-
মেটাজেনোমিক সিকোয়েন্সিং -এনজিএস
মেটাজিনোম হলো বিভিন্ন জীবগোষ্ঠীর মোট জিনগত উপাদানের একটি সংগ্রহ, যেমন পরিবেশগত এবং মানব মেটাজিনোম। এতে চাষযোগ্য এবং অচাষযোগ্য উভয় প্রকার অণুজীবের জিনোম থাকে। এনজিএস (NGS) ব্যবহার করে শটগান মেটাজিনোমিক সিকোয়েন্সিং শুধুমাত্র ট্যাক্সোনমিক প্রোফাইলিং-এর চেয়েও বেশি কিছু প্রদান করে পরিবেশগত নমুনার মধ্যে নিহিত এই জটিল জিনোমিক ভূদৃশ্য অধ্যয়নের সুযোগ করে দেয়; এটি প্রজাতির বৈচিত্র্য, প্রাচুর্যের গতিশীলতা এবং জটিল জনসংখ্যা কাঠামো সম্পর্কেও সূক্ষ্ম অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে। ট্যাক্সোনমিক গবেষণার বাইরেও, শটগান মেটাজিনোমিক্স একটি ফাংশনাল জিনোমিক্স দৃষ্টিকোণ প্রদান করে, যা এনকোডেড জিন এবং পরিবেশগত প্রক্রিয়ায় তাদের সম্ভাব্য ভূমিকা অন্বেষণে সক্ষম করে। পরিশেষে, জিনগত উপাদান এবং পরিবেশগত কারণগুলির মধ্যে পারস্পরিক সম্পর্কযুক্ত নেটওয়ার্ক স্থাপন অণুজীব সম্প্রদায় এবং তাদের পরিবেশগত পটভূমির মধ্যেকার জটিল মিথস্ক্রিয়া সম্পর্কে একটি সামগ্রিক ধারণা তৈরিতে অবদান রাখে। উপসংহারে বলা যায়, মেটাজিনোমিক সিকোয়েন্সিং বিভিন্ন অণুজীব সম্প্রদায়ের জিনোমিক জটিলতা উন্মোচনের জন্য একটি গুরুত্বপূর্ণ উপকরণ হিসেবে কাজ করে, যা এই জটিল বাস্তুতন্ত্রের মধ্যে জিনতত্ত্ব এবং বাস্তুসংস্থানের বহুমাত্রিক সম্পর্ককে আলোকিত করে।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভা সিক এবং ডিএনবিএসইকিউ-টি৭
-
মেটাজেনোমিক সিকোয়েন্সিং-টিজিএস
মেটাজিনোম হলো বিভিন্ন জীবগোষ্ঠীর জিনগত উপাদানের একটি সংগ্রহ, যেমন পরিবেশগত এবং মানব মেটাজিনোম। এতে চাষযোগ্য এবং অচাষযোগ্য উভয় প্রকার অণুজীবের জিনোম থাকে। মেটাজিনোমিক সিকোয়েন্সিং শুধুমাত্র ট্যাক্সোনমিক প্রোফাইলিংয়ের চেয়েও বেশি কিছু প্রদান করে পরিবেশগত নমুনার মধ্যে নিহিত এই জটিল জিনোমিক পরিমণ্ডলের অধ্যয়নকে সম্ভব করে তোলে। এটি এনকোডেড জিন এবং পরিবেশগত প্রক্রিয়ায় তাদের সম্ভাব্য ভূমিকা অন্বেষণের মাধ্যমে একটি ফাংশনাল জিনোমিক্স দৃষ্টিকোণও প্রদান করে। যদিও মেটাজিনোমিক গবেষণায় ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং সহ প্রচলিত শটগান পদ্ধতি ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয়ে আসছে, ন্যানোপোর এবং প্যাকবায়ো লং-রিড সিকোয়েন্সিংয়ের আবির্ভাব এই ক্ষেত্রটিকে বদলে দিয়েছে। ন্যানোপোর এবং প্যাকবায়ো প্রযুক্তি পরবর্তী বায়োইনফরমেটিক বিশ্লেষণ, বিশেষ করে মেটাজিনোম অ্যাসেম্বলিকে উন্নত করে, যা আরও নিরবচ্ছিন্ন অ্যাসেম্বলি নিশ্চিত করে। প্রতিবেদন থেকে জানা যায় যে, ন্যানোপোর-ভিত্তিক এবং প্যাকবায়ো-ভিত্তিক