Prijava u BMKCloud

Proizvodi

Sekvenciranje DNK/RNK – Nanopore Sequencer

ONT sekvenciranje je tehnologija sekvenciranja električnih signala pojedinačnih molekula u realnom vremenu zasnovana na nanoporama. Princip sekvenciranja svake platforme je isti. Dvolančana DNK/RNK će se vezati za nanoporozni protein ugrađen u biofilm i odmotati pod utjecajem motornog proteina. Pod djelovanjem razlike napona sa obje strane biofilma, lanci DNK/RNK prolaze kroz kanal proteina nanopore određenom brzinom. Zbog razlika u hemijskim svojstvima različitih baza na lancu DNK/RNK, kada jedna baza ili molekul DNK prođe kroz kanal nanopore, to će uzrokovati promjenu različitih električnih signala. Detekcijom i usklađivanjem ovih signala, mogu se izračunati odgovarajući tipovi baza i izvršiti detekcija sekvence u realnom vremenu.

Kontaktirajte nas

Detalji usluge

Rezultat demo verzije

Detalji usluge Karakteristike

Platforma	Veličina biblioteke	Teorijski prinos podataka (po ćeliji)	Tačnost jedne baze	Aplikacije
Nanopore	8Kb, 10kb, 20kb, Ultraduga, cDNA-PCR	70-90 Gb/ćelija	85-92%	SV pozivanje, De novo, Sekvenciranje pune dužine, Iso-Seq, Anotacija gena, Detekcija metilacije DNK

Prednosti usluge

● Preko 5 godina iskustva na PacBio platformi za sekvenciranje sa hiljadama završenih projekata sa različitim vrstama.
● BMKGENE je službeni partner Oxford Nanopore-a, s dvostrukom platformom RNA/DNA certifikacije.
● Postoje uobičajeni modeli sekvencera s kompletnom opremom i dovoljnim protokom sekvenciranja.
● Na osnovu Nanopore platforme, više od 10 Denovo istraživanja o životinjama i biljkama objavljeno je u međunarodno priznatim časopisima.

Zahtjevi za uzorak

Vrsta uzorka

Iznos

Koncentracija (Qubit ®)

Volumen

Čistoća

Drugi

Genomska DNK

Zavisi od zahtjeva za podacima

≥20ng/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,2;

OD260/230 ≥ 1,5;

Jasan vrh na 260 nm, bez kontaminacija

Koncentraciju treba mjeriti pomoću Qubit-a i Qubit/Nanopore ≤ 2

Ukupna RNK

≥1,2 μg

≥100μg/μl

≥15μl

OD260/280=1,7-2,5;

OD260/230=0,5-2,5；bez kontaminacija

Vrijednost RIN-a ≥7,5

Tok rada usluge

Priprema uzorka

Izgradnja biblioteke

Sekvenciranje

Analiza podataka

Isporuka projekta

Prethodno: Illumina gotove biblioteke

Sljedeće: Sekvenciranje amplificiranih fragmenata specifičnog lokusa (SLAF-Seq)

Procjena kvaliteta podataka uzorka DNK

Tabela 1. Statistika o čistim podacima.

BMKID	siroviSekVNum	sirovaSumBase	čistSeqNum	čistaSumBase	čistN50Len	čistaN90Len	čistMeanLen	cleanMaxLen	čistaProsječnaKvalifikacija
DNA_BMK01	1.218.239	26.37	1.121.736	25,90	28.014	15.764	23.090	143.181	9

Procjena kvalitete podataka uzorka RNK

Tabela 1. Statistika o čistim podacima.

Naziv datoteke	ID klijenta	BrojPročitano	Osnovni broj	N50	SrednjaDužina	Maksimalna dužina	ProsječniQ rezultat
RNA_BMK001	C2	8.947.708	4.047.230.083	398	452	129.227	P12