● PE150 ব্যবহার করে ইলুমিনা নোভা সিক (Illumina NovaSeq)-এ সিকোয়েন্সিং।
● এই পরিষেবার জন্য নিষ্কাশিত নিউক্লিক অ্যাসিডের পরিবর্তে টিস্যুর নমুনা প্রয়োজন হয়, যা ফর্মালডিহাইডের সাহায্যে ক্রস-লিঙ্ক করে ডিএনএ-প্রোটিনের পারস্পরিক ক্রিয়াকে সংরক্ষণ করে।
● হাই-সি (Hi-C) পরীক্ষায় প্রথমে বায়োটিন দিয়ে স্টিকি এন্ডগুলোর রেস্ট্রিকশন ও এন্ড রিপেয়ার করা হয় এবং এরপর ইন্টারঅ্যাকশনগুলো অক্ষুণ্ণ রেখে প্রাপ্ত ব্লান্ট এন্ডগুলোকে সার্কুলারাইজ করা হয়। তারপর স্ট্রেপ্টাভিডিন বিডস দিয়ে ডিএনএ-কে পুল ডাউন করা হয় এবং পরবর্তী লাইব্রেরি তৈরির জন্য বিশুদ্ধ করা হয়।
হাই-সি এর সংক্ষিপ্ত বিবরণ
(লিবারম্যান-এইডেন ই এট আল।,বিজ্ঞান, ২০০৯)
●জিনগত জনসংখ্যা তথ্যের প্রয়োজনীয়তা দূর করা:হাই-সি কন্টিগ অ্যাঙ্করিংয়ের জন্য প্রয়োজনীয় তথ্য প্রতিস্থাপন করে।
●উচ্চ মার্কার ঘনত্ব:এর ফলে কন্টিগ অ্যাঙ্করিং অনুপাত ৯০%-এর উপরে থাকে।
●ব্যাপক অভিজ্ঞতা ও প্রকাশনার রেকর্ড:BMKGene-এর ১০০০টি ভিন্ন প্রজাতির ২০০০টিরও বেশি Hi-C জিনোম অ্যাসেম্বলির কেস এবং বিভিন্ন পেটেন্টসহ ব্যাপক অভিজ্ঞতা রয়েছে। ২০০টিরও বেশি প্রকাশিত কেসের সম্মিলিত ইমপ্যাক্ট ফ্যাক্টর ২০০০-এর বেশি।
●অত্যন্ত দক্ষ বায়োইনফরমেটিক্স দল:হাই-সি পরীক্ষা ও ডেটা বিশ্লেষণের জন্য নিজস্ব পেটেন্ট এবং সফটওয়্যার কপিরাইট সহ, স্ব-উন্নত ভিজ্যুয়ালাইজেশন ডেটা সফটওয়্যারটি ম্যানুয়ালি ব্লক সরানো, উল্টানো, বাতিল করা এবং পুনরায় করার সুবিধা দেয়।
●বিক্রয়োত্তর সহায়তা:প্রকল্প সমাপ্তির পরেও আমাদের দায়বদ্ধতা ৩ মাসের বিক্রয়োত্তর সেবার মাধ্যমে অব্যাহত থাকে। এই সময়ে, আমরা প্রকল্পের ফলো-আপ, সমস্যা সমাধানে সহায়তা এবং ফলাফল সম্পর্কিত যেকোনো জিজ্ঞাসার সমাধানের জন্য প্রশ্নোত্তর পর্বের আয়োজন করে থাকি।
●বিশদ টীকাআমরা একাধিক ডেটাবেস ব্যবহার করে শনাক্তকৃত ভ্যারিয়েশনযুক্ত জিনগুলোর কার্যকরী টীকা প্রদান করি এবং সংশ্লিষ্ট এনরিচমেন্ট বিশ্লেষণ সম্পাদন করি, যা একাধিক গবেষণা প্রকল্পে অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে।
| গ্রন্থাগার প্রস্তুতি | ক্রমবিন্যাস কৌশল | প্রস্তাবিত ডেটা আউটপুট | গুণমান নিয়ন্ত্রণ |
| হাই-সি লাইব্রেরি | ইলুমিনা নোভাসিক পিই১৫০ | ১০০x | Q30 ≥ 85% |
| টিস্যু | প্রয়োজনীয় পরিমাণ |
| পশুর নাড়িভুঁড়ি | ≥ ১ গ্রাম |
| পশুর পেশী | |
| স্তন্যপায়ী প্রাণীর রক্ত | ≥ ২ মিলি |
| পোল্ট্রি/মাছের রক্ত | |
| গাছ - তাজা পাতা | ≥ ২ গ্রাম |
| কালচার করা কোষ | ≥ ১x১০7 |
| পোকামাকড় | ≥ ১ গ্রাম |
| জলজ জীব - পেশী টিস্যু | ≥ ১ গ্রাম |
| জলজ জীব - শৈবাল | ≥ ২ গ্রাম |
১) কাঁচা ডেটার গুণমান নিয়ন্ত্রণ
২) হাই-সি লাইব্রেরি কিউসি: বৈধ হাই-সি ইন্টারঅ্যাকশনের অনুমান
৩) হাই-সি অ্যাসেম্বলি: কন্টিগগুলোকে বিভিন্ন গ্রুপে বিভক্ত করা, এরপর প্রতিটি গ্রুপের মধ্যে কন্টিগের ক্রম নির্ধারণ করা এবং কন্টিগের অভিমুখ নির্ণয় করা।
৪) হাই-সি মূল্যায়ন
হাই-সি লাইব্রেরি কিউসি – হাই-সি বৈধ ইন্টারঅ্যাকশন জোড়ার অনুমান
হাই-সি অ্যাসেম্বলি – পরিসংখ্যান
সমাবেশ-পরবর্তী মূল্যায়ন – বিনগুলির মধ্যে সংকেত তীব্রতার হিটম্যাপ
নির্বাচিত প্রকাশনা সংকলনের মাধ্যমে BMKGene-এর Hi-C অ্যাসেম্বলি পরিষেবার দ্বারা সাধিত অগ্রগতিগুলো অন্বেষণ করুন।
তিয়ান, টি. এট আল. (2023) 'একটি বিশিষ্ট খরা-প্রতিরোধী ভুট্টা জার্মপ্লাজমের জিনোম সমাবেশ এবং জেনেটিক বিশ্লেষণ', নেচার জেনেটিক্স 2023 55:3, 55(3), পৃষ্ঠা 496–506। doi: 10.1038/s41588-023-01297-y।
ওয়াং, জেডএল প্রমুখ (২০২০) 'এশীয় মৌমাছি এপিস সেরানা জিনোমের একটি ক্রোমোজোম-স্কেল অ্যাসেম্বলি', ফ্রন্টিয়ার্স ইন জেনেটিক্স, ১১, পৃ. ৫২৪১৪০। ডিওআই: ১০.৩৩৩৯/এফজিন.২০২০.০০২৭৯/বিআইবিটিইএক্স।
Zhang, F. et al. (2023) 'Revealing evolution of tropane alkaloid biosynthesis by analyses two genomes in the Solanaceae family', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
ঝাং, এক্স. এট আল. (2020) 'বটগাছ এবং পরাগায়ণকারী বোলতার জিনোম ডুমুর-বোলতা সহ-বিবর্তনের অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে', সেল, 183(4), পৃষ্ঠা 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043