ন্যানোপোর পূর্ণদৈর্ঘ্য ট্রান্সক্রিপ্টোম

ন্যানোপোর ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং হলো পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের সিডিএনএ (cDNA) সিকোয়েন্স করার একটি শক্তিশালী পদ্ধতি, যা ট্রান্সক্রিপ্ট আইসোফর্মগুলোকে নির্ভুলভাবে শনাক্ত ও পরিমাণ নির্ধারণ করে। বিএমকেক্লাউড ন্যানোপোর ফুল-লেংথ ট্রান্সক্রিপ্টোম পাইপলাইনটি ন্যানোপোর প্ল্যাটফর্মে উৎপন্ন আরএনএ-সিক (RNA-Seq) ডেটাকে একটি উচ্চ-মানের, সু-অ্যানোটেড রেফারেন্স জিনোমের বিপরীতে বিশ্লেষণ করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে, যা জিন এবং ট্রান্সক্রিপ্ট উভয় স্তরেই গুণগত ও পরিমাণগত বিশ্লেষণ প্রদান করে। কোয়ালিটি কন্ট্রোলের পর, পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের নন-কাইমেরিক (FLNC) সিকোয়েন্স পাওয়া যায় এবং অপ্রয়োজনীয় ট্রান্সক্রিপ্টগুলো অপসারণের জন্য কনসেনসাস সিকোয়েন্সগুলোকে রেফারেন্স জিনোমে ম্যাপ করা হয়। এই ট্রান্সক্রিপ্ট সেট থেকে এক্সপ্রেশনের পরিমাণ নির্ধারণ করা হয় এবং ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড জিন ও ট্রান্সক্রিপ্টগুলোকে শনাক্ত ও কার্যকরীভাবে অ্যানোটেট করা হয়। এই পাইপলাইনে আরও অন্তর্ভুক্ত রয়েছে অল্টারনেটিভ পলিঅ্যাডিনাইলেশন (APA) বিশ্লেষণ, অল্টারনেটিভ স্প্লাইসিং বিশ্লেষণ, সিম্পল সিকোয়েন্স রিপিট (SSR) বিশ্লেষণ, এলএনসিআরএনএ (lncRNA) এবং সংশ্লিষ্ট টার্গেটের পূর্বাভাস, কোডিং সিকোয়েন্স (CDS)-এর পূর্বাভাস, জিন ফ্যামিলি বিশ্লেষণ, ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর বিশ্লেষণ, নতুন জিনের পূর্বাভাস এবং ট্রান্সক্রিপ্টের কার্যকরী অ্যানোটেশন।