পূর্ণ-দৈর্ঘ্য mRNA সিকোয়েন্সিং-ন্যানোপোর
পরিষেবার সুবিধা
● নিম্ন ক্রম পক্ষপাত
● পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের cDNA অণু প্রকাশ করা
● একই সংখ্যক ট্রান্সক্রিপ্ট কভার করতে কম ডেটার প্রয়োজন
● প্রতি জিনে একাধিক আইসোফর্ম সনাক্তকরণ
● আইসোফর্ম স্তরে অভিব্যক্তি পরিমাণ নির্ধারণ
পরিষেবা নির্দিষ্টকরণ
| লাইব্রেরি | প্ল্যাটফর্ম | প্রস্তাবিত ডেটা ফলন (জিবি) | মান নিয়ন্ত্রণ |
| সিডিএনএ-পিসিআর (পলি-এ সমৃদ্ধ) | Nanopore PromethION P48 | 6 জিবি/নমুনা (প্রজাতির উপর নির্ভর করে) | পূর্ণ-দৈর্ঘ্য অনুপাত＞70% গড় মানের স্কোর: Q10
|
বায়োইনফরমেটিক্স বিশ্লেষণ
●কাঁচা তথ্য প্রক্রিয়াকরণ
● প্রতিলিপি সনাক্তকরণ
● বিকল্প স্প্লিসিং
● জিন স্তর এবং আইসোফর্ম স্তরে প্রকাশের পরিমাণ নির্ধারণ
● ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ
● ফাংশন টীকা এবং সমৃদ্ধকরণ (DEGs এবং DETs)
নমুনা প্রয়োজনীয়তা এবং ডেলিভারি
নমুনা প্রয়োজনীয়তা:
নিউক্লিওটাইডস:
| Conc.(ng/μl) | পরিমাণ (μg) | বিশুদ্ধতা | অখণ্ডতা |
| ≥ 100 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 জেলে দেখানো সীমিত বা কোন প্রোটিন বা ডিএনএ দূষণ নেই। | উদ্ভিদের জন্য: RIN≥7.0; প্রাণীদের জন্য: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; সীমিত বা কোন বেসলাইন উচ্চতা |
টিস্যু: ওজন (শুকনো): ≥1 গ্রাম
*5 মিলিগ্রামের চেয়ে ছোট টিস্যুর জন্য, আমরা ফ্ল্যাশ হিমায়িত (তরল নাইট্রোজেনে) টিস্যুর নমুনা পাঠানোর পরামর্শ দিই।
সেল সাসপেনশন: সেল সংখ্যা = 3×106- 1×107
*আমরা হিমায়িত সেল লাইসেট পাঠানোর পরামর্শ দিই।যদি ঘরটি 5×10 এর চেয়ে ছোট হয়5, তরল নাইট্রোজেনে ফ্ল্যাশ হিমায়িত করার পরামর্শ দেওয়া হয়, যা মাইক্রো নিষ্কাশনের জন্য পছন্দনীয়।
রক্তের নমুনা: আয়তন≥1 মিলি
প্রস্তাবিত নমুনা বিতরণ
ধারক: 2 মিলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব (টিনের ফয়েল বাঞ্ছনীয় নয়)
নমুনা লেবেলিং: গ্রুপ+প্রতিলিপি যেমন A1, A2, A3;B1, B2, B3...
