-
জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন বিশ্লেষণ
জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডি (জিডব্লিউএএস) নির্দিষ্ট বৈশিষ্ট্য (ফেনোটাইপ) এর সাথে সম্পর্কিত জেনেটিক বৈকল্পিক (জিনোটাইপ) সনাক্ত করা লক্ষ্য করে।জিডব্লিউএএস অধ্যয়ন জেনেটিক মার্কারগুলি বিপুল সংখ্যক ব্যক্তির পুরো জিনোম অতিক্রম করে এবং জনসংখ্যার স্তরে পরিসংখ্যানগত বিশ্লেষণের মাধ্যমে জিনোটাইপ-ফেনোটাইপ অ্যাসোসিয়েশনগুলির পূর্বাভাস দেয়।এটি মানুষের রোগ এবং প্রাণী বা উদ্ভিদের জটিল বৈশিষ্ট্যের উপর কার্যকরী জিন খনির গবেষণায় ব্যাপকভাবে প্রয়োগ করা হয়েছে।
-
উদ্ভিদ/প্রাণী পুরো জিনোম সিকোয়েন্সিং
সম্পূর্ণ জিনোম রি-সিকোয়েন্সিং, যা WGS নামেও পরিচিত, সিঙ্গেল নিউক্লিওটাইড পলিমরফিজম (SNP), সন্নিবেশ মুছে ফেলা (InDel), স্ট্রাকচার ভ্যারিয়েশন (SV), এবং কপি নম্বর ভেরিয়েশন (CNV) সহ সমগ্র জিনোমে সাধারণ এবং বিরল উভয় মিউটেশন প্রকাশ করতে সক্ষম করে। )SVs SNPs-এর তুলনায় ভিন্নতার ভিত্তির একটি বৃহত্তর অংশ তৈরি করে এবং জিনোমের উপর বেশি প্রভাব ফেলে, যা জীবন্ত প্রাণীর উপর উল্লেখযোগ্য প্রভাব ফেলে।দীর্ঘ-পড়া রিকোয়েন্সিং বড় টুকরো এবং জটিল বৈচিত্রগুলির আরও সুনির্দিষ্ট সনাক্তকরণের অনুমতি দেয় কারণ দীর্ঘ পঠনগুলি জটিল অঞ্চলগুলি যেমন ট্যান্ডেম পুনরাবৃত্তি, GC/AT-সমৃদ্ধ অঞ্চল এবং হাইপার-ভেরিয়েবল অঞ্চলগুলির উপর ক্রোমোসোমাল অতিক্রম করাকে আরও সহজ করে তোলে।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা, প্যাকবিও, ন্যানোপুর
-
বিবর্তনীয় জেনেটিক্স
বিবর্তনীয় জেনেটিক্স হল একটি প্যাকড সিকোয়েন্সিং পরিষেবা যা SNPs, InDels, SVs এবং CNVs সহ জেনেটিক বৈচিত্রের উপর ভিত্তি করে প্রদত্ত উপাদানগুলির বিবর্তনীয় তথ্যের একটি ব্যাপক ব্যাখ্যা প্রদানের জন্য ডিজাইন করা হয়েছে।এটি বিবর্তনীয় পরিবর্তন এবং জনসংখ্যার জিনগত বৈশিষ্ট্য যেমন জনসংখ্যার গঠন, জিনগত বৈচিত্র্য, ফাইলোজেনি সম্পর্ক ইত্যাদি বর্ণনা করার জন্য প্রয়োজনীয় সমস্ত মৌলিক বিশ্লেষণ প্রদান করে। এতে জিন প্রবাহের উপর অধ্যয়নও রয়েছে, যা কার্যকর জনসংখ্যার আকার, অপসারণের সময় অনুমানকে শক্তিশালী করে।
-
তুলনামূলক জিনোমিক্স
তুলনামূলক জিনোমিক্সের আক্ষরিক অর্থ হল বিভিন্ন প্রজাতির সম্পূর্ণ জিনোম সিকোয়েন্স এবং কাঠামোর তুলনা করা।এই শৃঙ্খলার লক্ষ্য হল প্রজাতির বিবর্তন, জিনের কার্যকারিতা, জিনোম স্তরে জিন নিয়ন্ত্রক প্রক্রিয়া প্রকাশ করা এবং বিভিন্ন প্রজাতির মধ্যে সংরক্ষিত বা পার্থক্যকারী ক্রম কাঠামো এবং উপাদানগুলি সনাক্ত করা।সাধারণ তুলনামূলক জিনোমিক্স অধ্যয়নের মধ্যে রয়েছে জিন পরিবারের বিশ্লেষণ, বিবর্তনীয় বিকাশ, সম্পূর্ণ জিনোমের অনুলিপি, নির্বাচনী চাপ ইত্যাদি।
-
হাই-সি ভিত্তিক জিনোম সমাবেশ
হাই-সি হল প্রোবিং প্রক্সিমিটি-ভিত্তিক মিথস্ক্রিয়া এবং উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংকে একত্রিত করে ক্রোমোজোম কনফিগারেশন ক্যাপচার করার জন্য ডিজাইন করা একটি পদ্ধতি।এই মিথস্ক্রিয়াগুলির তীব্রতা ক্রোমোজোমের শারীরিক দূরত্বের সাথে নেতিবাচকভাবে সম্পর্কযুক্ত বলে মনে করা হয়।তাই, হাই-সি ডেটা একটি খসড়া জিনোমে একত্রিত সিকোয়েন্সের ক্লাস্টারিং, অর্ডারিং এবং ওরিয়েন্টিং এবং নির্দিষ্ট সংখ্যক ক্রোমোজোমের উপর নোঙ্গর করার জন্য গাইড করতে পারে।এই প্রযুক্তি জনসংখ্যা-ভিত্তিক জেনেটিক মানচিত্রের অনুপস্থিতিতে একটি ক্রোমোজোম-স্তরের জিনোম সমাবেশকে শক্তিশালী করে।প্রতিটি জিনোমের একটি হাই-সি প্রয়োজন।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম / ডিএনবিএসইকিউ
-
উদ্ভিদ/প্রাণী ডি নভো জিনোম সিকোয়েন্সিং
ডি নভোসিকোয়েন্সিং বলতে একটি রেফারেন্স জিনোমের অনুপস্থিতিতে সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি, যেমন PacBio, Nanopore, NGS ইত্যাদি ব্যবহার করে একটি প্রজাতির সম্পূর্ণ জিনোম নির্মাণকে বোঝায়।তৃতীয় প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তির পঠন দৈর্ঘ্যের উল্লেখযোগ্য উন্নতি জটিল জিনোমগুলিকে একত্রিত করার নতুন সুযোগ এনেছে, যেমন উচ্চ হেটেরোজাইগোসিটি, উচ্চ পুনরাবৃত্ত অঞ্চলের অনুপাত, পলিপ্লয়েড ইত্যাদি। পুনরাবৃত্তিমূলক উপাদান, অস্বাভাবিক GC বিষয়বস্তু সহ অঞ্চল এবং অন্যান্য অত্যন্ত জটিল অঞ্চলগুলির সমাধান করা।
প্ল্যাটফর্ম: PacBio সিক্যুয়েল II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq প্ল্যাটফর্ম
-
হিউম্যান হোল এক্সোম সিকোয়েন্সিং
সম্পূর্ণ এক্সোম সিকোয়েন্সিং (ডব্লিউইএস) রোগ-সৃষ্টিকারী মিউটেশন সনাক্তকরণের জন্য একটি ব্যয়-কার্যকর সিকোয়েন্সিং কৌশল হিসাবে বিবেচিত হয়।যদিও এক্সনগুলি সমগ্র জিনোমের প্রায় 1.7% গ্রহণ করে, এটি সরাসরি মোট প্রোটিন ফাংশনের প্রোফাইলকে প্রতিনিধিত্ব করে।মানব জিনোমে, এটি রিপোর্ট করা হয়েছে যে 85% এর বেশি রোগ সম্পর্কিত মিউটেশন প্রোটিন কোডিং অঞ্চলে ঘটে।
BMKGENE বিভিন্ন গবেষণা লক্ষ্য পূরণের জন্য উপলব্ধ বিভিন্ন এক্সন ক্যাপচারিং কৌশল সহ ব্যাপক এবং নমনীয় মানব সমগ্র এক্সোম সিকোয়েন্সিং পরিষেবা সরবরাহ করে।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম
-
স্পেসিফিক-লোকাস এমপ্লিফাইড ফ্র্যাগমেন্ট সিকোয়েন্সিং (SLAF-Seq)
উচ্চ-থ্রুপুট জিনোটাইপিং, বিশেষ করে বড় আকারের জনসংখ্যার ক্ষেত্রে, জেনেটিক অ্যাসোসিয়েশন অধ্যয়নের একটি মৌলিক পদক্ষেপ, যা কার্যকরী জিন আবিষ্কার, বিবর্তনীয় বিশ্লেষণ ইত্যাদির জন্য জেনেটিক ভিত্তি প্রদান করে। গভীর সমগ্র জিনোম পুনঃক্রমের পরিবর্তে, কম প্রতিনিধিত্ব জিনোম সিকোয়েন্সিং (RGS)। জেনেটিক মার্কার আবিষ্কারে যুক্তিসঙ্গত দক্ষতা বজায় রাখার সময় নমুনা প্রতি সিকোয়েন্সিং খরচ কমানোর জন্য ) চালু করা হয়েছে।এটি সাধারণত প্রদত্ত আকারের সীমার মধ্যে সীমাবদ্ধতা খণ্ড নিষ্কাশন করে অর্জন করা হয়, যার নামকরণ করা হয় হ্রাসকৃত প্রতিনিধিত্ব লাইব্রেরি (RRL)।স্পেসিফিক-লোকাস এমপ্লিফাইড ফ্র্যাগমেন্ট সিকোয়েন্সিং (SLAF-Seq) হল একটি রেফারেন্স জিনোম সহ বা ছাড়া SNP জিনোটাইপিংয়ের জন্য একটি স্ব-উন্নত কৌশল।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম
