিএস-ক্রম:15 জনের আরএনএ একটি জৈবিক নমুনা হিসাবে পুল করা হয়েছিল।প্রতিটি পয়েন্টের তিনটি জৈবিক প্রতিলিপি এনজিএস সিকোয়েন্সের জন্য প্রক্রিয়া করা হয়েছিল
TGS-ক্রম:স্টেম অঞ্চলগুলিকে তিনটি অঞ্চলে বিভক্ত করা হয়েছিল, যেমন শীর্ষ, IN1-IN3 এবং IN4-IN5৷প্রতিটি অঞ্চলকে চার ধরনের লাইব্রেরি সহ PacBio সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য প্রক্রিয়া করা হয়েছিল: 0-1 kb, 1-2 kb, 2-3 kb এবং 3-10 kb।
মূল ফলাফল
1. মোট 87150টি পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের প্রতিলিপি চিহ্নিত করা হয়েছিল, যার মধ্যে, 2081টি উপন্যাস আইসোফর্ম এবং 62058টি অভিনব বিকল্প বিভক্ত আইসোফর্ম চিহ্নিত করা হয়েছিল।
2.1187 lncRNA এবং 356 ফিউশন জিন সনাক্ত করা হয়েছিল।
3.প্রাথমিক বৃদ্ধি থেকে মাধ্যমিক বৃদ্ধি পর্যন্ত, 995টি ভিন্নভাবে প্রকাশিত জিন থেকে 15838টি ভিন্নভাবে প্রকাশিত প্রতিলিপি চিহ্নিত করা হয়েছে।সমস্ত ডিইজিতে, 1216টি ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর ছিল, যার বেশিরভাগই এখনও রিপোর্ট করা হয়নি।
4.GO সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ প্রাথমিক ও মাধ্যমিক বৃদ্ধিতে কোষ বিভাজন এবং অক্সিডেশন-হ্রাস প্রক্রিয়ার গুরুত্ব প্রকাশ করেছে।
বিকল্প স্প্লিসিং ইভেন্ট এবং বিভিন্ন আইসোফর্ম
প্রতিলিপি কারণের উপর WGCNA বিশ্লেষণ
রেফারেন্স
Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al.পপুলাস স্টেম ট্রান্সক্রিপ্টোমের বিকাশগত গতিবিদ্যা।প্ল্যান্ট বায়োটেকনোল জে. 2019;17(1):206-219।doi:10.1111/pbi.12958
