circRNA sekvenciranje-Illumina
Karakteristike
● Deplecija rRNA praćena usmjerenom pripremom biblioteke, omogućavajući sekvencioniranje podataka koji su specifični za lanac.
● Bioinformatički tok rada omogućava predviđanje circRNA i kvantifikaciju ekspresije
Prednosti usluge
●Sveobuhvatnije RNA biblioteke:koristimo iscrpljivanje rRNA umjesto linearnog iscrpljivanja RNA u našoj predbibliotečkoj pripremi, osiguravajući da podaci o sekvenciranju uključuju ne samo circRNA već i mRNA i lncRNA, omogućavajući zajedničku analizu ovih skupova podataka
●Opciona analiza kompetitivnih endogenih RNA (ceRNA) mreža: pruža dublji uvid u ćelijske regulatorne mehanizme
●Extensive Expertise: sa evidencijom obrade preko 20.000 uzoraka u BMK-u, obuhvatajući različite tipove uzoraka i lncRNA projekte, naš tim donosi bogato iskustvo u svaki projekat.
●Rigorozna kontrola kvaliteta: implementiramo ključne kontrolne tačke u svim fazama, od pripreme uzoraka i biblioteke do sekvenciranja i bioinformatike.Ovaj pedantan nadzor osigurava isporuku konzistentno visokokvalitetnih rezultata.
● Podrška nakon prodaje: Naša posvećenost se proteže i dalje od završetka projekta uz period od 3 mjeseca nakon prodaje.Za to vrijeme nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja u vezi s rezultatima.
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Biblioteka | Platforma | Preporučeni podaci | Podaci QC |
| Poly A obogaćen | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Uzorci zahtjeva:
nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteina ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥6,5; Za životinje: RIN≥7,0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ograničeno ili nikakvo podizanje osnovne linije |
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
● Životinja:
Srce ili crijeva: 450 mg
Viscera ili mozak: 240 mg
Mišići: 600 mg
Kosti, kosa ili koža: 1,5 g
● Artropodi:
Insekti: 9g
Rakovi: 450 mg
● Puna krv:2 cijevi
● Ćelije: 106 ćelije
● Serum i plazma: 6 mL
Preporučena dostava uzorka
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa+replikacija npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
pošiljka:
1. Suhi led: Uzorci se moraju spakovati u vreće i zakopati u suvi led.
2. RNK stabilne epruvete: Uzorci RNK se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.
Tok rada usluge
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Bioinformatika
predviđanje circRNA: hromozomska distribucija
Diferencijalno izražene circRNAs – Vulkanski dijagram
Diferencijalno izražene circRNA – hijerarhijsko grupiranje
Funkcionalno obogaćivanje gena domaćina circRNA
Istražite napredak u istraživanju koji omogućava BMKGene-ove usluge sekvenciranja circRNA kroz odabranu kolekciju publikacija.
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 reguliše formiranje circRNA i utišavanje gena posredovano mikroRNA u hepatocelularnom karcinomu', Oncogene 2021 40:25, 40(25), str. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'Transkriptom koji reagira na X oo otkriva ulogu kružne RNA133 u otpornosti na bolesti regulacijom ekspresije OsARAB-a u pirinču', Phytopathology Research, 5(1), str. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 modulira ravnotežu kružnih i linearnih transkripata u hepatocelularnom karcinomu'.doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) 'Sveobuhvatna procjena circRNA u cirotičnoj kardiomiopatiji prije i poslije transplantacije jetre', International Immunopharmacology, 114, str.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
