প্যাকবিও ২+৩ পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের mRNA সমাধান
ফিচার
● অধ্যয়নের নকশা:
ট্রান্সক্রিপ্ট আইসোফর্ম সনাক্ত করার জন্য প্যাকবিওর সাথে পুল করা নমুনা সিকোয়েন্স করা হয়েছে
পৃথক নমুনা (প্রতিলিপি এবং পরীক্ষা করার শর্তাবলী) ক্রমানুসারেট্রান্সক্রিপ্ট এক্সপ্রেশনের পরিমাণ নির্ধারণের জন্য NGS
● CCS মোডে PacBio সিকোয়েন্সিং, HiFi রিড তৈরি করা
● পূর্ণদৈর্ঘ্য প্রতিলিপির ক্রমবিন্যাস
● বিশ্লেষণের জন্য রেফারেন্স জিনোমের প্রয়োজন হয় না; তবে, এটি ব্যবহার করা যেতে পারে
● জৈব তথ্য বিশ্লেষণে কেবল জিন এবং আইসোফর্ম-স্তরে প্রকাশই অন্তর্ভুক্ত নয় বরং lncRNA, জিন ফিউশন, পলি-অ্যাডিনাইলেশন এবং জিন গঠনের বিশ্লেষণও অন্তর্ভুক্ত।
সুবিধাদি
● উচ্চ নির্ভুলতা: হাইফাই ৯৯.৯% (Q30) এর চেয়ে বেশি নির্ভুলতার সাথে পঠন করে, যা NGS এর সাথে তুলনীয়।
● বিকল্প স্প্লাইসিং বিশ্লেষণ: সমস্ত প্রতিলিপি ক্রমানুসারে সাজানো আইসোফর্ম সনাক্তকরণ এবং চরিত্রায়ন সক্ষম করে।
● PacBio এবং NGS শক্তির সমন্বয়: এটি আইসোফর্ম স্তরে প্রকাশের পরিমাণ নির্ধারণ সক্ষম করে, পুরো জিনের প্রকাশ বিশ্লেষণ করার সময় যে পরিবর্তনগুলি লুকিয়ে রাখা যেতে পারে তা উন্মোচন করে।
● ব্যাপক দক্ষতা: আমরা ২৩০০ টিরও বেশি নমুনা প্রক্রিয়াজাত করেছি, আমাদের দল প্রতিটি প্রকল্পে প্রচুর অভিজ্ঞতা নিয়ে আসে।
● বিক্রয়-পরবর্তী সহায়তা: আমাদের প্রতিশ্রুতি প্রকল্প সমাপ্তির বাইরেও ৩ মাসের বিক্রয়োত্তর পরিষেবার সময়কাল সহ প্রসারিত। এই সময়ের মধ্যে, আমরা ফলাফল সম্পর্কিত যেকোনো প্রশ্নের সমাধানের জন্য প্রকল্পের ফলো-আপ, সমস্যা সমাধান সহায়তা এবং প্রশ্নোত্তর সেশন অফার করি।
নমুনার প্রয়োজনীয়তা এবং ডেলিভারি
| লাইব্রেরি | সিকোয়েন্সিং কৌশল | প্রস্তাবিত ডেটা | মান নিয়ন্ত্রণ |
| PolyA সমৃদ্ধ mRNA CCS লাইব্রেরি | প্যাকবিও সিক্যুয়েল II প্যাকবিও রেভিও | ২০/৪০ জিবি ৫/১০ এম সিসিএস | Q30≥85% |
| পলি এ সমৃদ্ধ | ইলুমিনা PE150 | ৬-১০ জিবি | Q30≥85% |
নিউক্লিওটাইডস
|
| কনক. (ng/μl) | পরিমাণ (μg) | বিশুদ্ধতা | সততা |
| ইলুমিনা লাইব্রেরি | ≥ ১০ | ≥ ০.২ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 জেলে প্রোটিন বা ডিএনএ দূষণ সীমিত অথবা কোনওভাবেই দেখা যাচ্ছে না। | উদ্ভিদের জন্য: RIN≥4.0; প্রাণীদের জন্য: RIN≥4.5; ৫.০≥২৮সে/১৮সে≥১.০; সীমিত অথবা কোন বেসলাইন উচ্চতা নেই |
| প্যাকবিও লাইব্রেরি | ≥ ১০০ | ≥ ১.০ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 জেলে প্রোটিন বা ডিএনএ দূষণ সীমিত অথবা কোনওভাবেই দেখা যাচ্ছে না। | গাছপালা: RIN≥৭.৫ প্রাণী: RIN≥8.0 ৫.০≥২৮সে/১৮সে≥১.০; সীমিত অথবা কোন বেসলাইন উচ্চতা নেই |
প্রস্তাবিত নমুনা বিতরণ
ধারক: 2 মিলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব (টিন ফয়েল সুপারিশ করা হয় না)
নমুনা লেবেলিং: গ্রুপ+প্রতিলিপি যেমন A1, A2, A3; B1, B2, B3।
জাহাজে প্রেরিত কাজ:
১. শুকনো বরফ:নমুনাগুলি ব্যাগে ভরে শুকনো বরফে পুঁতে ফেলতে হবে।
২. আরএনএস্টেবল টিউব: আরএনএ নমুনাগুলি আরএনএ স্ট্যাবিলাইজেশন টিউবে (যেমন আরএনএস্টেবল®) শুকিয়ে ঘরের তাপমাত্রায় পাঠানো যেতে পারে।
নিম্নলিখিত বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত:
- কাঁচা তথ্য
- মান নিয়ন্ত্রণ
- বিকল্প পলিঅ্যাডেনিলেশন বিশ্লেষণ (এপিএ)
- ফিউশন ট্রান্সক্রিপ্ট বিশ্লেষণ
- বিকল্প স্প্লাইসিং বিশ্লেষণ
- বেঞ্চমার্কিং ইউনিভার্সাল সিঙ্গেল-কপি অর্থোলগস (BUSCO) বিশ্লেষণ
- উপন্যাস প্রতিলিপি বিশ্লেষণ: কোডিং সিকোয়েন্স (সিডিএস) এবং কার্যকরী টীকাটির পূর্বাভাস
- lncRNA বিশ্লেষণ: lncRNA এবং লক্ষ্যমাত্রার পূর্বাভাস
- মাইক্রোস্যাটেলাইট আইডেন্টিফিকেশন (SSR)
- ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড ট্রান্সক্রিপ্ট (DETs) বিশ্লেষণ
- ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড জিন (ডিইজি) বিশ্লেষণ
- DEG এবং DET-এর কার্যকরী টীকা
BUSCO বিশ্লেষণ
বিকল্প স্প্লাইসিং বিশ্লেষণ
বিকল্প পলিঅ্যাডেনিলেশন বিশ্লেষণ (এপিএ)
ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড জিন (DEGs) এবং ট্রান্সক্রিপ্ট (DETs9 বিশ্লেষণ)
ডিইটি এবং ডিইজি-র প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া নেটওয়ার্ক
BMKGene-এর PacBio 2+3 পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের mRNA সিকোয়েন্সিং দ্বারা প্রদত্ত অগ্রগতিগুলি প্রকাশনার একটি সংকলনের মাধ্যমে অন্বেষণ করুন।
চাও, কিউ. এট আল. (২০১৯) 'পপুলাস স্টেম ট্রান্সক্রিপ্টোমের বিকাশগত গতিবিদ্যা',উদ্ভিদ জৈবপ্রযুক্তি জার্নাল, 17(1), পৃষ্ঠা 206–219। doi: 10.1111/PBI.12958।
ডেং, এইচ. এট আল. (২০২২) 'অ্যাক্টিনিডিয়া ল্যাটিফোলিয়া (একটি অ্যাসকরবেট সমৃদ্ধ ফল ফসল) এর ফলের বিকাশ এবং পাকার সময় অ্যাসকরবিক অ্যাসিডের পরিমাণের গতিশীল পরিবর্তন এবং এর সাথে সম্পর্কিত আণবিক প্রক্রিয়া',আন্তর্জাতিক মলিকুলার সায়েন্সেস জার্নাল, 23(10), পৃ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1।
হুয়া, এক্স. এট আল. (২০২২) 'প্যারিস পলিফাইলায় জৈব সক্রিয় পলিফাইলিনে জড়িত জৈব সংশ্লেষণ পথ জিনের কার্যকর ভবিষ্যদ্বাণী',যোগাযোগ জীববিজ্ঞান২০২২ ৫:১, ৫(১), পৃষ্ঠা ১–১০। doi: ১০.১০৩৮/s৪২০০৩-০২২-০৩০০০-জেড।
লিউ, এম. এট আল. (২০২৩) 'টুটা অ্যাবসোলুটা (মেরিক) ট্রান্সক্রিপ্টোম এবং সাইটোক্রোম পি৪৫০ জিনের সম্মিলিত প্যাকবায়ো আইসো-সেক এবং ইলুমিনা আরএনএ-সেক বিশ্লেষণ',পোকামাকড়, 14(4), পৃ. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
ওয়াং, লিজুন প্রমুখ (২০১৯) 'রিকিনাস কমিউনিসে রিসিনোলিক অ্যাসিড জৈব সংশ্লেষণের আরও ভাল বোঝার জন্য ইলুমিনা আরএনএ সিকোয়েন্সিংয়ের সাথে মিলিত প্যাকবায়ো একক-অণু রিয়েল-টাইম বিশ্লেষণ ব্যবহার করে ট্রান্সক্রিপ্টোম জটিলতার একটি সমীক্ষা',বিএমসি জিনোমিক্স, 20(1), পৃষ্ঠা 1–17। doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/চিত্র/7।
