● PE150 ব্যবহার করে ইলুমিনা নোভা সিক (Illumina NovaSeq)-এ সিকোয়েন্সিং।
● এই পরিষেবার জন্য নিষ্কাশিত নিউক্লিক অ্যাসিডের পরিবর্তে টিস্যুর নমুনা প্রয়োজন হয়, যা ফর্মালডিহাইডের সাহায্যে ক্রস-লিঙ্ক করে ডিএনএ-প্রোটিনের পারস্পরিক ক্রিয়াকে সংরক্ষণ করে।
● হাই-সি (Hi-C) পরীক্ষায় প্রথমে বায়োটিন দিয়ে স্টিকি এন্ডগুলোর রেস্ট্রিকশন ও এন্ড রিপেয়ার করা হয় এবং এরপর ইন্টারঅ্যাকশনগুলো অক্ষুণ্ণ রেখে প্রাপ্ত ব্লান্ট এন্ডগুলোকে সার্কুলারাইজ করা হয়। তারপর স্ট্রেপ্টাভিডিন বিডস দিয়ে ডিএনএ-কে পুল ডাউন করা হয় এবং পরবর্তী লাইব্রেরি তৈরির জন্য বিশুদ্ধ করা হয়।
●সর্বোত্তম সীমাবদ্ধতা এনজাইম ডিজাইনবিভিন্ন প্রজাতির উপর ৯৩% পর্যন্ত বৈধ মিথস্ক্রিয়া জোড়ার মাধ্যমে উচ্চ Hi-C কার্যকারিতা নিশ্চিত করা।
●ব্যাপক অভিজ্ঞতা ও প্রকাশনা রেকর্ড:BMKGene-এর ৮০০টি ভিন্ন প্রজাতির ২০০০-এরও বেশি Hi-C সিকোয়েন্সিং প্রকল্প এবং বিভিন্ন পেটেন্ট নিয়ে ব্যাপক অভিজ্ঞতা রয়েছে। তাদের ১০০টিরও বেশি প্রকাশিত কেস রয়েছে, যেগুলোর সম্মিলিত ইমপ্যাক্ট ফ্যাক্টর ৯০০-এরও বেশি।
●উচ্চ-দক্ষ বায়োইনফরমেটিক্স দল:হাই-সি পরীক্ষা ও ডেটা বিশ্লেষণের জন্য নিজস্ব পেটেন্ট ও সফটওয়্যার কপিরাইট এবং স্ব-উন্নত ডেটা ভিজ্যুয়ালাইজেশন সফটওয়্যার রয়েছে।
●বিক্রয়োত্তর সহায়তা:প্রকল্প সমাপ্তির পরেও আমাদের দায়বদ্ধতা ৩ মাসের বিক্রয়োত্তর সেবার মাধ্যমে অব্যাহত থাকে। এই সময়ে, আমরা প্রকল্পের ফলো-আপ, সমস্যা সমাধানে সহায়তা এবং ফলাফল সম্পর্কিত যেকোনো জিজ্ঞাসার সমাধানের জন্য প্রশ্নোত্তর পর্বের আয়োজন করে থাকি।
●বিশদ টীকাআমরা একাধিক ডেটাবেস ব্যবহার করে শনাক্তকৃত ভ্যারিয়েশনযুক্ত জিনগুলোর কার্যকরী টীকা প্রদান করি এবং সংশ্লিষ্ট এনরিচমেন্ট বিশ্লেষণ সম্পাদন করি, যা একাধিক গবেষণা প্রকল্পে অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে।
| লাইব্রেরি | ক্রমবিন্যাস কৌশল | প্রস্তাবিত ডেটা আউটপুট | হাই-সি সিগন্যাল রেজোলিউশন |
| হাই-সি লাইব্রেরি | ইলুমিনা পিই১৫০ | ক্রোমাটিন লুপ: ১৫০x TAD: 50x | ক্রোমাটিন লুপ: ১০ কিলোবাইট TAD: 40Kb |
| নমুনা প্রকার | প্রয়োজনীয় পরিমাণ |
| প্রাণীর টিস্যু | ≥২ গ্রাম |
| সম্পূর্ণ রক্ত | ≥২ মিলি |
| ছত্রাক | ≥১ গ্রাম |
| উদ্ভিদ- তরুণ টিস্যু | প্রতি ভাগে ১ গ্রাম, ২-৪টি ভাগ নেওয়ার পরামর্শ দেওয়া হয়। |
| কালচার করা কোষ | ≥১x১০7 |
নিম্নলিখিত বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত:
● কাঁচা ডেটার গুণমান নিয়ন্ত্রণ (QC);
● ম্যাপিং এবং হাই-সি লাইব্রেরি কিউসি: বৈধ ইন্টারঅ্যাকশন পেয়ার এবং ইন্টারঅ্যাকশন ডিক্যাই এক্সপোনেন্ট (আইডিই);
● জিনোম-ব্যাপী মিথস্ক্রিয়া প্রোফাইলিং: সিস/ট্রান্স বিশ্লেষণ এবং হাই-সি মিথস্ক্রিয়া মানচিত্র;
● এ/বি কম্পার্টমেন্ট বণ্টনের বিশ্লেষণ;
● TAD ও ক্রোমাটিন লুপ শনাক্তকরণ;
● নমুনাগুলোর মধ্যে ত্রিমাত্রিক ক্রোমাটিন কাঠামোগত উপাদানসমূহের পার্থক্যমূলক বিশ্লেষণ এবং সংশ্লিষ্ট জিনগুলোর ক্রিয়াশীল টীকা।
সিস এবং ট্রান্স অনুপাত বিতরণ
নমুনাগুলির মধ্যে ক্রোমোজোমাল মিথস্ক্রিয়ার হিটম্যাপ
জিনোম-ব্যাপী A/B কম্পার্টমেন্টের বন্টন
জিনোম-ব্যাপী ক্রোমাটিন লুপের বিতরণ
TAD-এর দৃশ্যায়ন
নির্বাচিত প্রকাশনা সংকলনের মাধ্যমে BMKGene-এর Hi-C সিকোয়েন্সিং পরিষেবার দ্বারা সাধিত গবেষণার অগ্রগতি সম্পর্কে জানুন।
মেং, টি. এট আল. (২০২১) 'একটি তুলনামূলক সমন্বিত মাল্টি-ওমিক্স বিশ্লেষণ কর্ডোমার জন্য CA2 কে একটি নতুন লক্ষ্যবস্তু হিসেবে চিহ্নিত করে',নিউরো-অনকোলজি, 23(10), পৃ. 1709-1722। doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156।
জু, এল. প্রমুখ (২০২১) 'সমন্বিত হাই-সি, ন্যানোপোর এবং আরএনএ সিকোয়েন্সিং-এর মাধ্যমে জিনোমের ত্রিমাত্রিক বিশৃঙ্খলা ও পুনর্বিন্যাস এনএএফএলডি-র রোগোৎপত্তি সম্পর্কে অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), পৃ. 3150-3164। doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022।