চালান: 2、ড্রাই-বরফ: নমুনাগুলিকে ব্যাগে প্যাক করে শুকনো বরফের মধ্যে কবর দিতে হবে।
- আরএনএস্টেবল টিউব: আরএনএ নমুনাগুলিকে আরএনএ স্ট্যাবিলাইজেশন টিউবে (যেমন RNAstable®) শুকিয়ে ঘরের তাপমাত্রায় পাঠানো যেতে পারে।
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
নিউক্লিওটাইডস:
নমুনা বিতরণ
গ্রন্থাগার নির্মাণ
সিকোয়েন্সিং
তথ্য বিশ্লেষণ
পরে বিক্রয় সেবা
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
টিস্যু:
পরীক্ষামূলক নকশা
নমুনা বিতরণ
আরএনএ নিষ্কাশন
গ্রন্থাগার নির্মাণ
সিকোয়েন্সিং
তথ্য বিশ্লেষণ
পরে বিক্রয় সেবা
1.ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ - আগ্নেয়গিরির প্লট
ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড জিন (ডিইজি) সনাক্ত করতে এবং আইসোফর্ম স্তরে ডিফারেন্সিয়ালভাবে সনাক্ত করতে উভয় স্তরেই প্রক্রিয়া করা যেতে পারে।
প্রকাশিত প্রতিলিপি (ডিইটি)
2.হায়ারার্কিক্যাল ক্লাস্টারিং হিটম্যাপ
3. বিকল্প বিভক্তি সনাক্তকরণ এবং শ্রেণীবিভাগ
পাঁচ ধরনের বিকল্প স্প্লিসিং ইভেন্টের ভবিষ্যদ্বাণী করা যেতে পারে আস্তালাভিস্তা।
4.পলি-এ-এর 50 bp আপস্ট্রিমে বিকল্প পলি-অ্যাডিনাইলেশন (APA) ঘটনা সনাক্তকরণ এবং মোটিফ
বিএমকে কেস
ন্যানোপোর পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং দ্বারা বিকল্প স্প্লিসিং সনাক্তকরণ এবং আইসোফর্ম-স্তরের পরিমাণ নির্ধারণ
প্রকাশিত:প্রকৃতি যোগাযোগ, 2020
সিকোয়েন্সিং কৌশল:
গ্রুপিং: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1(K700E মিউটেশন);3. সাধারণ বি-কোষ
সিকোয়েন্সিং কৌশল: MinION 2D লাইব্রেরি সিকোয়েন্সিং, PromethION 1D লাইব্রেরি সিকোয়েন্সিং;একই নমুনা থেকে সংক্ষিপ্ত-পঠিত ডেটা
সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্ম: ন্যানোপুর মিনিয়ন;ন্যানোপোর প্রমিথিওন;
মূল ফলাফল
1.Isoform-স্তরের বিকল্প স্প্লাইসিং সনাক্তকরণ
দীর্ঘ-পঠিত ক্রমগুলি মিউট্যান্ট SF3B1 সনাক্তকরণের ক্ষমতা দেয়৷K700E-পরিবর্তিত স্প্লাইস সাইট আইসোফর্ম-লেভেলে।35টি বিকল্প 3′SSs এবং 10টি বিকল্প 5′SSs উল্লেখযোগ্যভাবে SF3B1 এর মধ্যে বিভক্ত করা হয়েছেK700Eএবং SF3B1WT.35টি পরিবর্তনের মধ্যে 33টি দীর্ঘ-পঠিত ক্রম দ্বারা নতুনভাবে আবিষ্কৃত হয়েছে।
2.Isoform-স্তরের বিকল্প স্প্লাইসিং পরিমাণ নির্ধারণ
SF3B1 এ ইন্ট্রন রিটেনশন (IR) আইসোফর্মের প্রকাশK700Eএবং SF3B1WTন্যানোপোর সিকোয়েন্সের উপর ভিত্তি করে পরিমাপ করা হয়েছিল, SF3B1 এ IR আইসোফর্মের একটি বিশ্বব্যাপী ডাউন-রেগুলেশন প্রকাশ করেK700E.
রেফারেন্স
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.দীর্ঘস্থায়ী লিম্ফোসাইটিক লিউকেমিয়াতে SF3B1 মিউটেশনের পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্ট চরিত্রায়ন ধরে রাখা ইন্ট্রোন [জে] এর নিম্ন নিয়ন্ত্রণ প্রকাশ করে।প্রকৃতি যোগাযোগ.
