ØS velikim iskustvom: Preko 200.000 uzoraka je obrađeno u BMK-u koji pokrivaju različite tipove uzoraka, uključujući kulturu ćelija, tkivo, tjelesnu tekućinu, itd. i preko 7.000 mRNA-Seq projekata zatvorenih koji pokrivaju različite oblasti istraživanja.
ØStrogi sistem kontrole kvaliteta: ključne tačke kontrole kvaliteta kroz sve korake uključujući pripremu uzoraka, pripremu biblioteke, sekvenciranje i bioinformatiku su pod pomnim nadzorom kako bi se pružili visokokvalitetni rezultati.
ØVišestruke baze podataka dostupne za označavanje funkcija i studije obogaćivanja radi ispunjavanja različitih istraživačkih ciljeva.
ØUsluge nakon prodaje: Usluge nakon prodaje koje vrijede 3 mjeseca po završetku projekta, uključujući praćenje projekta, rješavanje problema, pitanja i odgovore o rezultatima itd.
Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Podaci se preporučuju | Kontrola kvaliteta |
Poly A obogaćen | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
nukleotidi:
Čistoća | Integritet | Iznos |
OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Ograničena ili nikakva kontaminacija proteina ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥6,5;Za životinje: RIN≥7;28S/18S≥1,0;ograničeno ili bez početne visine | Konc.≥30 ng/μl;Zapremina ≥ 10 μl;Ukupno ≥ 1,5 μg |
Tkivo: Težina (suvo):≥1 g
*Za tkivo manje od 5 mg, preporučujemo da pošaljete fleš zamrznut (u tečnom azotu) uzorak tkiva.
ćelijska suspenzija:Broj ćelija = 3×106- 1×107
*Preporučujemo slanje zamrznutog ćelijskog lizata.U slučaju da je ta ćelija manji od 5×105, preporučuje se brzo zamrzavanje u tečnom azotu, što je poželjno za mikro ekstrakciju.
Uzorci krvi:Volumen≥1 ml
mikroorganizam:Masa ≥ 1 g
Kontejner: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: grupa+replikacija npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
pošiljka:
Bioinformatika
Eukariotski tok rada analize sekvenciranja mRNA
Bioinformatika
ØKontrola kvaliteta sirovih podataka
ØReferentno poravnanje genoma
ØAnaliza strukture transkripta
ØKvantifikacija izraza
ØAnaliza diferencijalnog izraza
ØAnotacija i obogaćivanje funkcija
1.Kriva zasićenja podataka mRNA
2.Analiza diferencijalne ekspresije-Vulkanski dijagram
3.KEGG napomena na DEG
4.GO klasifikacija na DEG