ট্রান্সক্রিপ্টোমিক্স
প্রকৃতি
যোগাযোগ
দীর্ঘস্থায়ী লিম্ফোসাইটিক লিউকেমিয়ায় SF3B1 মিউটেশনের পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্ট চরিত্রায়ন ধরে রাখা ইন্ট্রোনের নিম্ননিয়ন্ত্রণ প্রকাশ করে
সম্পূর্ণ দৈর্ঘ্যের প্রতিলিপি|ন্যানোপুর সিকোয়েন্সিং|বিকল্প আইসোফর্ম বিশ্লেষণ
পটভূমি
Sস্প্লাইসিং ফ্যাক্টর SF3B1-এ ওম্যাটিক মিউটেশনগুলি দীর্ঘস্থায়ী লিম্ফোসাইটিক লিউকেমিয়া(সিএলএল), ইউভেল মেলানোমা, স্তন ক্যান্সার ইত্যাদি সহ বিভিন্ন ক্যান্সারের সাথে যুক্ত হওয়ার জন্য ব্যাপকভাবে রিপোর্ট করা হয়েছে। উপরন্তু, সংক্ষিপ্ত-পঠিত ট্রান্সক্রিপ্টোমিক স্টাডিগুলি SF3B1 মিউটেশন দ্বারা প্ররোচিত বিচ্ছিন্ন স্প্লিসিং প্যাটার্ন প্রকাশ করেছে।যাইহোক, সংক্ষিপ্ত-পঠিত একত্রিত প্রতিলিপিগুলির সীমাবদ্ধতার কারণে এই বিকল্প স্প্লাইসিং প্যাটার্নগুলির উপর অধ্যয়নগুলি দীর্ঘকাল ইভেন্ট-লেভেল এবং আইসোফর্ম-লেভেল সম্পর্কে জ্ঞানের অভাবের মধ্যে সীমাবদ্ধ ছিল।এখানে, ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্মটি পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্ট তৈরি করার জন্য চালু করা হয়েছিল, যা AS আইসোফর্মগুলিতে ইনভার্সটিগেশনকে শক্তিশালী করে।
পরীক্ষামূলক অলঙ্করণ
পরীক্ষা-নিরীক্ষা
গ্রুপিং:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E মিউটেশন);3. সাধারণ বি-কোষ
সিকোয়েন্সিং কৌশল:MinION 2D লাইব্রেরি সিকোয়েন্সিং, PromethION 1D লাইব্রেরি সিকোয়েন্সিং;একই নমুনা থেকে সংক্ষিপ্ত-পঠিত ডেটা
সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্ম:ONT MinION;ONT PromethION;
বায়োইনফরম্যাটিক বিশ্লেষণ
![আকার 1](https://www.bmkgene.com/uploads/FIG1.jpg)
ফলাফল
ক6টি সিএলএল নমুনা এবং 3টি বি-কোষ থেকে মোট 257 মিলিয়ন রিড তৈরি করা হয়েছে।গড়ে 30.5% এই পঠনগুলিকে পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের প্রতিলিপি হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছিল।
FRNA(FLAIR) এর অল-লেন্থ বিকল্প আইসোফর্ম বিশ্লেষণ উচ্চ-আস্থা আইসোফর্মের একটি সেট তৈরি করার জন্য তৈরি করা হয়েছিল।FLAIR এর সংক্ষিপ্তসার করা যেতে পারে:
Nanopore সারিবদ্ধতা পড়া: রেফারেন্স জিনোম উপর ভিত্তি করে সাধারণ প্রতিলিপি গঠন সনাক্ত;
Sপ্লাইস জংশন সংশোধন: টীকাযুক্ত ইন্ট্রোন, সংক্ষিপ্ত-পঠিত ডেটা বা উভয় থেকে স্প্লাইস সাইটের সাথে সঠিক ক্রম ত্রুটি(লাল);
Cওল্যাপস: স্প্লাইস জংশন চেইন (প্রথম-পাস সেট) এর উপর ভিত্তি করে প্রতিনিধি আইসোফর্মগুলিকে সংক্ষিপ্ত করুন।সমর্থনকারী পাঠের সংখ্যার উপর ভিত্তি করে উচ্চ-আস্থা আইসোফ্রম নির্বাচন করুন (থ্রেশহোল্ড: 3)।
![FIG2](https://www.bmkgene.com/uploads/FIG2.jpg)
চিত্র 1. CLL-তে SF3B1 মিউটেশনের সাথে যুক্ত পূর্ণ-লেন্থ আইসোফর্মগুলি সনাক্ত করার জন্য FLAIR বিশ্লেষণ
FLAIR শনাক্ত করেছে 326,699টি উচ্চ-আস্থা বিভক্ত আইসোফর্ম, যার মধ্যে 90% অভিনব আইসোফর্ম।এই অব্যক্ত আইসোফর্মগুলির মধ্যে বেশিরভাগই পরিচিত স্প্লাইস জংশনের (142,971) অভিনব সংমিশ্রণ হিসাবে পাওয়া গেছে, বাকি উপন্যাস আইসোফর্মগুলিতে হয় রক্ষিত ইন্ট্রন (21,700) বা নভেল এক্সন (3594) রয়েছে।
