BMKCloud Log in
条形 ব্যানার-03

খবর

ট্রান্সক্রিপ্টোমিক্স

প্রকৃতি
যোগাযোগ

দীর্ঘস্থায়ী লিম্ফোসাইটিক লিউকেমিয়ায় SF3B1 মিউটেশনের পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্ট চরিত্রায়ন ধরে রাখা ইন্ট্রোনের নিম্ননিয়ন্ত্রণ প্রকাশ করে

সম্পূর্ণ দৈর্ঘ্যের প্রতিলিপি|ন্যানোপুর সিকোয়েন্সিং|বিকল্প আইসোফর্ম বিশ্লেষণ

পটভূমি

Sস্প্লাইসিং ফ্যাক্টর SF3B1-এ ওম্যাটিক মিউটেশনগুলি দীর্ঘস্থায়ী লিম্ফোসাইটিক লিউকেমিয়া(সিএলএল), ইউভেল মেলানোমা, স্তন ক্যান্সার ইত্যাদি সহ বিভিন্ন ক্যান্সারের সাথে যুক্ত হওয়ার জন্য ব্যাপকভাবে রিপোর্ট করা হয়েছে। উপরন্তু, সংক্ষিপ্ত-পঠিত ট্রান্সক্রিপ্টোমিক স্টাডিগুলি SF3B1 মিউটেশন দ্বারা প্ররোচিত বিচ্ছিন্ন স্প্লিসিং প্যাটার্ন প্রকাশ করেছে।যাইহোক, সংক্ষিপ্ত-পঠিত একত্রিত প্রতিলিপিগুলির সীমাবদ্ধতার কারণে এই বিকল্প স্প্লাইসিং প্যাটার্নগুলির উপর অধ্যয়নগুলি দীর্ঘকাল ইভেন্ট-লেভেল এবং আইসোফর্ম-লেভেল সম্পর্কে জ্ঞানের অভাবের মধ্যে সীমাবদ্ধ ছিল।এখানে, ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্মটি পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্ট তৈরি করার জন্য চালু করা হয়েছিল, যা AS আইসোফর্মগুলিতে ইনভার্সটিগেশনকে শক্তিশালী করে।

পরীক্ষামূলক অলঙ্করণ

পরীক্ষা-নিরীক্ষা

গ্রুপিং:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E মিউটেশন);3. সাধারণ বি-কোষ
সিকোয়েন্সিং কৌশল:MinION 2D লাইব্রেরি সিকোয়েন্সিং, PromethION 1D লাইব্রেরি সিকোয়েন্সিং;একই নমুনা থেকে সংক্ষিপ্ত-পঠিত ডেটা
সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্ম:ONT MinION;ONT PromethION;

বায়োইনফরম্যাটিক বিশ্লেষণ

আকার 1

ফলাফল

6টি সিএলএল নমুনা এবং 3টি বি-কোষ থেকে মোট 257 মিলিয়ন রিড তৈরি করা হয়েছে।গড়ে 30.5% এই পঠনগুলিকে পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের প্রতিলিপি হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছিল।

FRNA(FLAIR) এর অল-লেন্থ বিকল্প আইসোফর্ম বিশ্লেষণ উচ্চ-আস্থা আইসোফর্মের একটি সেট তৈরি করার জন্য তৈরি করা হয়েছিল।FLAIR এর সংক্ষিপ্তসার করা যেতে পারে:

Nanopore সারিবদ্ধতা পড়া: রেফারেন্স জিনোম উপর ভিত্তি করে সাধারণ প্রতিলিপি গঠন সনাক্ত;

Sপ্লাইস জংশন সংশোধন: টীকাযুক্ত ইন্ট্রোন, সংক্ষিপ্ত-পঠিত ডেটা বা উভয় থেকে স্প্লাইস সাইটের সাথে সঠিক ক্রম ত্রুটি(লাল);

Cওল্যাপস: স্প্লাইস জংশন চেইন (প্রথম-পাস সেট) এর উপর ভিত্তি করে প্রতিনিধি আইসোফর্মগুলিকে সংক্ষিপ্ত করুন।সমর্থনকারী পাঠের সংখ্যার উপর ভিত্তি করে উচ্চ-আস্থা আইসোফ্রম নির্বাচন করুন (থ্রেশহোল্ড: 3)।

FIG2

চিত্র 1. CLL-তে SF3B1 মিউটেশনের সাথে যুক্ত পূর্ণ-লেন্থ আইসোফর্মগুলি সনাক্ত করার জন্য FLAIR বিশ্লেষণ

FLAIR শনাক্ত করেছে 326,699টি উচ্চ-আস্থা বিভক্ত আইসোফর্ম, যার মধ্যে 90% অভিনব আইসোফর্ম।এই অব্যক্ত আইসোফর্মগুলির মধ্যে বেশিরভাগই পরিচিত স্প্লাইস জংশনের (142,971) অভিনব সংমিশ্রণ হিসাবে পাওয়া গেছে, বাকি উপন্যাস আইসোফর্মগুলিতে হয় রক্ষিত ইন্ট্রন (21,700) বা নভেল এক্সন (3594) রয়েছে।

