হ্রাসকৃত উপস্থাপনা বাইসালফাইট সিকোয়েন্সিং (RRBS)
রিডিউসড রিপ্রেজেন্টেশন বাইসালফাইট সিকোয়েন্সিং (RRBS) পদ্ধতিতে MspI ক্লিভেজের মাধ্যমে CpG আইল্যান্ড-সমৃদ্ধ অঞ্চলগুলোকে এনরিচ করা হয় এবং এরপর ২০০-৫০০/৬০০ বিপিএস আকারের খণ্ডাংশ নির্বাচন করা হয়। এর ফলে, শুধুমাত্র CpG আইল্যান্ডের নিকটবর্তী অঞ্চলগুলোর সিকোয়েন্সিং করা হয়, এবং দূরবর্তী CpG আইল্যান্ডযুক্ত অঞ্চলগুলো বিশ্লেষণ থেকে বাদ পড়ে যায়। এই প্রক্রিয়াটি, বাইসালফাইট সিকোয়েন্সিংয়ের সাথে মিলিত হয়ে, ডিএনএ মিথাইলেশনের উচ্চ-রেজোলিউশন শনাক্তকরণ সম্ভব করে তোলে, এবং PE150 নামক সিকোয়েন্সিং পদ্ধতিটি ইনসার্টের মাঝখানের পরিবর্তে বিশেষভাবে এর প্রান্তভাগের উপর মনোযোগ দেয়, যা মিথাইলেশন প্রোফাইলিংয়ের কার্যকারিতা বৃদ্ধি করে।
ডিএনএ মিথাইলেশন গবেষণায় হোল জিনোম বাইসালফাইট সিকোয়েন্সিং (WGBS)-এর একটি সাশ্রয়ী ও কার্যকর বিকল্প হিসেবে এই কৌশলটি আবির্ভূত হয়েছে। যদিও WGBS একক বেস রেজোলিউশনে সম্পূর্ণ জিনোম পরীক্ষা করে ব্যাপক অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে, এর উচ্চ ব্যয় একটি সীমাবদ্ধতা হতে পারে, যেখানে RRBS জিনোমের একটি প্রতিনিধিত্বমূলক অংশকে বেছে বেছে বিশ্লেষণ করার মাধ্যমে কৌশলগতভাবে এই প্রতিবন্ধকতাটি প্রশমিত করে। এই পদ্ধতিটি একটি অমূল্য হাতিয়ার যা সাশ্রয়ী ডিএনএ মিথাইলেশন গবেষণাকে সম্ভব করে তোলে এবং এপিজেনেটিক প্রক্রিয়া সম্পর্কে জ্ঞানকে উন্নত করে।
পরিষেবার বৈশিষ্ট্য
● ইলুমিনা নোভা সিক (Illumina NovaSeq)-এ সিকোয়েন্সিং।
● একটি রেফারেন্স জিনোম প্রয়োজন।
● বাইসালফাইট রূপান্তর দক্ষতা নিরীক্ষণের জন্য ল্যাম্বডা ডিএনএ ব্যবহার করা হয়।
● MspI পরিপাকের কার্যকারিতাও পর্যবেক্ষণ করা হয়।
● উদ্ভিদ নমুনার জন্য দ্বৈত এনজাইম পরিপাক।
পরিষেবার সুবিধা
●WGBS-এর সাশ্রয়ী ও কার্যকর বিকল্পএর ফলে কম খরচে এবং কম নমুনার সাহায্যে বিশ্লেষণটি সম্পন্ন করা যায়।
●সম্পূর্ণ প্ল্যাটফর্ম:আমরা নমুনা প্রক্রিয়াকরণ, লাইব্রেরি নির্মাণ, সিকোয়েন্সিং থেকে শুরু করে বায়োইনফরমেটিক্স বিশ্লেষণ পর্যন্ত একযোগে উৎকৃষ্ট পরিষেবা প্রদান করি।
●ব্যাপক দক্ষতাআমরা বিভিন্ন ধরণের প্রজাতির ক্ষেত্রে সাফল্য অর্জন করেছি। BMKGENE নিয়ে এসেছে এক দশকেরও বেশি অভিজ্ঞতা, একটি অত্যন্ত দক্ষ বিশ্লেষণ দল, ব্যাপক বিষয়বস্তু এবং চমৎকার বিক্রয়োত্তর সহায়তা।
পরিষেবার স্পেসিফিকেশন
| লাইব্রেরি | ক্রমবিন্যাস কৌশল | প্রস্তাবিত ডেটা আউটপুট | গুণমান নিয়ন্ত্রণ |
| MspI দ্বারা পরিপাককৃত এবং বাইসালফাইট দ্বারা শোধিত লাইব্রেরি | ইলুমিনা পিই১৫০ | ৮ জিবি | Q30 ≥ 85% বাইসালফাইট রূপান্তর > ৯৯% MspI কাটিং দক্ষতা > ৯৫% |
নমুনা প্রয়োজনীয়তা
| ঘনত্ব (ng/µL) | মোট পরিমাণ (µg) |
| |
| জিনোমিক ডিএনএ | ≥ ৩০ | ≥ ১ | সীমিত অবক্ষয় বা দূষণ |
পরিষেবা কার্যপ্রবাহ
নমুনা সরবরাহ
গ্রন্থাগার নির্মাণ
ক্রমবিন্যাস
ডেটা বিশ্লেষণ
বিক্রয়োত্তর সেবা
বিআই বিশ্লেষণে অন্তর্ভুক্ত রয়েছে:
● র সিকোয়েন্সিং-এর গুণমান নিয়ন্ত্রণ;
● রেফারেন্স জিনোমের সাথে ম্যাপিং;
● 5mC মিথাইলেটেড বেস শনাক্তকরণ এবং মোটিফ সনাক্তকরণ;
● মিথাইলেশন বন্টনের বিশ্লেষণ এবং নমুনা তুলনা;
● ডিফারেনশিয়ালি মিথাইলেটেড রিজিয়ন (ডিএমআর)-এর বিশ্লেষণ;
● ডিএমআর-এর সাথে সম্পর্কিত জিনসমূহের কার্যগত টীকা।
গুণমান নিয়ন্ত্রণ: পরিপাক দক্ষতা (জিনোম ম্যাপিং-এ)
গুণমান নিয়ন্ত্রণ: বাইসালফাইট রূপান্তর (মিথাইলেশন তথ্য নিষ্কাশনে)
মিথিলেশন মানচিত্র: জিনোম জুড়ে 5mC মিথিলেশনের বন্টন
নমুনা তুলনা: প্রধান উপাদান বিশ্লেষণ
ডিফারেনশিয়ালি মিথাইলেটেড রিজিয়নস (ডিএমআর) বিশ্লেষণ: হিটম্যাপ
নির্বাচিত প্রকাশনা সংকলনের মাধ্যমে BMKGene-এর সম্পূর্ণ জিনোম বাইসালফাইট সিকোয়েন্সিং পরিষেবার দ্বারা সাধিত গবেষণার অগ্রগতি সম্পর্কে জানুন।
লি, জেড. এট আল. (২০২২) 'CRISPR সক্রিয়করণ এবং প্যারাক্রাইন ফ্যাক্টর দ্বারা লেডিগ-সদৃশ কোষে উচ্চ-নির্ভরযোগ্য পুনঃপ্রোগ্রামিং',PNAS নেক্সাস, 1(4)। doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179।
তিয়ান, এইচ. প্রমুখ (২০২৩) 'চীনা মনোজাইগোটিক যমজদের শারীরিক গঠনের জিনোম-ব্যাপী ডিএনএ মিথাইলেশন বিশ্লেষণ',ইউরোপীয় জার্নাল অফ ক্লিনিকাল ইনভেস্টিগেশন, 53(11), পৃ. e14055। doi: 10.1111/ECI.14055।
উ, ওয়াই. এট আল. (২০২২) 'ডিএনএ মিথাইলেশন এবং কোমর-থেকে-নিতম্বের অনুপাত: চীনা মনোজাইগোটিক যমজদের উপর একটি এপিজিনোম-ব্যাপী সংযোগ গবেষণা',জার্নাল অফ এন্ডোক্রিনোলজিক্যাল ইনভেস্টিগেশন, 45(12), পৃ. 2365-2376। doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