Lঅন-রিড সিকোয়েন্সগুলি আইসোফর্ম-লেভেলে মিউট্যান্ট SF3B1-K700E -পরিবর্তিত স্প্লাইস সাইটগুলির সনাক্তকরণের ক্ষমতা দেয়৷35টি বিকল্প 3'SSs এবং 10টি বিকল্প 5'SSs SF3B1-K700E এবং SF3B1-WT এর মধ্যে উল্লেখযোগ্যভাবে বিভক্ত করা হয়েছে।35টি পরিবর্তনের মধ্যে 33টি দীর্ঘ-পঠিত ক্রম দ্বারা নতুনভাবে আবিষ্কৃত হয়েছে।ন্যানোপুর ডেটাতে, SF3B1-K700E-পরিবর্তিত 3'SSs থেকে ক্যানোনিকাল সাইট পিকগুলির মধ্যে দূরত্বের বন্টন প্রায় -20 bp, যা একটি নিয়ন্ত্রণ বন্টন থেকে উল্লেখযোগ্যভাবে আলাদা, যা CLL শর্ট-রিড সিকোয়েন্সে রিপোর্ট করা হয়েছে।ERGIC3 জিনের আইসোফর্মগুলি বিশ্লেষণ করা হয়েছিল, যেখানে SF3B1-K700E-তে প্রক্সিমাল স্প্লাইস সাইট ধারণকারী একটি অভিনব আইসোফর্ম পাওয়া গেছে।প্রক্সিমাল এবং ডিস্টাল 3'SS উভয়ই আলাদা AS প্যাটার্নের সাথে যুক্ত ছিল যা একাধিক আইসোফর্ম তৈরি করে।
![FIG3](https://www.bmkgene.com/uploads/FIG3.jpg)
![FIG4](https://www.bmkgene.com/uploads/FIG4.jpg)
চিত্র 2. ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং ডেটা দিয়ে চিহ্নিত বিকল্প 3′ স্প্লিসিং প্যাটার্ন
আইআর শনাক্তকরণ এবং পরিমাণ নির্ধারণে আস্থার কারণে আইআর ইভেন্টের ব্যবহার বিশ্লেষণটি সংক্ষিপ্ত-পঠিত বিশ্লেষণে দীর্ঘকাল সীমাবদ্ধ।SF3B1-K700E এবং SF3B1-WT-তে IR আইসোফর্মের অভিব্যক্তি ন্যানোপোর সিকোয়েন্সের ভিত্তিতে পরিমাপ করা হয়েছিল, যা SF3B1-K700E-তে IR আইসোফর্মগুলির একটি বিশ্বব্যাপী ডাউন-নিয়ন্ত্রণ প্রকাশ করে।
চিত্র 4. তিনটি কৃষি ব্যবস্থা (A এবং B) জুড়ে কৃষি তীব্রতা এবং নেটওয়ার্ক সংযোগ;এলোমেলো বন বিশ্লেষণ (C) এবং কৃষি তীব্রতা এবং AMF উপনিবেশের মধ্যে সম্পর্ক (D)
![FIG5](https://www.bmkgene.com/uploads/FIG5.jpg)
চিত্র 3. CLL SF3B1-K700E-এ ইন্ট্রোন ভাড়ার ঘটনাগুলি আরও দৃঢ়ভাবে নিয়ন্ত্রিত হয়
প্রযুক্তি
ন্যানোপুর লং-রিড সিকোয়েন্সিং
Nঅ্যানোপোর সিকোয়েন্সিং হল একটি একক অণু রিয়েল-টাইম বৈদ্যুতিক সংকেত সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি।
Double-stranded DNA বা RNA বায়োফিল্ম এ এমবেড করা ন্যানোপোরাস প্রোটিনের সাথে আবদ্ধ হবে এবং মোটর প্রোটিনের নেতৃত্বে আনওয়াইন্ড করবে।
DNA/RNA স্ট্র্যান্ডগুলি ভোল্টেজের পার্থক্যের ক্রিয়ায় নির্দিষ্ট হারে ন্যানোপোর চ্যানেল প্রোটিনের মধ্য দিয়ে যায়।
Mঅলিকিউলস রাসায়নিক গঠন অনুসারে বিভিন্ন বৈদ্যুতিক সংকেত তৈরি করে।
Rবেস কলিংয়ের মাধ্যমে সিকোয়েন্সের ইল-টাইম সনাক্তকরণ করা হয়।
![fig6](https://www.bmkgene.com/uploads/fig6.jpg)
পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিংয়ের পারফরম্যান্স
√ ডেটা স্যাচুরেশন
![fig7](https://www.bmkgene.com/uploads/fig7.jpg)
তুলনীয় ডেটা স্যাচুরেশনে পৌঁছানোর জন্য 7-গুণ কম পাঠ প্রয়োজন।
√ ট্রান্সক্রিপ্ট স্ট্রাকচার আইডেন্টিফিকেশন
![চিত্র8](https://www.bmkgene.com/uploads/fig8.jpg)
প্রতিটি ট্রান্সক্রিপ্টের পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের পঠন-পাঠন সহ বিভিন্ন কাঠামোগত বৈকল্পিক সনাক্তকরণ
√ প্রতিলিপি-স্তরের ডিফারেনশিয়াল বিশ্লেষণ - সংক্ষিপ্ত পাঠ দ্বারা লুকানো পরিবর্তনগুলি প্রকাশ করুন
![ডুমুর9](https://www.bmkgene.com/uploads/fig9.jpg)
রেফারেন্স
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.দীর্ঘস্থায়ী লিম্ফোসাইটিক লিউকেমিয়াতে SF3B1 মিউটেশনের পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্ট চরিত্রায়ন ধরে রাখা ইন্ট্রোন [জে] এর নিম্ন নিয়ন্ত্রণ প্রকাশ করে।প্রকৃতি যোগাযোগ.
টেক এবং হাইলাইট বিভিন্ন গবেষণার ক্ষেত্রে বিভিন্ন উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তির সাম্প্রতিক সফল প্রয়োগের পাশাপাশি পরীক্ষামূলক নকশা এবং ডেটা মাইনিংয়ে উজ্জ্বল ধারণাগুলি ভাগ করে নেওয়ার লক্ষ্য।
পোস্টের সময়: জানুয়ারি-০৮-২০২২