হাই-সি ভিত্তিক জিনোম সমাবেশ
হাই-সি হল একটি পদ্ধতি যা প্রোবিং প্রক্সিমিটি-ভিত্তিক মিথস্ক্রিয়া এবং উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংকে একত্রিত করে ক্রোমোজোম কনফিগারেশন ক্যাপচার করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। এই মিথস্ক্রিয়াগুলির তীব্রতা ক্রোমোজোমের শারীরিক দূরত্বের সাথে নেতিবাচকভাবে সম্পর্কযুক্ত বলে মনে করা হয়। তাই, হাই-সি ডেটা একটি খসড়া জিনোমে একত্রিত সিকোয়েন্সের ক্লাস্টারিং, অর্ডারিং এবং ওরিয়েন্টিং গাইড করতে এবং নির্দিষ্ট সংখ্যক ক্রোমোজোমের উপর নোঙ্গর করার জন্য ব্যবহার করা হয়। এই প্রযুক্তি জনসংখ্যা-ভিত্তিক জেনেটিক মানচিত্রের অনুপস্থিতিতে একটি ক্রোমোজোম-স্তরের জিনোম সমাবেশকে শক্তিশালী করে। প্রতিটি জিনোমের একটি হাই-সি প্রয়োজন।
পরিষেবা বৈশিষ্ট্য
● PE150 এর সাথে ইলুমিনা নোভাসেক-এ সিকোয়েন্সিং।
● পরিষেবার জন্য টিস্যু নমুনা প্রয়োজন, নিষ্কাশিত নিউক্লিক অ্যাসিডের পরিবর্তে, ফর্মালডিহাইডের সাথে ক্রস-লিংক এবং ডিএনএ-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া সংরক্ষণ করতে।
● হাই-সি পরীক্ষায় বায়োটিন দিয়ে স্টিকি প্রান্তের সীমাবদ্ধতা এবং শেষ মেরামত জড়িত, তারপরে মিথস্ক্রিয়াগুলি সংরক্ষণ করার সময় ফলস্বরূপ ভোঁতা প্রান্তগুলির বৃত্তাকার করা হয়। তারপর স্ট্রেপ্টাভিডিন পুঁতি দিয়ে ডিএনএ টেনে নামানো হয় এবং পরবর্তী লাইব্রেরি প্রস্তুতির জন্য শুদ্ধ করা হয়।
পরিষেবার সুবিধা
হাই-সি এর ওভারভিউ
(লিবারম্যান-এইডেন ই এট আল।,বিজ্ঞান, 2009)
●জেনেটিক জনসংখ্যা ডেটার প্রয়োজনীয়তা দূর করা:হাই-সি কনটিগ অ্যাঙ্করিংয়ের জন্য প্রয়োজনীয় প্রয়োজনীয় তথ্যের বিকল্প করে।
●উচ্চ মার্কার ঘনত্ব:90% এর উপরে একটি উচ্চ কনটিগ অ্যাঙ্করিং অনুপাতের দিকে পরিচালিত করে।
●বিস্তৃত দক্ষতা এবং প্রকাশনা রেকর্ড:BMKGene এর 1000টি বিভিন্ন প্রজাতি এবং বিভিন্ন পেটেন্ট থেকে হাই-সি জিনোম অ্যাসেম্বলির 2000 টিরও বেশি কেস নিয়ে বিশাল অভিজ্ঞতা রয়েছে। 200 টিরও বেশি প্রকাশিত ক্ষেত্রে 2000-এর বেশি একটি পুঞ্জীভূত প্রভাব ফ্যাক্টর রয়েছে।
●অত্যন্ত দক্ষ বায়োইনফরমেটিক্স দল:হাই-সি পরীক্ষা এবং ডেটা বিশ্লেষণের জন্য ইন-হাউস পেটেন্ট এবং সফ্টওয়্যার কপিরাইট সহ, স্ব-উন্নত ভিজ্যুয়ালাইজেশন ডেটা সফ্টওয়্যার ম্যানুয়াল ব্লক মুভিং, রিভার্সিং, প্রত্যাহার এবং পুনরায় করতে সক্ষম করে।
●বিক্রয়োত্তর সমর্থন:আমাদের প্রতিশ্রুতি 3 মাসের বিক্রয়োত্তর পরিষেবার মেয়াদ সহ প্রকল্প সমাপ্তির বাইরে প্রসারিত। এই সময়ের মধ্যে, আমরা ফলাফলের সাথে সম্পর্কিত যেকোন প্রশ্নের সমাধান করতে প্রকল্প ফলো-আপ, সমস্যা সমাধানে সহায়তা এবং প্রশ্নোত্তর সেশন অফার করি।
●ব্যাপক টীকা: আমরা চিহ্নিত বৈচিত্র সহ জিনগুলিকে কার্যকরীভাবে টীকা করার জন্য একাধিক ডেটাবেস ব্যবহার করি এবং একাধিক গবেষণা প্রকল্পের অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে সংশ্লিষ্ট সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ সম্পাদন করি।
পরিষেবা নির্দিষ্টকরণ
| লাইব্রেরি প্রস্তুতি | সিকোয়েন্সিং কৌশল | প্রস্তাবিত ডেটা আউটপুট | মান নিয়ন্ত্রণ |
| হাই-সি লাইব্রেরি | ইলুমিনা নোভাসেক PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
নমুনা প্রয়োজনীয়তা
| টিস্যু | প্রয়োজনীয় পরিমাণ |
| প্রাণী ভিসেরা | ≥ 2 গ্রাম |
| পশু পেশী | |
| স্তন্যপায়ী রক্ত | ≥ 2 মিলি |
| পোল্ট্রি/মাছের রক্ত | |
| উদ্ভিদ- তাজা পাতা | ≥ 3 গ্রাম |
| সভ্য কোষ | ≥ 1x107 |
| পোকা | ≥ 2 গ্রাম |
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
পরীক্ষামূলক নকশা
নমুনা বিতরণ
গ্রন্থাগার নির্মাণ
সিকোয়েন্সিং
ডেটা বিশ্লেষণ
বিক্রয়োত্তর সেবা
1) কাঁচা তথ্য QC
2) হাই-সি লাইব্রেরি QC: বৈধ হাই-সি ইন্টারঅ্যাকশনের অনুমান
3) হাই-সি সমাবেশ: গোষ্ঠীতে কন্টিগগুলির ক্লাস্টারিং, তারপরে প্রতিটি গ্রুপের মধ্যে কন্টিগ অর্ডার করা এবং কন্টিগ ওরিয়েন্টেশন নির্ধারণ করা
4) হাই-সি মূল্যায়ন
হাই-সি লাইব্রেরি QC - হাই-সি বৈধ মিথস্ক্রিয়া জোড়ার অনুমান
হাই-সি সমাবেশ - পরিসংখ্যান
সমাবেশ-পরবর্তী মূল্যায়ন – বিনের মধ্যে সংকেতের তীব্রতার হিটম্যাপ
প্রকাশনাগুলির একটি কিউরেটেড সংগ্রহের মাধ্যমে BMKGene-এর হাই-সি অ্যাসেম্বলি পরিষেবাগুলির দ্বারা সহজতর অগ্রগতিগুলি অন্বেষণ করুন৷
তিয়ান, টি. এট আল। (2023) 'জিনোম সমাবেশ এবং একটি বিশিষ্ট খরা-প্রতিরোধী ভুট্টার জার্মপ্লাজমের জেনেটিক ডিসেকশন', নেচার জেনেটিক্স 2023 55:3, 55(3), পিপি। 496-506। doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ওয়াং, জেডএল এট আল। (2020) 'এ ক্রোমোজোম-স্কেল অ্যাসেম্বলি অফ দ্য এশিয়ান হানিবি অ্যাপিস সেরনা জিনোম', ফ্রন্টিয়ার্স ইন জেনেটিক্স, 11, পৃ. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'সোলানাসি পরিবারে দুটি জিনোম বিশ্লেষণ করে ট্রপেন অ্যালকালয়েড জৈব সংশ্লেষণের বিবর্তন প্রকাশ', প্রকৃতি যোগাযোগ 2023 14:1, 14(1), পৃষ্ঠা 1-18। doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
ঝাং, এক্স. এট আল। (2020) 'জেনোম অফ দ্য বনিয়ান ট্রি এবং পলিনেটর ওয়াস্প প্রোভাইড ইনসাইটস ইনটু ফিগ-ওয়াস্প কোইভোলিউশন', সেল, 183(4), পিপি 875-889.e17। doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
