স্পেসিফিক-লোকাস অ্যামপ্লিফাইড ফ্র্যাগমেন্ট সিকোয়েন্সিং (SLAF-Seq)
কর্মপ্রবাহ
লাইব্রেরির প্রস্তুতিতে সর্বোত্তম এনজাইম নির্বাচন নিশ্চিত করার জন্য পরিষেবাটিতে সিলিকোতে কিছু প্রাক-নকশা রয়েছে।
কারিগরি পরিকল্পনা
পরিষেবা বৈশিষ্ট্য
● PE150 দিয়ে NovaSeq-এ সিকোয়েন্সিং।
● ডাবল বারকোডিং সহ লাইব্রেরি প্রস্তুতি, যা ১০০০ টিরও বেশি নমুনার পুলিং সক্ষম করে।
● রেফারেন্স জিনোম নির্বিশেষে:
রেফারেন্স জিনোম সহ: SNP এবং InDel আবিষ্কার
রেফারেন্স ছাড়া জিনোম: নমুনা ক্লাস্টারিং এবং SNP আবিষ্কার
● মধ্যেইন-সিলিকোপ্রাক-নকশা পর্যায়ের একাধিক সীমাবদ্ধতা এনজাইম সংমিশ্রণগুলি পরীক্ষা করা হয় যাতে জিনোম বরাবর SLAF ট্যাগের একটি অভিন্ন বন্টন তৈরি করে এমনগুলি খুঁজে বের করা হয়।
● প্রাক-পরীক্ষার সময়, 9টি SLAF লাইব্রেরি তৈরি করার জন্য 3টি নমুনায় তিনটি এনজাইম সংমিশ্রণ পরীক্ষা করা হয় এবং এই তথ্য প্রকল্পের জন্য সর্বোত্তম সীমাবদ্ধতা এনজাইম সংমিশ্রণ নির্বাচন করতে ব্যবহৃত হয়।
পরিষেবার সুবিধা
●উচ্চ জেনেটিক মার্কার আবিষ্কার: আমরা একটি উচ্চ-থ্রুপুট ডাবল বারকোড সিস্টেম সংহত করি যা বৃহৎ জনসংখ্যার একযোগে ক্রমবিন্যাস এবং লোকাস-নির্দিষ্ট পরিবর্ধন দক্ষতা বৃদ্ধির অনুমতি দেয়, নিশ্চিত করে যে ট্যাগ নম্বরগুলি বিভিন্ন গবেষণা প্রশ্নের বিভিন্ন প্রয়োজনীয়তা পূরণ করে।
● জিনোমের উপর কম নির্ভরতা: এটি রেফারেন্স জিনোম সহ বা ছাড়াই প্রজাতির ক্ষেত্রে প্রয়োগ করা যেতে পারে।
●নমনীয় স্কিম ডিজাইন: একক-এনজাইম, দ্বৈত-এনজাইম, বহু-এনজাইম হজম, এবং বিভিন্ন ধরণের এনজাইম বিভিন্ন গবেষণা লক্ষ্য বা প্রজাতির জন্য নির্বাচন করা যেতে পারে।
● এনজাইমেটিক হজমে উচ্চ দক্ষতা: একটির পরিবাহিতাইন-সিলিকোপ্রাক-নকশা এবং একটি প্রাক-পরীক্ষা ক্রোমোজোমে SLAF ট্যাগের সমান বন্টন (1 SLAF ট্যাগ/4Kb) এবং হ্রাসকৃত পুনরাবৃত্তিমূলক ক্রম (<5%) সহ সর্বোত্তম নকশা নিশ্চিত করে।
●বিস্তৃত দক্ষতা: আমরা প্রতিটি প্রকল্পে প্রচুর অভিজ্ঞতা নিয়ে আসি, উদ্ভিদ, স্তন্যপায়ী প্রাণী, পাখি, পোকামাকড় এবং জলজ জীব সহ শত শত প্রজাতির উপর ৫০০০ টিরও বেশি SLAF-Seq প্রকল্প সম্পন্ন করার রেকর্ড রয়েছে।
● স্ব-উন্নত জৈব তথ্যমূলক কর্মপ্রবাহ: চূড়ান্ত আউটপুটের নির্ভরযোগ্যতা এবং নির্ভুলতা নিশ্চিত করার জন্য আমরা SLAF-Seq-এর জন্য একটি সমন্বিত জৈব তথ্যমূলক কর্মপ্রবাহ তৈরি করেছি।
পরিষেবার স্পেসিফিকেশন
| বিশ্লেষণের ধরণ | প্রস্তাবিত জনসংখ্যা স্কেল | সিকোয়েন্সিং কৌশল | |
| ট্যাগ সিকোয়েন্সিংয়ের গভীরতা | ট্যাগ নম্বর | ||
| জেনেটিক মানচিত্র | ২ জন পিতামাতা এবং ১৫০ জনেরও বেশি সন্তান | অভিভাবক: ২০x WGS অফস্পিং: ১০x | জিনোমের আকার: <400 Mb: WGS সুপারিশ করা হয় <1Gb: ১০০,০০০ ট্যাগ ১-২ জিবি:: ২০০ হাজার ট্যাগ >২ জিবি: ৩০০ হাজার ট্যাগ সর্বোচ্চ ৫০০,০০০ ট্যাগ |
| জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিজ (GWAS) | ≥200 নমুনা | ১০x এর বিবরণ | |
| জেনেটিক বিবর্তন | ≥৩০ টি নমুনা, প্রতিটি উপগোষ্ঠী থেকে ১০ টি নমুনার বেশি | ১০x এর বিবরণ | |
পরিষেবার প্রয়োজনীয়তা
ঘনত্ব ≥ ৫ এনজি/µলিটার
মোট পরিমাণ ≥ ৮০ এনজি
ন্যানোড্রপ OD260/280=1.6-2.5
অ্যাগারোজ জেল: কোনও অবক্ষয় বা দূষণ নেই বা সীমিত
প্রস্তাবিত নমুনা বিতরণ
ধারক: 2 মিলি সেন্ট্রিফিউজ টিউব
(বেশিরভাগ নমুনার ক্ষেত্রে, আমরা ইথানলে সংরক্ষণ না করার পরামর্শ দিই)
নমুনা লেবেলিং: নমুনাগুলি স্পষ্টভাবে লেবেলযুক্ত এবং জমা দেওয়া নমুনা তথ্য ফর্মের সাথে অভিন্ন হতে হবে।
চালান: শুকনো বরফ: নমুনাগুলি প্রথমে ব্যাগে প্যাক করতে হবে এবং শুকনো বরফে পুঁতে ফেলতে হবে।
পরিষেবা কর্মপ্রবাহ
নমুনা QC
পাইলট পরীক্ষা
SLAF-পরীক্ষা
লাইব্রেরি প্রস্তুতি
সিকোয়েন্সিং
তথ্য বিশ্লেষণ
বিক্রয়োত্তর সেবা
আমাদের জৈব তথ্যগত বিশ্লেষণে রয়েছে:
এন-রিচ রিড, অ্যাডাপ্টার রিড বা নিম্নমানের রিড অপসারণের জন্য ডেটা QC এবং ডেটা ট্রিমিং।
বেস ডিস্ট্রিবিউশন, সিকোয়েন্স কোয়ালিটি এবং ডেটা অ্যাসেসমেন্ট পরীক্ষা করার জন্য ক্লিন রিডের দ্বিতীয় মান নিয়ন্ত্রণ, পাশাপাশি হজমের দক্ষতা এবং প্রাপ্ত ইনসার্টগুলিও পরীক্ষা করা হয়।
একবার রিড চেক করা হয়ে গেলে, দুটি বিকল্প থাকে:
- রেফারেন্স জিনোমের সাথে ম্যাপিং
- রেফারেন্স জিনোম ছাড়া: ক্লাস্টারিং
এর পরে, SLAF ট্যাগগুলির বিশ্লেষণ মার্কার আবিষ্কারে সহায়তা করার জন্য কিছু বৈকল্পিক কলিং করতে ব্যবহৃত হয়: SNP, InDel, SNV, CV কলিং এবং অ্যানোটেশন
ক্রোমোজোমে SLAF ট্যাগের বন্টন:
ক্রোমোজোমে SNP-এর বন্টন:
SNP টীকা
জিয়াং এস, লি এস, লুও জে, ওয়াং এক্স এবং শি সি (২০২৩) ফল পাকার সময় চিনির পরিমাণের QTL ম্যাপিং এবং ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণপাইরাস পাইরিফোলিয়া.সামনের দিকে। উদ্ভিদ বিজ্ঞান।14:1137104। doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
লি, জে., ঝাং, ওয়াই., মা, আর., হুয়াং, ডব্লিউ., হাউ, জে., ফ্যাং, সি., এবং সান, এল. (২০২২)। st1 সনাক্তকরণ সয়াবিন গৃহপালনের সময় বীজের আকারবিদ্যা এবং তেলের পরিমাণের হিচহাইকিং জড়িত একটি নির্বাচন প্রকাশ করে।উদ্ভিদ জৈবপ্রযুক্তি জার্নাল, ২০(৬), ১১১০-১১২১। https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.ইত্যাদি।সাধারণ কার্পের জিনোম ক্রম এবং জিনগত বৈচিত্র্য,সাইপ্রিনাস কার্পিও.ন্যাট জেনেট 46, ১২১২–১২১৯ (২০১৪)। https://doi.org/10.1038/ng.3098
