প্যাকবায়ো ২+৩ পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের এমআরএনএ সমাধান
বৈশিষ্ট্য
● গবেষণার নকশা:
ট্রান্সক্রিপ্ট আইসোফর্ম শনাক্ত করার জন্য প্যাকবায়ো (PacBio) দিয়ে সম্মিলিত নমুনার সিকোয়েন্সিং করা হয়েছে।
পৃথক নমুনা (প্রতিলিপি এবং পরীক্ষার শর্তাবলী) ক্রমাঙ্কিত করা হয়েছেট্রান্সক্রিপ্ট এক্সপ্রেশন পরিমাপ করার জন্য এনজিএস
● CCS মোডে PacBio সিকোয়েন্সিং, যা HiFi রিড তৈরি করে
● পূর্ণ দৈর্ঘ্যের প্রতিলিপিগুলির ক্রমবিন্যাস
● বিশ্লেষণের জন্য কোনো রেফারেন্স জিনোমের প্রয়োজন হয় না; তবে, এটি ব্যবহার করা যেতে পারে।
● বায়োইনফরমেটিক বিশ্লেষণের মধ্যে শুধু জিন ও আইসোফর্ম-স্তরের এক্সপ্রেশনই নয়, বরং lncRNA, জিন ফিউশন, পলি-অ্যাডেনাইলেশন এবং জিন কাঠামোর বিশ্লেষণও অন্তর্ভুক্ত।
সুবিধাগুলি
● উচ্চ নির্ভুলতা৯৯.৯% (Q30) এর বেশি নির্ভুলতাসহ হাইফাই রিড, যা এনজিএস (NGS) এর সমতুল্য।
● বিকল্প স্প্লাইসিং বিশ্লেষণসমস্ত ট্রান্সক্রিপ্টের সিকোয়েন্সিং আইসোফর্ম শনাক্তকরণ এবং বৈশিষ্ট্য নির্ধারণে সক্ষম করে।
● প্যাকবায়ো এবং এনজিএস-এর শক্তির সমন্বয়এটি আইসোফর্ম পর্যায়ে এক্সপ্রেশনের পরিমাণ নির্ধারণ করতে সক্ষম করে, যার ফলে এমন পরিবর্তন উন্মোচিত হয় যা সম্পূর্ণ জিনের এক্সপ্রেশন বিশ্লেষণ করার সময় ঢাকা পড়ে যেতে পারে।
● ব্যাপক দক্ষতাআমরা ২৩০০-এরও বেশি নমুনা প্রক্রিয়াজাত করেছি, আমাদের দল প্রতিটি প্রকল্পে তার বিপুল অভিজ্ঞতা নিয়ে আসে।
● বিক্রয়োত্তর সহায়তাপ্রকল্প সমাপ্তির পরেও আমাদের দায়বদ্ধতা ৩ মাসের বিক্রয়োত্তর সেবার মাধ্যমে অব্যাহত থাকে। এই সময়ে, আমরা প্রকল্পের ফলো-আপ, সমস্যা সমাধানে সহায়তা এবং ফলাফল সম্পর্কিত যেকোনো জিজ্ঞাসার সমাধানের জন্য প্রশ্নোত্তর পর্বের আয়োজন করে থাকি।
নমুনার প্রয়োজনীয়তা এবং ডেলিভারি
| লাইব্রেরি | ক্রমবিন্যাস কৌশল | ডেটা সুপারিশ করা হয়েছে | গুণমান নিয়ন্ত্রণ |
| পলিএ সমৃদ্ধ এমআরএনএ সিসিএস লাইব্রেরি | প্যাকবায়ো সিক্যুয়েল II প্যাকবায়ো রেভিও | ২০/৪০ জিবি ৫/১০ এম সিসিএস | Q30≥85% |
| পলি এ সমৃদ্ধ | ইলুমিনা পিই১৫০ | ৬-১০ জিবি | Q30≥85% |
নিউক্লিওটাইড
|
| ঘনত্ব (ng/μl) | পরিমাণ (μg) | বিশুদ্ধতা | সততা |
| ইলুমিনা লাইব্রেরি | ≥ ১০ | ≥ ০.২ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 জেলে সীমিত বা কোনো প্রোটিন বা ডিএনএ দূষণ দেখা যায়নি। | উদ্ভিদের জন্য: RIN≥4.0; প্রাণীদের ক্ষেত্রে: RIN≥4.5; ৫.০≥২৮এস/১৮এস≥১.০; সীমিত বা কোনো বেসলাইন উচ্চতা নেই |
| প্যাকবায়ো লাইব্রেরি | ≥ ১০০ | ≥ ১.০ | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 জেলে সীমিত বা কোনো প্রোটিন বা ডিএনএ দূষণ দেখা যায়নি। | উদ্ভিদ: RIN≥৭.৫ প্রাণী: RIN≥8.0 ৫.০≥২৮এস/১৮এস≥১.০; সীমিত বা কোনো বেসলাইন উচ্চতা নেই |
প্রস্তাবিত নমুনা ডেলিভারি
পাত্র: ২ মিলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব (টিন ফয়েল ব্যবহার করা বাঞ্ছনীয় নয়)
নমুনার নামকরণ: গ্রুপ+প্রতিলিপি, যেমন A1, A2, A3; B1, B2, B3।
