নন-রেফারেন্স ভিত্তিক mRNA সিকোয়েন্সিং-ইলুমিনা
বৈশিষ্ট্য
● যেকোন রেফারেন্স জিনোম থেকে স্বাধীন,
● ডেটা ট্রান্সক্রিপ্টের গঠন এবং অভিব্যক্তি বিশ্লেষণ করতে ব্যবহার করা যেতে পারে
● পরিবর্তনশীল ক্লিপিং সাইট সনাক্ত করুন
পরিষেবার সুবিধা
● BMKCloud-ভিত্তিক ফলাফল বিতরণ: ফলাফলগুলি BMKCloud প্ল্যাটফর্মের মাধ্যমে ডেটা ফাইল এবং ইন্টারেক্টিভ রিপোর্ট হিসাবে বিতরণ করা হয়, যা সাধারণ বায়োইনফরমেটিক্স বিশ্লেষণের ভিত্তিতে জটিল বিশ্লেষণ আউটপুট এবং কাস্টমাইজড ডেটা মাইনিংয়ের ব্যবহারকারী-বান্ধব পড়ার অনুমতি দেয়।
● বিক্রয়োত্তর সেবা: প্রোজেক্টের ফলো-আপ, সমস্যা সমাধান, ফলাফল প্রশ্নোত্তর ইত্যাদি সহ প্রজেক্ট সমাপ্তির পর 3 মাসের জন্য বিক্রয়োত্তর পরিষেবা বৈধ।
নমুনা প্রয়োজনীয়তা এবং ডেলিভারি
নমুনা প্রয়োজনীয়তা:
নিউক্লিওটাইডস:
| Conc.(ng/μl) | পরিমাণ (μg) | বিশুদ্ধতা | অখণ্ডতা |
| ≥ 20 | ≥ ০.৫ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 জেলে দেখানো সীমিত বা কোন প্রোটিন বা ডিএনএ দূষণ নেই। | উদ্ভিদের জন্য: RIN≥6.5; প্রাণীদের জন্য: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; সীমিত বা কোন বেসলাইন উচ্চতা |
টিস্যু: ওজন (শুকনো): ≥1 গ্রাম
*5 মিলিগ্রামের চেয়ে ছোট টিস্যুর জন্য, আমরা ফ্ল্যাশ হিমায়িত (তরল নাইট্রোজেনে) টিস্যুর নমুনা পাঠানোর পরামর্শ দিই।
সেল সাসপেনশন: সেল সংখ্যা = 3×107
*আমরা হিমায়িত সেল লাইসেট পাঠানোর পরামর্শ দিই।যদি ঘরটি 5×10 এর চেয়ে ছোট হয়5, তরল নাইট্রোজেনে ফ্ল্যাশ হিমায়িত করার পরামর্শ দেওয়া হয়।
রক্তের নমুনা:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol এবং 2mL রক্ত(TRIzol:Blood=3:1)
প্রস্তাবিত নমুনা বিতরণ
ধারক:
2 মিলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব (টিনের ফয়েল বাঞ্ছনীয় নয়)
নমুনা লেবেলিং: গ্রুপ+প্রতিলিপি যেমন A1, A2, A3;B1, B2, B3...
জাহাজে প্রেরিত কাজ:
1. শুকনো বরফ: নমুনাগুলি ব্যাগে প্যাক করা এবং শুকনো বরফের মধ্যে সমাহিত করা দরকার।
2.RNAstable টিউব: RNA নমুনাগুলিকে RNA স্ট্যাবিলাইজেশন টিউবে (যেমন RNAstable®) শুকিয়ে ঘরের তাপমাত্রায় পাঠানো যেতে পারে।
সার্ভিস ওয়ার্ক ফ্লো
পরীক্ষামূলক নকশা
নমুনা বিতরণ
আরএনএ নিষ্কাশন
গ্রন্থাগার নির্মাণ
সিকোয়েন্সিং
তথ্য বিশ্লেষণ
পরে বিক্রয় সেবা
বায়োইনফরমেটিক্স
1.mRNA(denovo) সমাবেশের নীতি
ট্রিনিটি দ্বারা, রিডগুলি ছোট ছোট টুকরোগুলিতে বিভক্ত হয়, যা কে-মের নামে পরিচিত।এই K-mers তারপর কন্টিগ এবং তারপর কন্টিগ ওভারল্যাপিং এর উপর ভিত্তি করে কম্পোনেন্ট বাড়ানোর জন্য বীজ হিসাবে ব্যবহার করা হয়।অবশেষে, উপাদানগুলির প্রতিলিপিগুলি সনাক্ত করার জন্য ডি ব্রুইজন এখানে প্রয়োগ করা হয়েছিল।
mRNA (De novo) ট্রিনিটির ওভারভিউ
2.mRNA (De novo) জিন এক্সপ্রেশন লেভেলের ডিস্ট্রিবিউশন
আরএনএ-সেক জিনের অভিব্যক্তির একটি অত্যন্ত সংবেদনশীল অনুমান অর্জন করতে সক্ষম।সাধারণত, ট্রান্সক্রিপ্ট এক্সপ্রেশন FPKM এর সনাক্তযোগ্য পরিসীমা 10^-2 থেকে 10^6 পর্যন্ত হয়
mRNA (De novo) প্রতিটি নমুনায় FPKM ঘনত্বের বিতরণ
3.mRNA (De novo) GO ডিইজিগুলির সমৃদ্ধকরণ বিশ্লেষণ
GO (জিন অন্টোলজি) ডাটাবেস হল একটি কাঠামোগত জৈবিক টীকা সিস্টেম যেখানে জিন এবং জিন পণ্যের কার্যাবলীর একটি আদর্শ শব্দভান্ডার রয়েছে।এটিতে একাধিক স্তর রয়েছে, যেখানে স্তর যত কম, ফাংশনগুলি তত বেশি নির্দিষ্ট।
mRNA (De novo) GO দ্বিতীয় স্তরে DEG-এর শ্রেণীবিভাগ
বিএমকে কেস
পেঁয়াজে বাল্ব ফোলা ও বিকাশের সময় সুক্রোজ বিপাকের ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণ (অ্যালিয়াম সিপা এল।)
প্রকাশিত: উদ্ভিদ বিজ্ঞানের সীমান্ত,2016
সিকোয়েন্সিং কৌশল
ইলুমিনা HiSeq2500
নমুনা সংগ্রহ
এই গবেষণায় উটাহ ইয়েলো সুইট স্পেনের জাত "Y1351" ব্যবহার করা হয়েছিল।সংগৃহীত নমুনার সংখ্যা ছিল
বাল্ব (2-সেমি ব্যাস এবং 3-4 গ্রাম ওজন) ফুলে যাওয়ার (DAS) 15 তম দিন, 30 তম DAS (5-সেমি ব্যাস এবং 100-110 গ্রাম ওজন), এবং 40 তম DAS (7-সেমি ব্যাস এবং ∼3) 260-300 গ্রাম)।
মূল ফলাফল
1. ভেন ডায়াগ্রামে, মোট 146টি ডিইজি সনাক্ত করা হয়েছে তিনটি জোড়া উন্নয়নমূলক পর্যায়ে
2. "কার্বোহাইড্রেট পরিবহন এবং বিপাক" শুধুমাত্র 585 ইউনিজিন দ্বারা প্রতিনিধিত্ব করা হয়েছিল (অর্থাৎ, টীকাযুক্ত COG এর 7%)।
3. GO ডাটাবেসে সফলভাবে টীকা করা ইউনিজিনগুলিকে বাল্ব বিকাশের তিনটি ভিন্ন পর্যায়ের জন্য তিনটি প্রধান বিভাগে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়েছিল।"জৈবিক প্রক্রিয়া" প্রধান বিভাগে সর্বাধিক প্রতিনিধিত্ব করা হয়েছিল "বিপাকীয় প্রক্রিয়া", তারপরে "সেলুলার প্রক্রিয়া"।"আণবিক ফাংশন" এর প্রধান বিভাগে দুটি বিভাগ সর্বাধিক প্রতিনিধিত্ব করে "বাঁধাই" এবং "অনুঘটক কার্যকলাপ"।
 অর্থলোগাস গ্রুপের ক্লাস্টারের হিস্টোগ্রাম (COG) শ্রেণীবিভাগ |  তিনটি উন্নয়নমূলক পর্যায়ে বাল্ব থেকে প্রাপ্ত ইউনিজিনের জন্য জিন অন্টোলজি (GO) শ্রেণীবিভাগের হিস্টোগ্রাম |
 পেঁয়াজ বাল্বের বিকাশের যে কোনো দুটি পর্যায়ে জিনকে ভিন্নভাবে প্রকাশ করা ভেন ডায়াগ্রাম |
রেফারেন্স
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.পেঁয়াজে বাল্ব ফোলা ও বিকাশের সময় সুক্রোজ বিপাকের ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণ (অ্যালিয়াম সিপা এল।)[জে]।Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-।DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
