条形 ব্যানার-03

পণ্য

হাই-সি ভিত্তিক জিনোম সমাবেশ

图片40

হাই-সি (Hi-C) হলো এমন একটি পদ্ধতি যা নৈকট্য-ভিত্তিক মিথস্ক্রিয়া অনুসন্ধান এবং হাই-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং-এর সমন্বয়ে ক্রোমোজোমের বিন্যাস ধারণ করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। এই মিথস্ক্রিয়াগুলোর তীব্রতা ক্রোমোজোমের ভৌত দূরত্বের সাথে ঋণাত্মকভাবে সম্পর্কিত বলে মনে করা হয়। তাই, একটি খসড়া জিনোমে একত্রিত সিকোয়েন্সগুলোর ক্লাস্টারিং, ক্রমবিন্যাস ও দিক নির্ধারণে নির্দেশনা দিতে এবং সেগুলোকে নির্দিষ্ট সংখ্যক ক্রোমোজোমের উপর স্থাপন করতে হাই-সি ডেটা ব্যবহৃত হয়। এই প্রযুক্তি জনসংখ্যা-ভিত্তিক জেনেটিক ম্যাপের অনুপস্থিতিতে ক্রোমোজোম-স্তরের জিনোম অ্যাসেম্বলিকে সক্ষম করে। প্রতিটি জিনোমেরই একটি হাই-সি প্রয়োজন।


পরিষেবার বিবরণ

বায়োইনফরমেটিক্স

ডেমো ফলাফল

বিশেষ প্রকাশনা

পরিষেবার বৈশিষ্ট্য

● PE150 ব্যবহার করে ইলুমিনা নোভা সিক (Illumina NovaSeq)-এ সিকোয়েন্সিং।

● এই পরিষেবার জন্য নিষ্কাশিত নিউক্লিক অ্যাসিডের পরিবর্তে টিস্যুর নমুনা প্রয়োজন হয়, যা ফর্মালডিহাইডের সাহায্যে ক্রস-লিঙ্ক করে ডিএনএ-প্রোটিনের পারস্পরিক ক্রিয়াকে সংরক্ষণ করে।

● হাই-সি (Hi-C) পরীক্ষায় প্রথমে বায়োটিন দিয়ে স্টিকি এন্ডগুলোর রেস্ট্রিকশন ও এন্ড রিপেয়ার করা হয় এবং এরপর ইন্টারঅ্যাকশনগুলো অক্ষুণ্ণ রেখে প্রাপ্ত ব্লান্ট এন্ডগুলোকে সার্কুলারাইজ করা হয়। তারপর স্ট্রেপ্টাভিডিন বিডস দিয়ে ডিএনএ-কে পুল ডাউন করা হয় এবং পরবর্তী লাইব্রেরি তৈরির জন্য বিশুদ্ধ করা হয়।

পরিষেবার সুবিধা

১. হাই-সি-সিকোয়েন্সিং-এর নীতি

হাই-সি এর সংক্ষিপ্ত বিবরণ
(লিবারম্যান-এইডেন ই এট আল।,বিজ্ঞান, ২০০৯)

●জিনগত জনসংখ্যা তথ্যের প্রয়োজনীয়তা দূর করা:হাই-সি কন্টিগ অ্যাঙ্করিংয়ের জন্য প্রয়োজনীয় তথ্য প্রতিস্থাপন করে।

●উচ্চ মার্কার ঘনত্ব:এর ফলে কন্টিগ অ্যাঙ্করিং অনুপাত ৯০%-এর উপরে থাকে।

●ব্যাপক অভিজ্ঞতা ও প্রকাশনার রেকর্ড:BMKGene-এর ১০০০টি ভিন্ন প্রজাতির ২০০০টিরও বেশি Hi-C জিনোম অ্যাসেম্বলির কেস এবং বিভিন্ন পেটেন্টসহ ব্যাপক অভিজ্ঞতা রয়েছে। ২০০টিরও বেশি প্রকাশিত কেসের সম্মিলিত ইমপ্যাক্ট ফ্যাক্টর ২০০০-এর বেশি।

●অত্যন্ত দক্ষ বায়োইনফরমেটিক্স দল:হাই-সি পরীক্ষা ও ডেটা বিশ্লেষণের জন্য নিজস্ব পেটেন্ট এবং সফটওয়্যার কপিরাইট সহ, স্ব-উন্নত ভিজ্যুয়ালাইজেশন ডেটা সফটওয়্যারটি ম্যানুয়ালি ব্লক সরানো, উল্টানো, বাতিল করা এবং পুনরায় করার সুবিধা দেয়।

●বিক্রয়োত্তর সহায়তা:প্রকল্প সমাপ্তির পরেও আমাদের দায়বদ্ধতা ৩ মাসের বিক্রয়োত্তর সেবার মাধ্যমে অব্যাহত থাকে। এই সময়ে, আমরা প্রকল্পের ফলো-আপ, সমস্যা সমাধানে সহায়তা এবং ফলাফল সম্পর্কিত যেকোনো জিজ্ঞাসার সমাধানের জন্য প্রশ্নোত্তর পর্বের আয়োজন করে থাকি।