চালান:
১. শুষ্ক বরফ:নমুনাগুলো ব্যাগে ভরে ড্রাই-আইসে পুঁতে রাখতে হবে।
২. আরএনএস্টেবল টিউব: আরএনএ নমুনা আরএনএ স্থিতিশীলকরণ টিউবে (যেমন আরএনএস্টেবল®) শুকিয়ে কক্ষ তাপমাত্রায় পাঠানো যেতে পারে।
নিম্নলিখিত বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত:
- কাঁচা ডেটা
- গুণমান নিয়ন্ত্রণ
- বিকল্প পলিঅ্যাডেনাইলেশন বিশ্লেষণ (এপিএ)
- ফিউশন ট্রান্সক্রিপ্ট বিশ্লেষণ
- বিকল্প স্প্লাইসিং বিশ্লেষণ
- বেঞ্চমার্কিং ইউনিভার্সাল সিঙ্গেল-কপি অর্থোলগস (BUSCO) বিশ্লেষণ
- নভেল ট্রান্সক্রিপ্ট বিশ্লেষণ: কোডিং সিকোয়েন্স (সিডিএস) এর পূর্বাভাস এবং কার্যকরী টীকা
- lncRNA বিশ্লেষণ: lncRNA এবং এর লক্ষ্যবস্তুসমূহের পূর্বাভাস
- মাইক্রোস্যাটেলাইট শনাক্তকরণ (এসএসআর)
- ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড ট্রান্সক্রিপ্টস (DETs) বিশ্লেষণ
- ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড জিন (ডিইজি) বিশ্লেষণ
- ডিইজি এবং ডিইটি-এর কার্যকরী টীকা
BUSCO বিশ্লেষণ
বিকল্প স্প্লাইসিং বিশ্লেষণ
বিকল্প পলিঅ্যাডেনাইলেশন বিশ্লেষণ (এপিএ)
ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড জিন (DEG) এবং ট্রান্সক্রিপ্ট (DETs9 বিশ্লেষণ)
DET এবং DEG-এর প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া নেটওয়ার্ক
নির্বাচিত প্রকাশনা সংকলনের মাধ্যমে BMKGene-এর PacBio 2+3 পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের mRNA সিকোয়েন্সিং দ্বারা সাধিত অগ্রগতিগুলো অন্বেষণ করুন।
চাও, কিউ. প্রমুখ (২০১৯) 'পপুলাস কাণ্ডের ট্রান্সক্রিপ্টোমের বিকাশগত গতিশীলতা',উদ্ভিদ জৈবপ্রযুক্তি জার্নাল, 17(1), পৃষ্ঠা 206–219। doi: 10.1111/PBI.12958।
ডেং, এইচ. প্রমুখ (২০২২) 'অ্যাকটিনিডিয়া ল্যাটিফোলিয়া (একটি অ্যাসকরবেট-সমৃদ্ধ ফল ফসল)-এর ফল বিকাশ ও পরিপক্কতাকালে অ্যাসকরবিক অ্যাসিডের পরিমাণের গতিশীল পরিবর্তন এবং সংশ্লিষ্ট আণবিক প্রক্রিয়া',আন্তর্জাতিক আণবিক বিজ্ঞান জার্নাল, 23(10), পৃ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1।
হুয়া, এক্স. প্রমুখ (২০২২) 'প্যারিস পলিফিলাতে জৈব সক্রিয় পলিফিলিন গঠনে জড়িত জৈব সংশ্লেষণ পথের জিনসমূহের কার্যকর পূর্বাভাস',যোগাযোগ জীববিজ্ঞান2022 5:1, 5(1), পৃষ্ঠা 1–10। doi: 10.1038/s42003-022-03000-z।
লিউ, এম. প্রমুখ (২০২৩) 'টুটা অ্যাবসোলুটা (মেয়ারিক) ট্রান্সক্রিপ্টোম এবং সাইটোক্রোম পি৪৫০ জিনের প্যাকবায়ো আইসো-সিক এবং ইলুমিনা আরএনএ-সিক এর সম্মিলিত বিশ্লেষণ',পোকামাকড়, 14(4), পৃ. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
ওয়াং, লিজুন প্রমুখ (২০১৯) 'Ricinus communis-এ রিসিনোলিক অ্যাসিড জৈব সংশ্লেষণ সম্পর্কে আরও ভালোভাবে বোঝার জন্য PacBio একক-অণু রিয়েল-টাইম বিশ্লেষণ এবং Illumina RNA সিকোয়েন্সিং-এর সমন্বয়ে ট্রান্সক্রিপ্টোমের জটিলতার একটি সমীক্ষা',বিএমসি জিনোমিক্স, 20(1), পৃষ্ঠা 1–17। doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7।