ঝুয়াং, ডব্লিউ, চেন, এইচ., ইয়াং, এম।ইত্যাদি।চাষ করা চিনাবাদামের জিনোম শিমের ক্যারিওটাইপ, পলিপ্লয়েড বিবর্তন এবং ফসলের গৃহপালনের অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে।ন্যাট জেনেট 51, ৮৬৫–৮৭৬ (২০১৯)। https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| বছর | জার্নাল | IF | শিরোনাম | অ্যাপ্লিকেশন |
| ২০২২ | প্রকৃতি যোগাযোগ | ১৭.৬৯৪ | গাছের পিওনির গিগা-ক্রোমোজোম এবং গিগা-জিনোমের জিনোমিক ভিত্তি পাওনিয়া অস্টি | SLAF-GWAS সম্পর্কে |
| ২০১৫ | নতুন ফাইটোলজিস্ট | ৭.৪৩৩ | গৃহপালিত পদচিহ্ন কৃষিক্ষেত্রে গুরুত্বপূর্ণ জিনোমিক অঞ্চলগুলিকে নোঙ্গর করে সয়াবিন | SLAF-GWAS সম্পর্কে |
| ২০২২ | জার্নাল অফ অ্যাডভান্সড রিসার্চ | ১২.৮২২ | জি. হিরসুটামে গসিপিয়াম বার্বাডেন্সের জিনোম-ওয়াইড কৃত্রিম অনুপ্রবেশ তুলার আঁশের গুণমান এবং ফলনের একযোগে উন্নতির জন্য উচ্চতর স্থান প্রকাশ করুন বৈশিষ্ট্য | SLAF-বিবর্তনীয় জেনেটিক্স |
| ২০১৯ | আণবিক উদ্ভিদ | ১০.৮১ | জনসংখ্যার জিনোমিক বিশ্লেষণ এবং ডি নোভো অ্যাসেম্বলি আগাছার উৎপত্তি প্রকাশ করে একটি বিবর্তনীয় খেলা হিসেবে ভাত | SLAF-বিবর্তনীয় জেনেটিক্স |
| ২০১৯ | প্রকৃতি জেনেটিক্স | ৩১.৬১৬ | সাধারণ কার্প, সাইপ্রিনাস কার্পিওর জিনোম ক্রম এবং জিনগত বৈচিত্র্য | SLAF-লিংকেজ মানচিত্র |
| ২০১৪ | প্রকৃতি জেনেটিক্স | ২৫.৪৫৫ | চাষ করা চিনাবাদামের জিনোম লেগুম ক্যারিওটাইপ, পলিপ্লয়েড সম্পর্কে অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে বিবর্তন এবং ফসল গৃহপালন। | SLAF-লিংকেজ মানচিত্র |
| ২০২২ | উদ্ভিদ জৈবপ্রযুক্তি জার্নাল | ৯.৮০৩ | ST1 সনাক্তকরণ বীজের আকারবিদ্যার হিচহাইকিং জড়িত একটি নির্বাচন প্রকাশ করে এবং সয়াবিন গৃহপালনের সময় তেলের পরিমাণ | SLAF-মার্কার ডেভেলপমেন্ট |
| ২০২২ | আন্তর্জাতিক মলিকুলার সায়েন্সেস জার্নাল | ৬.২০৮ | গম-লেমাস মোলিস 2Ns (2D) এর সনাক্তকরণ এবং ডিএনএ মার্কার উন্নয়ন ডিসোমিক ক্রোমোজোম প্রতিস্থাপন | SLAF-মার্কার ডেভেলপমেন্ট |
| বছর | জার্নাল | IF | শিরোনাম | অ্যাপ্লিকেশন |
| ২০২৩ | উদ্ভিদ বিজ্ঞানের সীমানা | ৬.৭৩৫ | পাইরাস পাইরিফোলিয়ার ফল পাকার সময় চিনির পরিমাণের QTL ম্যাপিং এবং ট্রান্সক্রিপ্টোম বিশ্লেষণ | জেনেটিক মানচিত্র |
| ২০২২ | উদ্ভিদ জৈবপ্রযুক্তি জার্নাল | ৮.১৫৪ | ST1 সনাক্তকরণ সয়াবিন গৃহপালনের সময় বীজের আকারবিদ্যা এবং তেলের পরিমাণের হিচহাইকিং সম্পর্কিত একটি নির্বাচন প্রকাশ করে
| এসএনপি কলিং |
| ২০২২ | উদ্ভিদ বিজ্ঞানের সীমানা | ৬.৬২৩ | খরা পরিবেশে হাললেস বেয়ারলি ফেনোটাইপের জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন ম্যাপিং।
| জিডব্লিউএএস |