●বিশদ টীকাআমরা একাধিক ডেটাবেস ব্যবহার করে শনাক্তকৃত ভ্যারিয়েশনযুক্ত জিনগুলোর কার্যকরী টীকা প্রদান করি এবং সংশ্লিষ্ট এনরিচমেন্ট বিশ্লেষণ সম্পাদন করি, যা একাধিক গবেষণা প্রকল্পে অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে।

পরিষেবার স্পেসিফিকেশন

গ্রন্থাগার প্রস্তুতি

ক্রমবিন্যাস কৌশল

প্রস্তাবিত ডেটা আউটপুট

গুণমান নিয়ন্ত্রণ

হাই-সি লাইব্রেরি

ইলুমিনা নোভাসিক পিই১৫০

১০০x

Q30 ≥ 85%

নমুনা প্রয়োজনীয়তা

টিস্যু

প্রয়োজনীয় পরিমাণ

পশুর নাড়িভুঁড়ি

≥ ১ গ্রাম

পশুর পেশী

স্তন্যপায়ী প্রাণীর রক্ত

≥ ২ মিলি

পোল্ট্রি/মাছের রক্ত

গাছ - তাজা পাতা

≥ ২ গ্রাম

কালচার করা কোষ

≥ ১x১০7

পোকামাকড়

≥ ১ গ্রাম

জলজ জীব - পেশী টিস্যু

≥ ১ গ্রাম

জলজ জীব - শৈবাল

≥ ২ গ্রাম

পরিষেবা কার্যপ্রবাহ

নমুনা QC

পরীক্ষার নকশা

নমুনা সরবরাহ

নমুনা সরবরাহ

গ্রন্থাগার প্রস্তুতি

গ্রন্থাগার নির্মাণ

ক্রমবিন্যাস

ক্রমবিন্যাস

ডেটা বিশ্লেষণ

ডেটা বিশ্লেষণ

বিক্রয়োত্তর সেবা

বিক্রয়োত্তর সেবা


  • পূর্ববর্তী:
  • পরবর্তী:

  • 流程图 羽莹-01

    ১) কাঁচা ডেটার গুণমান নিয়ন্ত্রণ

    ২) হাই-সি লাইব্রেরি কিউসি: বৈধ হাই-সি ইন্টারঅ্যাকশনের অনুমান

    ৩) হাই-সি অ্যাসেম্বলি: কন্টিগগুলোকে বিভিন্ন গ্রুপে বিভক্ত করা, এরপর প্রতিটি গ্রুপের মধ্যে কন্টিগের ক্রম নির্ধারণ করা এবং কন্টিগের অভিমুখ নির্ণয় করা।

    ৪) হাই-সি মূল্যায়ন

    হাই-সি লাইব্রেরি কিউসি – হাই-সি বৈধ ইন্টারঅ্যাকশন জোড়ার অনুমান

     

    图片41

     

    হাই-সি অ্যাসেম্বলি – পরিসংখ্যান

     

    图片42

    সমাবেশ-পরবর্তী মূল্যায়ন – বিনগুলির মধ্যে সংকেত তীব্রতার হিটম্যাপ

     

    图片43

    নির্বাচিত প্রকাশনা সংকলনের মাধ্যমে BMKGene-এর Hi-C অ্যাসেম্বলি পরিষেবার দ্বারা সাধিত অগ্রগতিগুলো অন্বেষণ করুন।

    তিয়ান, টি. এট আল. (2023) 'একটি বিশিষ্ট খরা-প্রতিরোধী ভুট্টা জার্মপ্লাজমের জিনোম সমাবেশ এবং জেনেটিক বিশ্লেষণ', নেচার জেনেটিক্স 2023 55:3, 55(3), পৃষ্ঠা 496–506। doi: 10.1038/s41588-023-01297-y।

    ওয়াং, জেডএল প্রমুখ (২০২০) 'এশীয় মৌমাছি এপিস সেরানা জিনোমের একটি ক্রোমোজোম-স্কেল অ্যাসেম্বলি', ফ্রন্টিয়ার্স ইন জেনেটিক্স, ১১, পৃ. ৫২৪১৪০। ডিওআই: ১০.৩৩৩৯/এফজিন.২০২০.০০২৭৯/বিআইবিটিইএক্স।

    Zhang, F. et al. (2023) 'Revealing evolution of tropane alkaloid biosynthesis by analyses two genomes in the Solanaceae family', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.

    ঝাং, এক্স. এট আল. (2020) 'বটগাছ এবং পরাগায়ণকারী বোলতার জিনোম ডুমুর-বোলতা সহ-বিবর্তনের অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে', সেল, 183(4), পৃষ্ঠা 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043

    একটি মূল্য উদ্ধৃতি নিন

    আপনার বার্তাটি এখানে লিখে আমাদের কাছে পাঠিয়ে দিন।

    আমাদের কাছে আপনার বার্তা পাঠান: