BMKCloud Log in
条形banner-03

Proizvodi

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Podjedinica na 16S i 18S rRNA koja sadrži i visoko konzervirane i hipervarijabilne regije je savršen molekularni otisak prsta za identifikaciju prokariotskih i eukariotskih organizama.Koristeći prednosti sekvenciranja, ovi amplikoni mogu biti ciljani na osnovu očuvanih dijelova, a hiper-varijabilne regije mogu se u potpunosti okarakterizirati za identifikaciju mikroba, što doprinosi studijama koje pokrivaju analizu mikrobne raznolikosti, taksonomiju, filogeniju, itd. Pojedinačna molekula u realnom vremenu (SMRT ) sekvencioniranje PacBio platforme omogućava dobijanje visoko preciznih dugih očitavanja, koja bi mogla pokriti amplikone pune dužine (cca. 1,5 Kb).Širi pogled na genetsko polje uvelike je poboljšao rezoluciju u označavanju vrsta u zajednici bakterija ili gljiva.

Platforma:PacBio nastavak II


Detalji usluge

Demo Results

Studija slučaja

Prednosti usluge

1

● Dugo čitanje otkriva sekvencu pune dužine 16S/18S/ITS

● Veoma precizno pozivanje baze sa PacBio CCS režimom sekvenciranja

● Rezolucija na nivou vrste u OTU/ASV napomeni

● Najnoviji QIIME2 tok analize sa različitim analizama u smislu baze podataka, napomena, OTU/ASV.

● Primjenjivo na različite studije mikrobne zajednice

● BMK posjeduje veliko iskustvo sa preko 100.000 uzoraka godišnje, pokrivajući tlo, vodu, gas, mulj, izmet, crijeva, kožu, fermentacijsku juhu, insekte, biljke, itd.

● BMKCloud olakšava tumačenje podataka koji sadrži 45 personalizovanih alata za analizu

Specifikacije usluge

SekvenciranjePlatforma

Biblioteka

Preporučeni podaci

Turnaround Time

PacBio nastavak II

SMRT-zvono

5K/10K/20K oznake

44 radnih dana

Bioinformatičke analize

● Kontrola kvaliteta sirovih podataka

● OTU grupisanje/uklanjanje buke (ASV)

● OTU napomena

● Alfa raznolikost

● Beta raznolikost

● Međugrupna analiza

● Analiza povezanosti sa eksperimentalnim faktorima

● Predviđanje funkcije gena

16sPacbio

Zahtjevi za uzorke i dostava

Uzorci zahtjeva:

ZaDNK ekstrakti:

Tip uzorka

Iznos

Koncentracija

Čistoća

DNK ekstrakti

> 1 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Za uzorke životne sredine:

Tip uzorka

Preporučeni postupak uzorkovanja

Zemlja

Količina uzorkovanja: cca.5 g;Preostalu osušenu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i proći kroz filter od 2 mm;Alikvotni uzorci u sterilnoj EP-epruveti ili cirotubi za rezervaciju.

Feces

Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotne uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju.

Crijevni sadržaj

Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uslovima.Oprati prikupljeno tkivo sa PBS;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete.

Mulj

Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotni uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju

Vodeno tijelo

Za uzorak sa ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara, itd., Sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filter od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobi na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti.

Skin

Pažljivo ostružite površinu kože sterilnim pamučnim štapićem ili hirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu.

Preporučena dostava uzorka

Zamrznite uzorke u tečnom azotu na 3-4 sata i čuvajte u tečnom azotu ili -80 stepeni na dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.

Tok rada usluge

dostava uzorka

Isporuka uzorka

Library Preparation

Izgradnja biblioteke

Sekvenciranje

Sekvenciranje

Analiza podataka

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Usluge nakon prodaje


  • Prethodno:
  • Sljedeći:

  • 1. Stopa anotacije profiliranja mikrobne zajednice zasnovane na V3+V4(Illumina) u odnosu na profiliranje zasnovano na punoj dužini (PacBio).
    (Za statistiku su aplicirani podaci od 30 nasumično odabranih projekata)

    3

    2. Stopa anotacije sekvenciranja amplikona pune dužine na nivou vrste u različitim tipovima uzoraka

    4

    3. Distribucija vrsta

    5
    4. Filogenetsko stablo

    6

    BMK Case

    Izloženost arsenu izaziva oštećenje crijevne barijere i posljedičnu aktivaciju osovine crijevo-jetra što dovodi do upale i piroptoze jetre kod pataka

    Objavljeno:Nauka o totalnom okruženju,2021

    Strategija sekvenciranja:

    Uzorci: Kontrola naspram 8 mg/kg izložene ATO grupe
    Prinos podataka sekvenciranja: ukupno 102,583 sirovih CCS sekvenci
    Kontrola: 54,518 ± 747 efektivnih CCS
    Izloženo ATO: 45,050 ± 1675 efektivnih CCS

    Ključni rezultati

    Alfa raznolikost:Izloženost ATO značajno je izmijenila bogatstvo crijevnih mikroba i raznolikost u pataka.

    Analiza metastata:
    Na nivou tipa: 2 bakterijska fila otkrivena samo u kontrolnim grupama
    Na nivou roda: pronađeno je 6 rodova značajno različitih u relativnoj brojnosti
    Na nivou vrsta: identificirano je ukupno 36 vrsta, od kojih se 6 značajno razlikuju u relativnoj brojnosti

    Referenca

    Thingholm, LB, et al.“Gojazni pojedinci sa i bez dijabetesa tipa 2 pokazuju različite funkcionalne kapacitete i sastav crijevnih mikroba.”Cell Host & Microbe26.2 (2019).

    dobiti citat

    Napišite svoju poruku ovdje i pošaljite nam je

    Pošaljite nam svoju poruku: