Evolucijska genetika
Prednosti usluge
Takagi i dr.,Biljni časopis, 2013.
●Sveobuhvatna bioinformatička analiza:omogućavajući procjenu genetičke raznolikosti, koja odražava evolucijski potencijal vrsta, i otkrivajući pouzdan filogenetski odnos između vrsta uz minimizirani utjecaj konvergentne evolucije i paralelne evolucije
●Opcionalna prilagođena analizakao što je procjena vremena i brzine divergencije na osnovu varijacija na nivou nukleotida i aminokiselina.
●Opsežno stručno znanje i evidencija publikacijaBMKGene je akumulirao ogromno iskustvo u projektima populacijske i evolucijske genetike tokom više od 15 godina, obuhvatajući hiljade vrsta itd., i doprinio je preko 1000 visokorazvijenih projekata objavljenih u časopisima Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal itd.
● Visokokvalificirani bioinformatički tim i kratak ciklus analizeSa velikim iskustvom u naprednoj genomskoj analizi, BMKGeneov tim pruža sveobuhvatne analize sa brzim vremenom obrade.
● Postprodajna podrška:Naša posvećenost se proteže i nakon završetka projekta, uz tromjesečni postprodajni servisni period. Tokom ovog perioda, nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja vezana za rezultate.
Specifikacije i zahtjevi usluge
| Vrsta sekvenciranja | Preporučena skala populacije | Strategija sekvenciranja | Zahtjevi za nukleotide |
| Sekvenciranje cijelog genoma | ≥ 30 pojedinaca, sa ≥ 10 pojedinaca iz svake podgrupe
| 10x | Koncentracija: ≥ 1 ng/µL Ukupna količina ≥ 30ng Ograničena ili nikakva degradacija ili kontaminacija |
| Specifičan lokus amplifikovanog fragmenta (SLAF) | Dubina oznake: 10x Broj oznaka: <400 Mb: Preporučuje se WGS <1 GB: 100 hiljada oznaka 1 GB >2 GB: 300 hiljada oznaka Maksimalno 500 hiljada oznaka | Koncentracija ≥ 5 ng/µL Ukupna količina ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agarozni gel: bez ili ograničena degradacija ili kontaminacija
|
Tok rada servisa
Dizajn eksperimenta
Dostava uzorka
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
Usluga uključuje analizu strukture populacije (filogenetsko stablo, PCA, grafikon stratifikacije populacije), raznolikost populacije i selekciju populacije (neravnoteža povezanosti, selektivni odabir povoljnih lokacija). Usluga može uključivati i prilagođenu analizu (npr. vrijeme divergencije, protok gena).
*Demo rezultati prikazani ovdje su svi iz genoma objavljenih sa BMKGENE-om.
1. Evolucijska analiza sadrži konstrukciju filogenetskog stabla, populacijske strukture i PCA na osnovu genetskih varijacija.
Filogenetsko stablo predstavlja taksonomske i evolucijske odnose među vrstama sa zajedničkim pretkom.
PCA ima za cilj vizualizirati bliskost između podpopulacija.
Struktura populacije pokazuje prisustvo genetski različitih subpopulacija u smislu frekvencija alela.
Chen i dr.,PNAS, 2020
2. Selektivno pometanje
Selektivno pretraživanje odnosi se na proces kojim se odabire povoljna lokacija, a učestalost povezanih neutralnih lokacija se povećava, a učestalost nepovezanih lokacija se smanjuje, što rezultira smanjenjem regionalne zastupljenosti.
Detekcija cijelog genoma na selektivnim regijama pregleda obrađuje se izračunavanjem populacijskog genetičkog indeksa (π, Fst, Tajima's D) svih SNP-ova unutar kliznog prozora (100 Kb) u određenom koraku (10 Kb).
Nukleotidna raznolikost (π)
Tajimina D
Indeks fiksacije (Fst)
Wu i dr.Molekularna fabrika, 2018.
3. Protok gena
Wu i dr.Molekularna fabrika, 2018.
4. Demografska historija
Zhang i dr.,Ekologija i evolucija prirode, 2021
5. Vrijeme divergencije
Zhang i dr.,Ekologija i evolucija prirode, 2021
Istražite napredak koji su omogućile BMKGeneove usluge evolucijske genetike kroz odabranu kolekciju publikacija:
Hassanyar, AK i dr. (2023) 'Otkriće molekularnih markera SNP-a i kandidatskih gena povezanih s otpornošću na virus vrećičastog legla kod larvi Apis cerana cerana resekvenciranjem cijelog genoma',Međunarodni časopis za molekularne nauke, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. i dr. (2022) 'Otkriće divljeg, genetski čistog kineskog divovskog daždevnjaka stvara nove mogućnosti očuvanja',Zoološka istraživanja, 2022, svezak 43, broj 3, stranice: 469-480, 43(3), str. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. i dr. (2022) 'Filogeografski obrazac i historija evolucije populacije autohtone vrste Elymus sibiricus L. na visoravni Qinghai-Tibet',Granice u biljnoj nauci, 13, str. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. i dr. (2022) 'Genomski uvidi u evoluciju longana iz sklopa genoma na nivou hromosoma i populacijske genomike longana',Istraživanje hortikulture, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
