Bulked Segregant analiza
Prednosti usluge
Takagi et al., The plant journal, 2013
● Tačna lokalizacija: mešanje grupa sa 30+30 do 200+200 pojedinaca kako bi se minimizirala pozadinska buka;predviđanje regiona kandidata na osnovu nesinonimnih mutanata.
● Sveobuhvatna analiza: detaljna anotacija o funkciji kandidata gena, uključujući NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, itd.
● Brže vrijeme obrade: Brza lokalizacija gena u roku od 45 radnih dana.
● Veliko iskustvo: BMK je doprinio u hiljadama lokalizacije osobina, pokrivajući različite vrste kao što su usjevi, vodeni proizvodi, šuma, cvijeće, voće, itd.
Specifikacije usluge
Stanovništvo:
Odvajanje potomstva roditelja sa suprotnim fenotipovima.
npr. F2 potomstvo, Backcrossing (BC), Rekombinantna inbred linija (RIL)
Bazen za miješanje
Za kvalitativne osobine: 30 do 50 jedinki (minimalno 20)/grupi
Za kvantitativne karakteristike: prvih 5% do 10% pojedinaca sa bilo kojim ekstremnim fenotipovima u cijeloj populaciji (minimalno 30+30).
Preporučena dubina sekvenciranja
Najmanje 20X/roditelj i 1X/potomak pojedinac (npr. za mješovitu grupu potomaka od 30+30 pojedinaca, dubina sekvenciranja će biti 30X po grupi)
Bioinformatičke analize
● Ponovno sekvenciranje cijelog genoma
● Obrada podataka
● SNP/Indel pozivanje
● Skrining regiona kandidata
● Napomena o funkciji gena kandidata
Zahtjevi za uzorke i dostava
Uzorci zahtjeva:
nukleotidi:
| gDNK uzorak | Uzorak tkiva |
| Koncentracija: ≥30 ng/μl | Biljke: 1-2 g |
| Količina: ≥2 μg (Zapremina ≥15 μl) | Životinje: 0,5-1 g |
| Čistoća: OD260/280= 1,6-2,5 | Puna krv: 1,5 ml |
Tok rada usluge
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1. Baza analize asocijacije na Euklidskoj udaljenosti (ED) za identifikaciju regiona kandidata.Na sljedećoj slici
X-osa: broj hromozoma;Svaka tačka predstavlja ED vrijednost SNP-a.Crna linija odgovara ugrađenoj ED vrijednosti.Viša ED vrijednost ukazuje na značajniju povezanost između mjesta i fenotipa.Crvena isprekidana linija predstavlja prag značajne asocijacije.
2. Analiza asocijacija bez SNP indeksa
X-osa: broj hromozoma;Svaka tačka predstavlja vrijednost SNP indeksa.Crna linija označava ugrađenu vrijednost SNP-indeksa.Što je vrijednost veća, to je asocijacija značajnija.
BMK Case
Lokus kvantitativne osobine glavnog efekta Fnl7.1 kodira bogat protein kasne embriogeneze povezan s dužinom vrata ploda u krastavcu
Objavljeno: Plant Biotechnology Journal, 2020
Strategija sekvenciranja:
Roditelji (Jin5-508, YN): Ponovno sekvenciranje cijelog genoma za 34× i 20×.
Grupe DNK (50 dugovratih i 50 kratkovratih): Ponovno sekvenciranje za 61× i 52×
Ključni rezultati
U ovoj studiji, segregirajuća populacija (F2 i F2:3) generirana je ukrštanjem linije krastavaca dugog vrata Jin5-508 i kratkog vrata YN.Dva DNK bazena je konstruisalo 50 ekstremno dugovratih pojedinaca i 50 ekstremno kratkovratih pojedinaca.QTL sa glavnim efektom identifikovan je na Chr07 BSA analizom i tradicionalnim QTL mapiranjem.Područje kandidata dodatno je suženo finim mapiranjem, kvantifikacijom genske ekspresije i transgenim eksperimentima, koji su otkrili ključni gen u kontroli dužine vrata, CsFnl7.1.Pored toga, pronađeno je da je polimorfizam u promotorskoj regiji CsFnl7.1 povezan sa odgovarajućom ekspresijom.Dalja filogenetska analiza sugerira da je Fnl7.1 lokus vrlo vjerovatno porijeklom iz Indije.
 QTL-mapiranje u BSA analizi za identifikaciju regiona kandidata povezanog sa dužinom vrata krastavca |  LOD profili QTL dužine vrata krastavca identificirani na Chr07 |
Xu, X., et al.“Lokus kvantitativne osobine glavnog efekta Fnl7.1 kodira kasnu embriogenezu bogat protein povezan s dužinom vrata ploda u krastavcu.”Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