মেটাজিনোমিক্স জটিল মাইক্রোবায়োম থেকে সফলভাবে সম্পূর্ণ এবং বদ্ধ ব্যাকটেরিয়াল জিনোম তৈরি করেছে (মস, ইএল, প্রমুখ, নেচার বায়োটেক, ২০২০)। ন্যানোপোর রিডের সাথে ইলুমিনা রিডের সমন্বয় ত্রুটি সংশোধনের জন্য একটি কৌশলগত পন্থা প্রদান করে, যা ন্যানোপোরের সহজাত কম নির্ভুলতাকে প্রশমিত করে। এই সমন্বিত সংমিশ্রণ প্রতিটি সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্মের শক্তিকে কাজে লাগিয়ে সম্ভাব্য সীমাবদ্ধতাগুলো কাটিয়ে ওঠার জন্য একটি শক্তিশালী সমাধান দেয় এবং মেটাজিনোমিক বিশ্লেষণের নির্ভুলতা ও নির্ভরযোগ্যতাকে উন্নত করে।
প্ল্যাটফর্ম: ন্যানোপোর প্রোমেথিওন ৪৮, ইলুমিয়া এবং প্যাকবায়ো রেভিও
-
16S/18S/ITS অ্যামপলিকন সিকোয়েন্সিং-প্যাকবায়ো
১৬এস এবং ১৮এস আরআরএনএ জিন, ইন্টারনাল ট্রান্সক্রাইবড স্পেসার (আইটিএস) অঞ্চলের সাথে, তাদের অত্যন্ত সংরক্ষিত এবং অতি-পরিবর্তনশীল অঞ্চলের সংমিশ্রণের কারণে গুরুত্বপূর্ণ আণবিক ফিঙ্গারপ্রিন্টিং মার্কার হিসেবে কাজ করে, যা প্রোক্যারিওটিক এবং ইউক্যারিওটিক জীবের বৈশিষ্ট্য নির্ধারণের জন্য এদেরকে অমূল্য উপকরণে পরিণত করে। এই অঞ্চলগুলির অ্যামপ্লিফিকেশন এবং সিকোয়েন্সিং বিভিন্ন বাস্তুতন্ত্র জুড়ে অণুজীবের গঠন এবং বৈচিত্র্য অনুসন্ধানের জন্য একটি পৃথকীকরণ-মুক্ত পদ্ধতি প্রদান করে। যদিও ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং সাধারণত ১৬এস-এর ভি৩-ভি৪ এবং আইটিএস১-এর মতো ছোট অতি-পরিবর্তনশীল অঞ্চলগুলিকে লক্ষ্য করে, এটি প্রমাণিত হয়েছে যে ১৬এস, ১৮এস এবং আইটিএস-এর সম্পূর্ণ দৈর্ঘ্য সিকোয়েন্সিং করার মাধ্যমে উন্নততর ট্যাক্সোনমিক অ্যানোটেশন অর্জন করা সম্ভব। এই ব্যাপক পদ্ধতির ফলে সঠিকভাবে শ্রেণীবদ্ধ সিকোয়েন্সের হার বেশি হয়, যা এমন একটি রেজোলিউশন অর্জন করে যা প্রজাতি শনাক্তকরণ পর্যন্ত বিস্তৃত। প্যাকবায়োর সিঙ্গেল-মলিকিউল রিয়েল-টাইম (এসএমআরটি) সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্মটি অত্যন্ত নির্ভুল লং রিড (হাইফাই) প্রদানের মাধ্যমে স্বতন্ত্র হয়ে ওঠে, যা সম্পূর্ণ দৈর্ঘ্যের অ্যামপ্লিকনগুলিকে অন্তর্ভুক্ত করে এবং ইলুমিনা সিকোয়েন্সিংয়ের নির্ভুলতার সাথে প্রতিদ্বন্দ্বিতা করে। এই সক্ষমতা গবেষকদের একটি অতুলনীয় সুবিধা প্রদান করে — জিনগত পরিমণ্ডলের একটি সামগ্রিক চিত্র। এই বর্ধিত পরিধি প্রজাতি শনাক্তকরণের নির্ভুলতা উল্লেখযোগ্যভাবে বৃদ্ধি করে, বিশেষত ব্যাকটেরিয়া বা ছত্রাক সম্প্রদায়ের ক্ষেত্রে, যা অণুজীব জনগোষ্ঠীর জটিলতা সম্পর্কে গভীরতর উপলব্ধি সম্ভব করে তোলে।
-
১৬এস/১৮এস/আইটিএস অ্যামপলিকন সিকোয়েন্সিং-এনজিএস
ইলুমিনা প্রযুক্তির সাহায্যে অ্যামপলিকন সিকোয়েন্সিং, বিশেষত 16S, 18S, এবং ITS জেনেটিক মার্কারগুলোকে লক্ষ্য করে, অণুজীব সম্প্রদায়ের মধ্যে ফাইলোজেনি, ট্যাক্সোনমি এবং প্রজাতির প্রাচুর্য উন্মোচনের একটি শক্তিশালী পদ্ধতি। এই পদ্ধতিতে হাউসকিপিং জেনেটিক মার্কারগুলোর হাইপারভেরিয়েবল অঞ্চলগুলোর সিকোয়েন্সিং করা হয়। এটি মূলত একটি আণবিক ফিঙ্গারপ্রিন্ট হিসাবে প্রবর্তিত হয়েছিল।Woeses et al১৯৭৭ সালে, এই কৌশলটি জীবাণু পৃথকীকরণ-মুক্ত বিশ্লেষণকে সম্ভব করে তোলার মাধ্যমে মাইক্রোবায়োম প্রোফাইলিং-এ বৈপ্লবিক পরিবর্তন এনেছে। ১৬এস (ব্যাকটেরিয়া), ১৮এস (ছত্রাক), এবং ইন্টারনাল ট্রান্সক্রাইবড স্পেসার (আইটিএস, ছত্রাক)-এর সিকোয়েন্সিং-এর মাধ্যমে গবেষকরা কেবল প্রচুর পরিমাণে থাকা প্রজাতিই নয়, বরং বিরল এবং অচেনা প্রজাতিও শনাক্ত করতে পারেন। একটি গুরুত্বপূর্ণ হাতিয়ার হিসেবে ব্যাপকভাবে গৃহীত অ্যামপলিকন সিকোয়েন্সিং, মানুষের মুখ, অন্ত্র, মল এবং আরও অনেক কিছু সহ বিভিন্ন পরিবেশে অণুজীবের ভিন্ন ভিন্ন গঠন নির্ণয়ে সহায়ক হয়ে উঠেছে।
-
ব্যাকটেরিয়া এবং ছত্রাকের সম্পূর্ণ জিনোম পুনঃক্রম
ব্যাকটেরিয়া ও ছত্রাকের পূর্ণাঙ্গ জিনোম পুনঃক্রমণ প্রকল্পগুলো অণুজীবের জিনোম সম্পূর্ণ করা ও তুলনা করার সুযোগ করে দিয়ে অণুজীব জিনোমিক্সের অগ্রগতিতে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। এটি ফার্মেন্টেশন ইঞ্জিনিয়ারিং, শিল্প প্রক্রিয়ার অনুকূলীকরণ এবং সেকেন্ডারি মেটাবলিজম পথ অন্বেষণে সহায়তা করে। অধিকন্তু, ছত্রাক ও ব্যাকটেরিয়ার পুনঃক্রমণ পরিবেশগত অভিযোজন বোঝা, স্ট্রেইনের অনুকূলীকরণ এবং জিনগত বিবর্তনের গতিপ্রকৃতি উন্মোচনের জন্য অপরিহার্য, যার চিকিৎসা, কৃষি এবং পরিবেশ বিজ্ঞানে ব্যাপক প্রভাব রয়েছে।
-
প্রোক্যারিওটিক আরএনএ সিকোয়েন্সিং
আরএনএ সিকোয়েন্সিং নির্দিষ্ট পরিস্থিতিতে কোষের অভ্যন্তরে থাকা সমস্ত আরএনএ ট্রান্সক্রিপ্টের ব্যাপক প্রোফাইলিং করতে সক্ষম করে। এই অত্যাধুনিক প্রযুক্তিটি একটি শক্তিশালী হাতিয়ার হিসেবে কাজ করে, যা বিভিন্ন জৈবিক প্রক্রিয়ার সাথে জড়িত জটিল জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইল, জিনের গঠন এবং আণবিক কৌশল উন্মোচন করে। মৌলিক গবেষণা, ক্লিনিক্যাল ডায়াগনস্টিকস এবং ঔষধ উন্নয়নে ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত আরএনএ সিকোয়েন্সিং কোষীয় গতিশীলতা এবং জিনগত নিয়ন্ত্রণের সূক্ষ্মতা সম্পর্কে অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে। আমাদের প্রোক্যারিওটিক আরএনএ নমুনা প্রক্রিয়াকরণ প্রোক্যারিওটিক ট্রান্সক্রিপ্টোমের জন্য বিশেষভাবে তৈরি, যার মধ্যে আরআরএনএ অপসারণ এবং নির্দিষ্ট লাইব্রেরি প্রস্তুতি অন্তর্ভুক্ত।
-
মেটাট্রান্সক্রিপটোম সিকোয়েন্সিং
ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি ব্যবহার করে, BMKGENE-এর মেটাট্রান্সক্রিপটোম সিকোয়েন্সিং পরিষেবা মাটি, জল, সমুদ্র, মল এবং অন্ত্রের মতো প্রাকৃতিক পরিবেশে ইউক্যারিওট থেকে শুরু করে প্রোক্যারিওট এবং ভাইরাস পর্যন্ত বিস্তৃত বিভিন্ন অণুজীবের গতিশীল জিন এক্সপ্রেশন উন্মোচন করে। আমাদের এই ব্যাপক পরিষেবা গবেষকদের জটিল অণুজীব সম্প্রদায়ের সম্পূর্ণ জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইল গভীরভাবে অনুসন্ধান করতে সক্ষম করে। ট্যাক্সোনমিক বিশ্লেষণের বাইরেও, আমাদের মেটাট্রান্সক্রিপটোম সিকোয়েন্সিং পরিষেবা ফাংশনাল এনরিচমেন্ট অন্বেষণে সহায়তা করে, যা ডিফারেনশিয়ালি এক্সপ্রেসড জিন এবং তাদের ভূমিকার উপর আলোকপাত করে। এই বৈচিত্র্যময় পরিবেশগত ক্ষেত্রগুলির মধ্যে জিন এক্সপ্রেশন, ট্যাক্সোনমিক বৈচিত্র্য এবং কার্যকরী গতিশীলতার জটিল জগতে বিচরণ করার মাধ্যমে বিপুল পরিমাণ জৈবিক অন্তর্দৃষ্টি উন্মোচন করুন।
-
ডি নভো ফাঙ্গাল জিনোম সমাবেশ
BMKGENE ছত্রাকের জিনোমের জন্য বহুমুখী সমাধান প্রদান করে, যা বিভিন্ন গবেষণার চাহিদা এবং জিনোমের কাঙ্ক্ষিত পূর্ণতা পূরণ করে। শুধুমাত্র শর্ট-রিড ইলুমিনা সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে একটি খসড়া জিনোম তৈরি করা যায়। ন্যানোপোর বা প্যাকবায়ো ব্যবহার করে শর্ট-রিড এবং লং-রিড সিকোয়েন্সিং একত্রিত করে দীর্ঘতর কন্টিগসহ আরও পরিমার্জিত ছত্রাক জিনোম তৈরি করা হয়।
-
ডি নভো ব্যাকটেরিয়াল জিনোম সমাবেশ
আমরা শূন্য গ্যাপের নিশ্চয়তা সহ একটি সম্পূর্ণ ব্যাকটেরিয়াল জিনোম অ্যাসেম্বলি পরিষেবা প্রদান করি। অ্যাসেম্বলির জন্য ন্যানোপোর এবং প্যাকবায়োর মতো লং-রিড সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি এবং অ্যাসেম্বলি যাচাইকরণ ও ওএনটি রিডের ত্রুটি সংশোধনের জন্য ইলুমিনার সাথে শর্ট-রিড সিকোয়েন্সিং-এর সমন্বয়ের মাধ্যমে এটি সম্ভব হয়। আমাদের পরিষেবা অ্যাসেম্বলি, ফাংশনাল অ্যানোটেশন এবং উন্নত বায়োইনফরমেটিক বিশ্লেষণ থেকে শুরু করে সম্পূর্ণ বায়োইনফরমেটিক ওয়ার্কফ্লো প্রদান করে, যা নির্দিষ্ট গবেষণার লক্ষ্য পূরণ করে। এই পরিষেবা বিভিন্ন জেনেটিক এবং জিনোমিক গবেষণার জন্য নির্ভুল রেফারেন্স জিনোম তৈরিতে সক্ষম করে। এছাড়াও, এটি স্ট্রেইন অপটিমাইজেশন, জেনেটিক ইঞ্জিনিয়ারিং এবং মাইক্রোবিয়াল প্রযুক্তি উন্নয়নের মতো অ্যাপ্লিকেশনগুলির ভিত্তি তৈরি করে, যা বৈজ্ঞানিক অন্তর্দৃষ্টি এবং জৈবপ্রযুক্তিগত উদ্ভাবনের অগ্রগতির জন্য অপরিহার্য নির্ভরযোগ্য এবং গ্যাপ-মুক্ত জিনোমিক ডেটা নিশ্চিত করে।
