পণ্য

হাই-সি ভিত্তিক জিনোম সমাবেশ

হাই-সি হল প্রোবিং প্রক্সিমিটি-ভিত্তিক মিথস্ক্রিয়া এবং উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংকে একত্রিত করে ক্রোমোজোম কনফিগারেশন ক্যাপচার করার জন্য ডিজাইন করা একটি পদ্ধতি।এই মিথস্ক্রিয়াগুলির তীব্রতা ক্রোমোজোমের শারীরিক দূরত্বের সাথে নেতিবাচকভাবে সম্পর্কযুক্ত বলে মনে করা হয়।তাই, হাই-সি ডেটা একটি খসড়া জিনোমে একত্রিত সিকোয়েন্সের ক্লাস্টারিং, অর্ডারিং এবং ওরিয়েন্টিং এবং নির্দিষ্ট সংখ্যক ক্রোমোজোমের উপর নোঙ্গর করার জন্য গাইড করতে পারে।এই প্রযুক্তি জনসংখ্যা-ভিত্তিক জেনেটিক মানচিত্রের অনুপস্থিতিতে একটি ক্রোমোজোম-স্তরের জিনোম সমাবেশকে শক্তিশালী করে।প্রতিটি জিনোমের একটি হাই-সি প্রয়োজন।

প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম / ডিএনবিএসইকিউ

যোগাযোগ করুন

পরিষেবার বিবরণ

ডেমো ফলাফল

কেস স্টাডি

পরিষেবার সুবিধা

হাই-সি এর ওভারভিউ
(লিবারম্যান-এইডেন ই এট আল।,বিজ্ঞান, 2009)

● কনটিগ অ্যাঙ্করিংয়ের জন্য জেনেটিক জনসংখ্যা তৈরির প্রয়োজন নেই;
● উচ্চতর মার্কার ঘনত্ব 90% এর উপরে উচ্চ কনটিগ অ্যাঙ্করিং অনুপাতের দিকে পরিচালিত করে;
● বিদ্যমান জিনোম সমাবেশগুলিতে মূল্যায়ন এবং সংশোধন সক্ষম করে;
● জিনোম অ্যাসেম্বলিতে উচ্চ নির্ভুলতার সাথে কম ঘোরানো সময়;
● 500 টিরও বেশি প্রজাতির জন্য নির্মিত 1000 টিরও বেশি হাই-সি লাইব্রেরির সাথে প্রচুর অভিজ্ঞতা;
● 760-এর বেশি পুঞ্জীভূত প্রকাশিত প্রভাব ফ্যাক্টর সহ 100 টিরও বেশি সফল মামলা;
● পলিপ্লয়েড জিনোমের জন্য হাই-সি ভিত্তিক জিনোম সমাবেশ, পূর্ববর্তী প্রকল্পে 100% অ্যাঙ্করিং রেট অর্জন করা হয়েছিল;
● হাই-সি পরীক্ষা এবং ডেটা বিশ্লেষণের জন্য ইন-হাউস পেটেন্ট এবং সফ্টওয়্যার কপিরাইট;
● স্ব-উন্নত ভিজ্যুয়ালাইজড ডেটা টিউনিং সফ্টওয়্যার, ম্যানুয়াল ব্লক মুভিং, রিভার্সিং, প্রত্যাহার এবং পুনরায় করা সক্ষম করে।

পরিষেবা নির্দিষ্টকরণ

লাইব্রেরির ধরন

প্ল্যাটফর্ম

দৈর্ঘ্য পড়ুন

কৌশল সুপারিশ

হাই-সি

ইলুমিনা নোভাসেক

PE150

≥ 100X

বায়োইনফরমেটিক্স বিশ্লেষণ

● কাঁচা ডেটা মান নিয়ন্ত্রণ

● হাই-সি লাইব্রেরি মান নিয়ন্ত্রণ

● হাই-সি ভিত্তিক জিনোম সমাবেশ

● সমাবেশ পরবর্তী মূল্যায়ন

নমুনা প্রয়োজনীয়তা এবং ডেলিভারি

নমুনা প্রয়োজনীয়তা:

পশু	ছত্রাক	গাছপালা
হিমায়িত টিস্যু: প্রতি লাইব্রেরিতে 1-2 গ্রাম কোষ: লাইব্রেরি প্রতি 1x 10^7 কক্ষ	হিমায়িত টিস্যু: প্রতি লাইব্রেরিতে 1 গ্রাম	হিমায়িত টিস্যু: প্রতি লাইব্রেরিতে 1-2 গ্রাম
*আমরা হাই-সি পরীক্ষার জন্য কমপক্ষে 2টি অ্যালিকোট (প্রতিটি 1 গ্রাম) পাঠানোর পরামর্শ দিই৷

প্রস্তাবিত নমুনা বিতরণ

ধারক: 2 মিলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব (টিনের ফয়েল বাঞ্ছনীয় নয়)
বেশিরভাগ নমুনার জন্য, আমরা ইথানলে সংরক্ষণ না করার পরামর্শ দিই।
নমুনা লেবেলিং: নমুনা তথ্য ফর্ম জমা দিতে নমুনা পরিষ্কারভাবে লেবেল এবং অভিন্ন করা প্রয়োজন.
চালান: শুকনো বরফ: নমুনাগুলি প্রথমে ব্যাগে প্যাক করতে হবে এবং শুকনো বরফের মধ্যে কবর দিতে হবে।

সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো

পরীক্ষামূলক নকশা

নমুনা বিতরণ

ডিএনএ নিষ্কাশন

গ্রন্থাগার নির্মাণ

সিকোয়েন্সিং

তথ্য বিশ্লেষণ

পরে বিক্রয় সেবা

আগে: উদ্ভিদ/প্রাণী ডি নভো জিনোম সিকোয়েন্সিং

পরবর্তী: বিবর্তনীয় জেনেটিক্স

*এখানে দেখানো ডেমো ফলাফল সবই Biomarker Technologies এর সাথে প্রকাশিত জিনোম থেকে

1.Hi-C মিথস্ক্রিয়া তাপ মানচিত্রক্যাম্পটোথেকা আকুমিনাটাজিনোমমানচিত্রে দেখানো হিসাবে, মিথস্ক্রিয়াগুলির তীব্রতা রৈখিক দূরত্বের সাথে নেতিবাচকভাবে সম্পর্কযুক্ত, যা একটি অত্যন্ত-সঠিক ক্রোমোজোম-স্তরের সমাবেশ নির্দেশ করে।(অ্যাঙ্করিং অনুপাত: 96.03%)

3হাই-সি-ইন্টারঅ্যাকশন-হিটম্যাপ-দেখানো-কন্টিগস-অ্যাঙ্করিং-ইন-জিনোম-অ্যাসেম্বলি

কাং এম এট আল।,প্রকৃতি যোগাযোগ, 2021

2.Hi-C এর মধ্যকার বিপরীতের বৈধতা সহজতর করেছেগসিপিয়াম হিরসুটামL. TM-1 A06 এবংG. arboreumChr06

4হাই-সি-হিটম্যাপ-সুবিধা-উন্মোচন-বিপর্যয়-এর-জিনোমের মধ্যে

ইয়াং জেড এট আল।,প্রকৃতি যোগাযোগ, 2019

3. কাসাভা জিনোম SC205 এর সমাবেশ এবং বিয়ালেলিক পার্থক্য।হাই-সি হিটম্যাপ হোমোলোগাস ক্রোমোসোমে স্পষ্ট বিভাজন দেখানো হয়েছে।

5হাই-সি-হিটম্যাপ-শোয়িং-হোমোলোগাস-ক্রোমোজোম

হু ডব্লিউ এট আল।,আণবিক উদ্ভিদ, 2021

4. দুটি ফিকাস প্রজাতির জিনোম সমাবেশে হাই-সি হিটম্যাপ:F.microcarpa(অ্যাঙ্করিং অনুপাত: 99.3%) এবংF.hispida (অ্যাঙ্করিং অনুপাত: 99.7%)
6হাই-সি-হিটম্যাপ-দেখানো-কন্টিগ-অ্যাঙ্করিং-অফ-ফিকাস-জিনোম

ঝাং এক্স এট আল।,সেল, 2020

বিএমকে কেস

বটবৃক্ষের জিনোম এবং পলিনেটর ওয়াস্প

প্রকাশিত: সেল, 2020

সিকোয়েন্সিং কৌশল:

F. মাইক্রোকার্পা জিনোম: প্রায়84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

এফ. হিসপিডাজিনোম: প্রায়97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

ইউপ্রিস্টিনা ভার্টিসিলাটাজিনোম: প্রায়170 X PacBio RSII (65 গিগাবাইট)

মূল ফলাফল

1. দুটি বটগাছের জিনোম এবং একটি পরাগায়নকারী ওয়াস্প জিনোম প্যাকবিও সিকোয়েন্সিং, হাই-সি এবং লিঙ্কেজ ম্যাপ ব্যবহার করে তৈরি করা হয়েছিল।
(1)F. মাইক্রোকার্পাজিনোম: 908 Kb এর কনটিগ N50, BUSCO স্কোর 95.6% সহ 426 Mb (আনুমানিক জিনোমের আকারের 97.7%) একটি সমাবেশ প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল।হাই-সি দ্বারা মোট 423 Mb সিকোয়েন্সগুলি 13টি ক্রোমোজোমে নোঙ্গর করা হয়েছিল।জিনোম টীকা থেকে 29,416টি প্রোটিন-কোডিং জিন পাওয়া গেছে।
(2)এফ. হিসপিডাজিনোম: 360 Mb (আনুমানিক জিনোমের আকারের 97.3%) একটি সমাবেশে 492 Kb এর কনটিগ N50 এবং BUSCO স্কোর 97.4% ছিল।হাই-সি দ্বারা মোট 359 এমবি সিকোয়েন্সগুলি 14টি ক্রোমোজোমে নোঙ্গর করা হয়েছিল এবং উচ্চ-ঘনত্বের সংযোগ মানচিত্রের সাথে অত্যন্ত অভিন্ন।
(৩)ইউপ্রিস্টিনা ভার্টিসিলাটাজিনোম: 387 Mb (আনুমানিক জিনোমের আকার: 382 Mb) একটি সমাবেশ 3.1 Mb এর কন্টিগ N50 এবং BUSCO স্কোর 97.7% সহ প্রতিষ্ঠিত হয়েছিল।

2. তুলনামূলক জিনোমিক্স বিশ্লেষণ উভয়ের মধ্যে প্রচুর সংখ্যক গঠন বৈচিত্র প্রকাশ করেছেফিকাসজিনোম, যা অভিযোজিত বিবর্তন অধ্যয়নের জন্য অমূল্য জেনেটিক সম্পদ প্রদান করে।এই গবেষণাটি, প্রথমবারের মতো, জিনোমিক-স্তরে ফিগ-ওয়াস্প সহ-বিবর্তনের অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করেছে।

PB-পূর্ণ-দৈর্ঘ্য-RNA-সিকোয়েন্সিং-কেস-স্টাডি

দুইটির জিনোমিক বৈশিষ্ট্যের সার্কোস ডায়াগ্রামফিকাসজিনোম, ক্রোমোজোম, সেগমেন্টাল ডুপ্লিকেশন (SDs), ট্রান্সপোসন (LTR, TEs, DNA TEs), জিন এক্সপ্রেশন এবং synteny সহ