16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Prednosti usluge
● Brza identifikacija mikrobnog sastava u uzorcima životne sredine bez izolacije
● Visoka rezolucija u komponentama sa malom količinom u uzorcima životne sredine
● Najnoviji QIIME2 tok analize sa različitim analizama u smislu baze podataka, napomena, OTU/ASV.
● Visoka propusnost, veća preciznost
● Primjenjivo na različite studije mikrobne zajednice
● BMK posjeduje veliko iskustvo sa preko 100.000 uzoraka godišnje, pokrivajući tlo, vodu, gas, mulj, izmet, crijeva, kožu, fermentacijsku juhu, insekte, biljke, itd.
● BMKCloud olakšava tumačenje podataka koji sadrži 45 personalizovanih alata za analizu
Specifikacije usluge
| SekvenciranjePlatforma | Biblioteka | Preporučeni prinos podataka | Procijenjeno vrijeme obrade |
| Illumina NovaSeq platforma | PE250 | 50K/100K/300K oznake | 30 dana |
Bioinformatičke analize
● Kontrola kvaliteta sirovih podataka
● OTU grupisanje/uklanjanje buke (ASV)
● OTU napomena
● Alfa raznolikost
● Beta raznolikost
● Međugrupna analiza
● Analiza povezanosti sa eksperimentalnim faktorima
● Predviđanje funkcije gena
Zahtjevi za uzorke i dostava
Uzorci zahtjeva:
ZaDNK ekstrakti:
| Tip uzorka | Iznos | Koncentracija | Čistoća |
| DNK ekstrakti | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za uzorke životne sredine:
| Tip uzorka | Preporučeni postupak uzorkovanja |
| Zemlja | Količina uzorkovanja: cca.5 g;Preostalu osušenu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i proći kroz filter od 2 mm;Alikvotni uzorci u sterilnoj EP-epruveti ili cirotubi za rezervaciju. |
| Feces | Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotne uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju. |
| Crijevni sadržaj | Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uslovima.Oprati prikupljeno tkivo sa PBS;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete. |
| Mulj | Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotni uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju |
| Vodeno tijelo | Za uzorak sa ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara, itd., Sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filter od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobi na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti. |
| Skin | Pažljivo ostružite površinu kože sterilnim pamučnim štapićem ili hirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu. |
Preporučena dostava uzorka
Zamrznite uzorke u tečnom azotu na 3-4 sata i čuvajte u tečnom azotu ili -80 stepeni na dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.
Tok rada usluge
Isporuka uzorka
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1. Distribucija vrsta
2. Toplotna karta: Grupiranje bogatstva vrsta
3. Rijetka frakcija krivulje
4.NMDS analiza
5.Lefse analiza
BMK Case
Pretile osobe sa i bez dijabetesa tipa 2 pokazuju različite funkcionalne kapacitete i sastav crijevnih mikroba
Objavljeno:Cell Host & Microbe, 2019
Strategija sekvenciranja:
Mršavi nedijabetes (n=633);gojazni nedijabetes (n=494);Debeli dijabetes tipa 2 (n=153);
Ciljna regija: 16S rDNA V1-V2
Platforma: Illumina Miseq (sekvenciranje amplikona zasnovano na NGS)
Podskup DNK ekstrakata je podvrgnut metagenomskom sekvenciranju na Illumina Hiseq
Ključni rezultati
Mikrobni profili ovih metaboličkih bolesti su uspješno diferencirani.
Poređenjem mikrobnih karakteristika generisanih sekvenciranjem 16S, utvrđeno je da je gojaznost povezana sa promenama u mikrobnom sastavu, individualnim karakteristikama, posebno značajno smanjenjem Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, itd. Pored toga, T2D je pronađen povezan sa povećanjem Escherichia/shigella .
Referenca
Thingholm, LB, et al.“Gojazni pojedinci sa i bez dijabetesa tipa 2 pokazuju različite funkcionalne kapacitete i sastav crijevnih mikroba.”Cell Host & Microbe26.2 (2019).