Lঅন-রিড সিকোয়েন্সগুলি আইসোফর্ম-লেভেলে মিউট্যান্ট SF3B1-K700E -পরিবর্তিত স্প্লাইস সাইটগুলির সনাক্তকরণের ক্ষমতা দেয়৷35টি বিকল্প 3'SSs এবং 10টি বিকল্প 5'SSs SF3B1-K700E এবং SF3B1-WT এর মধ্যে উল্লেখযোগ্যভাবে বিভক্ত করা হয়েছে।35টি পরিবর্তনের মধ্যে 33টি দীর্ঘ-পঠিত ক্রম দ্বারা নতুনভাবে আবিষ্কৃত হয়েছে।ন্যানোপুর ডেটাতে, SF3B1-K700E-পরিবর্তিত 3'SSs থেকে ক্যানোনিকাল সাইট পিকগুলির মধ্যে দূরত্বের বন্টন প্রায় -20 bp, যা একটি নিয়ন্ত্রণ বন্টন থেকে উল্লেখযোগ্যভাবে আলাদা, যা CLL শর্ট-রিড সিকোয়েন্সে রিপোর্ট করা হয়েছে।ERGIC3 জিনের আইসোফর্মগুলি বিশ্লেষণ করা হয়েছিল, যেখানে SF3B1-K700E-তে প্রক্সিমাল স্প্লাইস সাইট ধারণকারী একটি অভিনব আইসোফর্ম পাওয়া গেছে।প্রক্সিমাল এবং ডিস্টাল 3'SS উভয়ই আলাদা AS প্যাটার্নের সাথে যুক্ত ছিল যা একাধিক আইসোফর্ম তৈরি করে।

FIG3
FIG4

চিত্র 2. ন্যানোপোর সিকোয়েন্সিং ডেটা দিয়ে চিহ্নিত বিকল্প 3′ স্প্লিসিং প্যাটার্ন

আইআর শনাক্তকরণ এবং পরিমাণ নির্ধারণে আস্থার কারণে আইআর ইভেন্টের ব্যবহার বিশ্লেষণটি সংক্ষিপ্ত-পঠিত বিশ্লেষণে দীর্ঘকাল সীমাবদ্ধ।SF3B1-K700E এবং SF3B1-WT-তে IR আইসোফর্মের অভিব্যক্তি ন্যানোপোর সিকোয়েন্সের ভিত্তিতে পরিমাপ করা হয়েছিল, যা SF3B1-K700E-তে IR আইসোফর্মগুলির একটি বিশ্বব্যাপী ডাউন-নিয়ন্ত্রণ প্রকাশ করে।

চিত্র 4. তিনটি কৃষি ব্যবস্থা (A এবং B) জুড়ে কৃষি তীব্রতা এবং নেটওয়ার্ক সংযোগ;এলোমেলো বন বিশ্লেষণ (C) এবং কৃষি তীব্রতা এবং AMF উপনিবেশের মধ্যে সম্পর্ক (D)

FIG5

চিত্র 3. CLL SF3B1-K700E-এ ইন্ট্রোন ভাড়ার ঘটনাগুলি আরও দৃঢ়ভাবে নিয়ন্ত্রিত হয়

প্রযুক্তি

ন্যানোপুর লং-রিড সিকোয়েন্সিং

Nঅ্যানোপোর সিকোয়েন্সিং হল একটি একক অণু রিয়েল-টাইম বৈদ্যুতিক সংকেত সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি।
Double-stranded DNA বা RNA বায়োফিল্ম এ এমবেড করা ন্যানোপোরাস প্রোটিনের সাথে আবদ্ধ হবে এবং মোটর প্রোটিনের নেতৃত্বে আনওয়াইন্ড করবে।
DNA/RNA স্ট্র্যান্ডগুলি ভোল্টেজের পার্থক্যের ক্রিয়ায় নির্দিষ্ট হারে ন্যানোপোর চ্যানেল প্রোটিনের মধ্য দিয়ে যায়।
Mঅলিকিউলস রাসায়নিক গঠন অনুসারে বিভিন্ন বৈদ্যুতিক সংকেত তৈরি করে।
Rবেস কলিংয়ের মাধ্যমে সিকোয়েন্সের ইল-টাইম সনাক্তকরণ করা হয়।

fig6

পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিংয়ের পারফরম্যান্স

√ ডেটা স্যাচুরেশন

fig7

তুলনীয় ডেটা স্যাচুরেশনে পৌঁছানোর জন্য 7-গুণ কম পাঠ প্রয়োজন।

√ ট্রান্সক্রিপ্ট স্ট্রাকচার আইডেন্টিফিকেশন

চিত্র8

প্রতিটি ট্রান্সক্রিপ্টের পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের পঠন-পাঠন সহ বিভিন্ন কাঠামোগত বৈকল্পিক সনাক্তকরণ

√ প্রতিলিপি-স্তরের ডিফারেনশিয়াল বিশ্লেষণ - সংক্ষিপ্ত পাঠ দ্বারা লুকানো পরিবর্তনগুলি প্রকাশ করুন

ডুমুর9

রেফারেন্স

Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.দীর্ঘস্থায়ী লিম্ফোসাইটিক লিউকেমিয়াতে SF3B1 মিউটেশনের পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্ট চরিত্রায়ন ধরে রাখা ইন্ট্রোন [জে] এর নিম্ন নিয়ন্ত্রণ প্রকাশ করে।প্রকৃতি যোগাযোগ.

টেক এবং হাইলাইট বিভিন্ন গবেষণার ক্ষেত্রে বিভিন্ন উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তির সাম্প্রতিক সফল প্রয়োগের পাশাপাশি পরীক্ষামূলক নকশা এবং ডেটা মাইনিংয়ে উজ্জ্বল ধারণাগুলি ভাগ করে নেওয়ার লক্ষ্য।


পোস্টের সময়: জানুয়ারি-০৮-২০২২

আমাদের কাছে আপনার বার্তা পাঠান: