-
মেটাজেনমিক সিকোয়েন্সিং (এনজিএস)
মেটাজেনোম বলতে জীবের মিশ্র সম্প্রদায়ের মোট জেনেটিক উপাদানের একটি সংগ্রহকে বোঝায়, যেমন পরিবেশগত মেটাজেনোম, হিউম্যান মেটাজেনোম ইত্যাদি। এতে চাষযোগ্য এবং চাষযোগ্য উভয় অণুজীবের জিনোম রয়েছে।মেটাজেনমিক সিকোয়েন্সিং হল একটি আণবিক টুল যা পরিবেশগত নমুনা থেকে আহরিত মিশ্র জিনোমিক পদার্থ বিশ্লেষণ করতে ব্যবহৃত হয়, যা প্রজাতির বৈচিত্র্য এবং প্রাচুর্য, জনসংখ্যার গঠন, ফাইলোজেনেটিক সম্পর্ক, কার্যকরী জিন এবং পরিবেশগত কারণগুলির সাথে পারস্পরিক সম্পর্ক সম্পর্কে বিস্তারিত তথ্য প্রদান করে।
প্ল্যাটফর্ম:ইলুমিনা নোভাসেক6000
-
মেটাজেনমিক সিকোয়েন্সিং- ন্যানোপোর
মেটাজেনমিক্স হল একটি আণবিক টুল যা পরিবেশগত নমুনা থেকে আহরিত মিশ্র জিনোমিক উপাদান বিশ্লেষণ করতে ব্যবহৃত হয়, যা প্রজাতির বৈচিত্র্য এবং প্রাচুর্য, জনসংখ্যার গঠন, ফাইলোজেনেটিক সম্পর্ক, কার্যকরী জিন এবং পরিবেশগত কারণগুলির সাথে পারস্পরিক সম্পর্ক ইত্যাদির বিস্তারিত তথ্য প্রদান করে। ন্যানোপুর সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্ম সম্প্রতি চালু করেছে। মেটাজেনমিক গবেষণায়।পঠিত দৈর্ঘ্যে এর অসামান্য কর্মক্ষমতা মূলত ডাউন স্ট্রিম মেটাজেনমিক বিশ্লেষণ, বিশেষ করে মেটাজেনোম সমাবেশকে উন্নত করেছে।পঠন-দৈর্ঘ্যের সুবিধা গ্রহণ করে, ন্যানোপোর-ভিত্তিক মেটাজেনমিক অধ্যয়ন শট-গান মেটাজেনোমিক্সের সাথে তুলনা করে আরও ধারাবাহিক সমাবেশ অর্জন করতে সক্ষম।এটি প্রকাশিত হয়েছে যে ন্যানোপোর-ভিত্তিক মেটাজেনোমিক্স সফলভাবে মাইক্রোবায়োম থেকে সম্পূর্ণ এবং বন্ধ ব্যাকটেরিয়া জিনোম তৈরি করেছে (Moss, EL, et. al.,প্রকৃতি বায়োটেক, 2020)
প্ল্যাটফর্ম:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS অ্যামপ্লিকন সিকোয়েন্সিং-প্যাকবিও
16S এবং 18S rRNA-এর সাবইউনিটটি অত্যন্ত সংরক্ষিত এবং হাইপার-ভেরিয়েবল উভয় অঞ্চলই প্রোক্যারিওটিক এবং ইউক্যারিওটিক জীব সনাক্তকরণের জন্য একটি নিখুঁত আণবিক আঙ্গুলের ছাপ।সিকোয়েন্সিংয়ের সুবিধা নিয়ে, এই অ্যামপ্লিকনগুলিকে সংরক্ষিত অংশগুলির উপর ভিত্তি করে লক্ষ্যবস্তু করা যেতে পারে এবং অণুজীব বৈচিত্র্য বিশ্লেষণ, শ্রেণীবিন্যাস, ফাইলোজেনি ইত্যাদি অধ্যয়নে অবদান রাখার জন্য মাইক্রোবায়াল সনাক্তকরণের জন্য হাইপার-ভেরিয়েবল অঞ্চলগুলিকে সম্পূর্ণরূপে চিহ্নিত করা যেতে পারে। একক-অণু রিয়েল-টাইম (SMRT) ) PacBio প্ল্যাটফর্মের সিকোয়েন্সিং অত্যন্ত নির্ভুল দীর্ঘ রিড প্রাপ্ত করতে সক্ষম করে, যা পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের অ্যামপ্লিকন (প্রায় 1.5 Kb) কভার করতে পারে।জিনগত ক্ষেত্রের প্রশস্ত দৃষ্টিভঙ্গি ব্যাকটেরিয়া বা ছত্রাক সম্প্রদায়ের প্রজাতির টীকাতে রেজোলিউশনকে ব্যাপকভাবে উন্নত করেছে।
প্ল্যাটফর্ম:PacBio সিক্যুয়েল II
-
16S/18S/ITS অ্যামপ্লিকন সিকোয়েন্সিং-এনজিএস
16S/18S/ITS অ্যামপ্লিকন সিকোয়েন্সিং-এর লক্ষ্য হল একটি মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়ের ফাইলোজেনি, শ্রেণীবিন্যাস এবং প্রজাতির প্রাচুর্য প্রকাশ করা, হাউসকিপিং জেনেটিক মার্কারগুলির পিসিআর পণ্যগুলি তদন্ত করে যা অত্যন্ত কথোপকথন এবং হাইপারভারিয়েবল উভয় অংশই ধারণ করে।Woeses et al,(1977) দ্বারা এই নিখুঁত আণবিক আঙ্গুলের ছাপের প্রবর্তন বিচ্ছিন্নতা-মুক্ত মাইক্রোবায়োম প্রোফাইলিংকে শক্তিশালী করে।16S (ব্যাকটেরিয়া), 18S (ছত্রাক) এবং অভ্যন্তরীণ প্রতিলিপিকৃত স্পেসার (আইটিএস, ছত্রাক) এর সিকোয়েন্সিং প্রচুর প্রজাতির পাশাপাশি বিরল এবং অজ্ঞাত প্রজাতির সনাক্তকরণের অনুমতি দেয়।এই প্রযুক্তি মানুষের মুখ, অন্ত্র, মল ইত্যাদির মতো বিভিন্ন পরিবেশে ডিফারেনশিয়াল মাইক্রোবিয়াল কম্পোজিশন সনাক্ত করার জন্য একটি ব্যাপকভাবে প্রয়োগ করা এবং প্রধান হাতিয়ার হয়ে উঠেছে।
প্ল্যাটফর্ম:ইলুমিনা নোভাসেক6000
-
ব্যাকটেরিয়া এবং ছত্রাকের পুরো জিনোম রি-সিকোয়েন্সিং
ব্যাকটেরিয়া এবং ছত্রাকের সম্পূর্ণ জিনোম পুনরায় ক্রমানুসারে পরিচিত ব্যাকটেরিয়াম এবং ছত্রাকের জিনোমগুলি সম্পূর্ণ করার পাশাপাশি একাধিক জিনোমের তুলনা বা নতুন জীবের জিনোম ম্যাপ করার জন্য একটি গুরুত্বপূর্ণ হাতিয়ার।সঠিক রেফারেন্স জিনোম তৈরি করার জন্য, জীবাণু সনাক্তকরণ এবং অন্যান্য তুলনামূলক জিনোম অধ্যয়ন করার জন্য ব্যাকটেরিয়া এবং ছত্রাকের সম্পূর্ণ জিনোমগুলিকে ক্রমানুসারে রাখা অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক 6000
-
ছত্রাকের জিনোম
বায়োমার্কার প্রযুক্তি নির্দিষ্ট গবেষণা লক্ষ্যের উপর নির্ভর করে জিনোম জরিপ, সূক্ষ্ম জিনোম এবং ছত্রাকের পেন-সম্পূর্ণ জিনোম প্রদান করে।উচ্চ-স্তরের জিনোম সমাবেশ অর্জনের জন্য পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং + থার্ড জেনারেশন সিকোয়েন্সিং একত্রিত করে জিনোম সিকোয়েন্সিং, অ্যাসেম্বলি এবং কার্যকরী টীকা অর্জন করা যেতে পারে।ক্রোমোজোম স্তরে জিনোম সমাবেশের সুবিধার্থে হাই-সি প্রযুক্তিও নিযুক্ত করা যেতে পারে।
প্ল্যাটফর্ম:PacBio সিক্যুয়েল II
Nanopore PromethION P48
ইলুমিনা নোভাসেক 6000
-
ব্যাকটেরিয়া সম্পূর্ণ জিনোম
বায়োমার্কার টেকনোলজিস শূন্য ব্যবধানে ব্যাকটেরিয়ার সম্পূর্ণ জিনোম তৈরি করার জন্য সিকোয়েন্সিং পরিষেবা প্রদান করে।ব্যাকটেরিয়া সম্পূর্ণ জিনোম নির্মাণের প্রধান কার্যপ্রবাহের মধ্যে রয়েছে তৃতীয় প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং, সমাবেশ, কার্যকরী টীকা এবং উন্নত বায়োইনফরম্যাটিক বিশ্লেষণ যা নির্দিষ্ট গবেষণা লক্ষ্য পূরণ করে।ব্যাকটেরিয়া জিনোমের আরও বিস্তৃত প্রোফাইলিং তাদের জৈবিক প্রক্রিয়াগুলির অন্তর্নিহিত মৌলিক প্রক্রিয়াগুলিকে প্রকাশ করার ক্ষমতা দেয়, যা উচ্চতর ইউক্যারিওটিক প্রজাতিতে জিনোমিক গবেষণার জন্য মূল্যবান রেফারেন্স প্রদান করতে পারে।
প্ল্যাটফর্ম:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio সিক্যুয়েল II
