-
ক্রোমাটিন ইমিউনোপ্রিসিপিটেশন সিকোয়েন্সিং (ChIP-seq)
ChIP-Seq হিস্টোন পরিবর্তন, ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর এবং অন্যান্য ডিএনএ-সম্পর্কিত প্রোটিনের জন্য ডিএনএ লক্ষ্যগুলির জিনোম-ওয়াইড প্রোফাইলিং প্রদান করে।এটি নির্দিষ্ট প্রোটিন-ডিএনএ কমপ্লেক্স পুনরুদ্ধার করার জন্য ক্রোমাটিন ইমিউনো-রিসিপিটেশন (ChIP) এর নির্বাচনকে একত্রিত করে, পুনরুদ্ধার করা ডিএনএর উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং (এনজিএস) এর শক্তির সাথে।উপরন্তু, যেহেতু প্রোটিন-ডিএনএ কমপ্লেক্সগুলি জীবন্ত কোষ থেকে পুনরুদ্ধার করা হয়, বাঁধাই সাইটগুলি বিভিন্ন কোষের প্রকার এবং টিস্যুতে বা বিভিন্ন পরিস্থিতিতে তুলনা করা যেতে পারে।ট্রান্সক্রিপশনাল রেগুলেশন থেকে শুরু করে ডেভেলপমেন্টাল পাথওয়েজ থেকে ডিজিজ মেকানিজম এবং এর বাইরেও অ্যাপ্লিকেশনের পরিসীমা।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম
-
মেটাজেনমিক সিকোয়েন্সিং-এনজিএস
মেটাজেনোম বলতে জীবের মিশ্র সম্প্রদায়ের মোট জেনেটিক উপাদানের একটি সংগ্রহকে বোঝায়, যেমন পরিবেশগত মেটাজেনোম, মানব মেটাজেনোম ইত্যাদি। এতে চাষযোগ্য এবং চাষযোগ্য উভয় অণুজীবের জিনোম রয়েছে।মেটাজেনমিক সিকোয়েন্সিং হল একটি আণবিক টুল যা পরিবেশগত নমুনা থেকে আহরিত মিশ্র জিনোমিক পদার্থ বিশ্লেষণ করতে ব্যবহৃত হয়, যা প্রজাতির বৈচিত্র্য এবং প্রাচুর্য, জনসংখ্যার গঠন, ফাইলোজেনেটিক সম্পর্ক, কার্যকরী জিন এবং পরিবেশগত কারণগুলির সাথে পারস্পরিক সম্পর্ক সম্পর্কে বিস্তারিত তথ্য প্রদান করে।
প্ল্যাটফর্ম:ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম
-
মেটাজেনমিক সিকোয়েন্সিং- ন্যানোপোর
মেটাজেনমিক্স হল একটি আণবিক সরঞ্জাম যা পরিবেশগত নমুনা থেকে আহরিত মিশ্র জিনোমিক পদার্থ বিশ্লেষণ করতে ব্যবহৃত হয়, যা প্রজাতির বৈচিত্র্য এবং প্রাচুর্য, জনসংখ্যার গঠন, ফাইলোজেনেটিক সম্পর্ক, কার্যকরী জিন এবং পরিবেশগত কারণগুলির সাথে পারস্পরিক সম্পর্ক ইত্যাদির বিস্তারিত তথ্য প্রদান করে। ন্যানোপুর সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্ম সম্প্রতি চালু করেছে। মেটাজেনমিক গবেষণায়।পঠিত দৈর্ঘ্যে এর অসামান্য কর্মক্ষমতা মূলত ডাউন স্ট্রিম মেটাজেনমিক বিশ্লেষণ, বিশেষ করে মেটাজেনোম সমাবেশকে উন্নত করেছে।পঠন-দৈর্ঘ্যের সুবিধা গ্রহণ করে, ন্যানোপোর-ভিত্তিক মেটাজেনোমিক অধ্যয়ন শট-গান মেটাজেনোমিক্সের সাথে তুলনা করে আরও ধারাবাহিক সমাবেশ অর্জন করতে সক্ষম।এটি প্রকাশিত হয়েছে যে ন্যানোপোর-ভিত্তিক মেটাজেনোমিক্স সফলভাবে মাইক্রোবায়োম থেকে সম্পূর্ণ এবং বন্ধ ব্যাকটেরিয়া জিনোম তৈরি করেছে (মস, ইএল, এট আল,প্রকৃতি বায়োটেক, 2020)
