BMKMANU S1000 prostorni transkript
Tehnička šema prostornog transkriptoma BMKMANU S1000
Prednosti BMKMANU S1000
1) Subćelijska rezolucija: Svaka oblast hvatanja sadržavala je >2 miliona prostornih barkodiranih tačaka prečnika 2,5 µm i razmaka od 5 µm između centara tačaka, omogućavajući analizu prostornog transkriptoma sa subćelijskom rezolucijom (5 µm).
2) Analiza rezolucije na više nivoa: Fleksibilna analiza na više nivoa u rasponu od 100 μm do 5 μm za razrješenje različitih karakteristika tkiva pri optimalnoj rezoluciji.
3) Sveobuhvatno profiliranje transkriptoma: transkripti snimljeni sa cijelog stakalca tkiva mogu se analizirati, bez ograničenja na broj ciljnih gena i ciljno područje.
Specifikacije usluge
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Preporuča se izlaz podataka |
| S1000 cDNK biblioteka | BMKMANU S1000-Illumina PE150 | 60Gb/uzorak |
Zahtjevi za uzorke
| Uzorak | Broj | Veličina | RNA kvaliteta |
| OCT ugrađeni blok tkiva | 2-3 bloka/uzorak | Pribl.6,8x6,8x6,8 mm3 | RIN≥7 |
Za više detalja o smjernicama za pripremu uzoraka i toku rada usluge, slobodno razgovarajte sa aBMKGENE ekspert
Tok rada usluge
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Pre-eksperiment
Prostorno barkodiranje
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Podaci koje generiše BMKMANU S1000 analiziraju se pomoću softvera “BSTMatrix”, koji je nezavisno dizajnirao BMKGENE, uključujući:
1) Generacija matrice genske ekspresije
2) HE obrada slike
3) Kompatibilan sa softverom treće strane za analizu
4) Online “BSTViewer” pomaže da se dobiju rezultati vizualizacije u različitim rezolucijama.
1. Spot klastering
2.Prostorna distribucija
Note: Rezolucijanivo=13 (100 µm, lijevo); 7 (50 µm, desno)
3. Toplotna mapa obilja izraza markera
4. Analiza podataka među uzorcima