প্ল্যাটফর্ম:Nanopore PromethION P48
-
পুরো জিনোম বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং
সাইটোসিনে (5-mC) পঞ্চম অবস্থানে থাকা ডিএনএ মেথিলেশন জিনের অভিব্যক্তি এবং সেলুলার কার্যকলাপের উপর একটি মৌলিক প্রভাব ফেলে।অস্বাভাবিক মেথিলেশন প্যাটার্নগুলি ক্যান্সারের মতো বিভিন্ন অবস্থা এবং রোগের সাথে যুক্ত হয়েছে।WGBS একক বেস রেজোলিউশনে জিনোম-ওয়াইড মেথিলেশন অধ্যয়নের জন্য সোনার মান হয়ে উঠেছে।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম
-
উচ্চ থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং (ATAC-seq) সহ ট্রান্সপোজেস-অ্যাক্সেসিবল ক্রোমাটিনের জন্য অ্যাস
ATAC-seq হল জিনোম-ওয়াইড ক্রোমাটিন অ্যাক্সেসিবিলিটি বিশ্লেষণের জন্য একটি উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং পদ্ধতি, যা জিনের প্রকাশের বিশ্বব্যাপী এপিজেনেটিক নিয়ন্ত্রণের জন্য গুরুত্বপূর্ণ।সিকোয়েন্সিং অ্যাডাপ্টারগুলি হাইপারঅ্যাকটিভ Tn5 ট্রান্সপোজেস দ্বারা খোলা ক্রোমাটিন অঞ্চলে ঢোকানো হয়।পিসিআর পরিবর্ধনের পরে, একটি সিকোয়েন্সিং লাইব্রেরি তৈরি করা হয়।সমস্ত খোলা ক্রোমাটিন অঞ্চলগুলি একটি নির্দিষ্ট স্থান-কাল অবস্থার অধীনে প্রাপ্ত করা যেতে পারে, শুধুমাত্র একটি ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরের বাঁধাই সাইট বা একটি নির্দিষ্ট হিস্টোন পরিবর্তিত অঞ্চলের মধ্যে সীমাবদ্ধ নয়।
-
16S/18S/ITS অ্যামপ্লিকন সিকোয়েন্সিং-প্যাকবিও
16S এবং 18S rRNA-এর সাবইউনিটটি অত্যন্ত সংরক্ষিত এবং হাইপার-ভেরিয়েবল উভয় অঞ্চলে প্রোক্যারিওটিক এবং ইউক্যারিওটিক জীব সনাক্তকরণের জন্য একটি নিখুঁত আণবিক আঙুলের ছাপ।সিকোয়েন্সিংয়ের সুবিধা গ্রহণ করে, এই অ্যামপ্লিকনগুলিকে সংরক্ষিত অংশের উপর ভিত্তি করে লক্ষ্যবস্তু করা যেতে পারে এবং অণুজীব বৈচিত্র্য বিশ্লেষণ, শ্রেণীবিন্যাস, ফাইলোজেনি ইত্যাদি অধ্যয়নে অবদান রাখার জন্য মাইক্রোবায়াল সনাক্তকরণের জন্য হাইপার-ভেরিয়েবল অঞ্চলগুলিকে সম্পূর্ণরূপে চিহ্নিত করা যেতে পারে। একক-অণু রিয়েল-টাইম (SMRT) ) PacBio প্ল্যাটফর্মের সিকোয়েন্সিং অত্যন্ত নির্ভুল দীর্ঘ রিড পেতে সক্ষম করে, যা পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের অ্যামপ্লিকন (প্রায় 1.5 Kb) কভার করতে পারে।জিনগত ক্ষেত্রের প্রশস্ত দৃষ্টিভঙ্গি ব্যাকটেরিয়া বা ছত্রাক সম্প্রদায়ের প্রজাতির টীকাতে রেজোলিউশনকে ব্যাপকভাবে উন্নত করেছে।
প্ল্যাটফর্ম:PacBio সিক্যুয়েল II
-
16S/18S/ITS অ্যামপ্লিকন সিকোয়েন্সিং-এনজিএস
16S/18S/ITS অ্যামপ্লিকন সিকোয়েন্সিং-এর লক্ষ্য হল একটি মাইক্রোবিয়াল সম্প্রদায়ের ফাইলোজেনি, শ্রেণীবিন্যাস এবং প্রজাতির প্রাচুর্য প্রকাশ করা যা হাউসকিপিং জেনেটিক মার্কারগুলির PCR পণ্যগুলির তদন্ত করে যা অত্যন্ত কথিত এবং হাইপারভারিয়েবল উভয় অংশই ধারণ করে।Woeses et al,(1977) দ্বারা এই নিখুঁত আণবিক আঙ্গুলের ছাপের প্রবর্তন বিচ্ছিন্নতা-মুক্ত মাইক্রোবায়োম প্রোফাইলিংকে শক্তিশালী করে।16S (ব্যাকটেরিয়া), 18S (ছত্রাক) এবং অভ্যন্তরীণ প্রতিলিপিযুক্ত স্পেসার (আইটিএস, ছত্রাক) এর সিকোয়েন্সিং প্রচুর প্রজাতির পাশাপাশি বিরল এবং অজ্ঞাত প্রজাতির সনাক্তকরণের অনুমতি দেয়।এই প্রযুক্তি মানুষের মুখ, অন্ত্র, মল ইত্যাদির মতো বিভিন্ন পরিবেশে ডিফারেনশিয়াল মাইক্রোবিয়াল কম্পোজিশন সনাক্ত করার জন্য একটি ব্যাপকভাবে প্রয়োগ করা এবং প্রধান হাতিয়ার হয়ে উঠেছে।
প্ল্যাটফর্ম:ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম
-
ব্যাকটেরিয়া এবং ছত্রাকের পুরো জিনোম রি-সিকোয়েন্সিং
ব্যাকটেরিয়া এবং ছত্রাকের পুরো জিনোম পুনরায় ক্রমানুসারে পরিচিত ব্যাকটেরিয়াম এবং ছত্রাকের জিনোম সম্পূর্ণ করার পাশাপাশি একাধিক জিনোমের তুলনা বা নতুন জীবের জিনোম ম্যাপ করার জন্য একটি গুরুত্বপূর্ণ হাতিয়ার।সঠিক রেফারেন্স জিনোম তৈরি করার জন্য, জীবাণু সনাক্তকরণ এবং অন্যান্য তুলনামূলক জিনোম অধ্যয়ন করার জন্য ব্যাকটেরিয়া এবং ছত্রাকের সম্পূর্ণ জিনোমগুলিকে ক্রমানুসারে রাখা অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম
-
PacBio-পূর্ণ-দৈর্ঘ্য 16S/18S/ITS অ্যামপ্লিকন সিকোয়েন্সিং
অ্যামপ্লিকন (16S/18S/ITS) প্ল্যাটফর্মটি মাইক্রোবায়াল বৈচিত্র্যের প্রকল্প বিশ্লেষণে বছরের অভিজ্ঞতার সাথে তৈরি করা হয়েছে, যাতে রয়েছে প্রমিত মৌলিক বিশ্লেষণ এবং ব্যক্তিগতকৃত বিশ্লেষণ: মৌলিক বিশ্লেষণ বর্তমান মাইক্রোবিয়াল গবেষণার মূলধারার বিশ্লেষণ সামগ্রীকে কভার করে, বিশ্লেষণের বিষয়বস্তু সমৃদ্ধ এবং ব্যাপক, এবং বিশ্লেষণ ফলাফল প্রকল্প রিপোর্ট আকারে উপস্থাপন করা হয়;ব্যক্তিগতকৃত বিশ্লেষণের বিষয়বস্তু বৈচিত্র্যময়।নমুনা নির্বাচন করা যেতে পারে এবং মৌলিক বিশ্লেষণ রিপোর্ট এবং গবেষণা উদ্দেশ্য অনুযায়ী প্যারামিটার নমনীয়ভাবে সেট করা যেতে পারে, ব্যক্তিগতকৃত প্রয়োজনীয়তা উপলব্ধি করতে।উইন্ডোজ অপারেটিং সিস্টেম, সহজ এবং দ্রুত।
-
PacBio-পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্টোম (অ-রেফারেন্স)
প্যাসিফিক বায়োসায়েন্সেস (প্যাসিবিও) আইসোফর্ম সিকোয়েন্সিং ডেটাকে ইনপুট হিসাবে গ্রহণ করে, এই অ্যাপটি পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ট্রান্সক্রিপ্ট সিকোয়েন্সগুলি সনাক্ত করতে সক্ষম (এসেম্বলি ছাড়াই)।রেফারেন্স জিনোমের বিপরীতে পূর্ণ-দৈর্ঘ্যের ক্রম ম্যাপ করার মাধ্যমে, ট্রান্সক্রিপ্টগুলি পরিচিত জিন, ট্রান্সক্রিপ্ট, কোডিং অঞ্চল ইত্যাদি দ্বারা অপ্টিমাইজ করা যেতে পারে। এই ক্ষেত্রে, এমআরএনএ কাঠামোর আরও সঠিক সনাক্তকরণ, যেমন বিকল্প স্প্লিসিং ইত্যাদি অর্জন করা যেতে পারে।এনজিএস ট্রান্সক্রিপ্টোম সিকোয়েন্সিং ডেটার সাথে যৌথ বিশ্লেষণ ট্রান্সক্রিপ্ট স্তরে অভিব্যক্তিতে আরও বিস্তৃত টীকা এবং আরও সঠিক পরিমাণ নির্ধারণ করতে সক্ষম করে, যা মূলত ডাউনস্ট্রিম ডিফারেনশিয়াল এক্সপ্রেশন এবং কার্যকরী বিশ্লেষণকে উপকৃত করে।
-
হ্রাসকৃত প্রতিনিধিত্ব বিসালফাইট সিকোয়েন্সিং (RRBS)
ডিএনএ মেথিলেশন গবেষণা সবসময়ই রোগ গবেষণায় একটি আলোচিত বিষয়, এবং এটি জিনের অভিব্যক্তি এবং ফেনো-টাইপিক বৈশিষ্ট্যের সাথে ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত।আরআরবিএস হল ডিএনএ মেথিলেশন গবেষণার জন্য একটি সঠিক, দক্ষ এবং লাভজনক পদ্ধতি।বিসালফাইট সিকোয়েন্সিংয়ের সাথে মিলিত এনজাইমেটিক ক্লিভেজ (Msp I) দ্বারা প্রবর্তক এবং CpG দ্বীপ অঞ্চলের সমৃদ্ধকরণ, উচ্চ রেজোলিউশন ডিএনএ মিথিলেশন সনাক্তকরণ প্রদান করে।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক প্ল্যাটফর্ম
-
প্রোক্যারিওটিক এমআরএনএ সিকোয়েন্সিং
এমআরএনএ সিকোয়েন্সিং নির্দিষ্ট অবস্থার অধীনে কোষের মধ্যে সমস্ত এমআরএনএ ট্রান্সক্রিপ্টের ব্যাপক প্রোফাইলিংয়ের ক্ষমতা দেয়।এই অত্যাধুনিক প্রযুক্তি একটি শক্তিশালী হাতিয়ার হিসেবে কাজ করে, জটিল জিন এক্সপ্রেশন প্রোফাইল, জিন গঠন এবং বিভিন্ন জৈবিক প্রক্রিয়ার সাথে যুক্ত আণবিক প্রক্রিয়া উন্মোচন করে।মৌলিক গবেষণা, ক্লিনিকাল ডায়াগনস্টিকস এবং ড্রাগ ডেভেলপমেন্টে ব্যাপকভাবে গৃহীত, এমআরএনএ সিকোয়েন্সিং সেলুলার গতিবিদ্যা এবং জেনেটিক নিয়ন্ত্রণের জটিলতার অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে।আমাদের প্রোক্যারিওটিক mRNA নমুনা প্রসেসিং প্রোক্যারিওটিক ট্রান্সক্রিপ্টোমের জন্য তৈরি করা হয়েছে, এতে rRNA হ্রাস এবং নির্দেশমূলক লাইব্রেরি প্রস্তুতি জড়িত।
প্ল্যাটফর্ম: ইলুমিনা নোভাসেক এক্স
