Sekvenciranje mRNA pune dužine - Nanopore
Karakteristike
● Hvatanje poli-A mRNA nakon čega slijedi sinteza cDNA i priprema biblioteke
● Sekvenciranje transkripata pune dužine
● Bioinformatička analiza zasnovana na usklađivanju s referentnim genomom
● Bioinformatička analiza uključuje ne samo ekspresiju na nivou gena i izoformi, već i analizu dugih nekolicinskih RNA, genskih fuzija, poliadenilacije i genske strukture
Prednosti usluge
●Kvantifikacija ekspresije na nivou izoforme: omogućava detaljnu i tačnu analizu ekspresije, otkrivajući promjene koje mogu biti maskirane prilikom analize cijele genske ekspresije
●Smanjeni zahtjevi za podacima:U poređenju sa sekvenciranjem sljedeće generacije (NGS), sekvenciranje nanopora pokazuje niže zahtjeve za podacima, omogućavajući ekvivalentne nivoe zasićenja kvantifikacije genske ekspresije s manjim podacima.
●Veća tačnost kvantifikacije ekspresijei na nivou gena i na nivou izoformi
●Identifikacija dodatnih transkriptomskih informacijaalternativna poliadenilacija, fuzijski geni i lcnRNA i njihovi ciljni geni
●Opsežno stručno znanjeNaš tim donosi bogato iskustvo u svaki projekat, završivši preko 850 projekata transkriptoma pune dužine Nanopore i obradivši preko 8.000 uzoraka.
●Postprodajna podrškaNaša posvećenost se proteže i nakon završetka projekta, uz tromjesečni postprodajni servis. Tokom ovog perioda, nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja vezana za rezultate.
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete |
| Obogaćen poli A | Nanopore PromethION 48 | 6/12 GB | Prosječna ocjena kvalitete: Q10 |
Zahtjevi za uzorak:
Nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK na gelu. | Za biljke: RIN≥7,0; Za životinje: RIN≥7,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva elevacija osnovne linije |
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
● Životinja:
SRCE ili crijeva: 300 mg
Utroba ili mozak: 240 mg
Mišići: 450 mg
Kosti, kosa ili koža: 1 g
● Člankonošci:
Insekti: 6 g
Rakovi: 300 mg
● Puna krv1 tuba
● Ćelije: 106 ćelije
Preporučena dostava uzorka
Kontejner: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (aluminijska folija se ne preporučuje)
Primjer označavanja: Grupiraj + ponovi, npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorke treba pakirati u vreće i zakopati u suhi led.
2. RNAstabilne epruvete: RNA uzorci se mogu sušiti u epruveti za stabilizaciju RNA (npr. RNAstable®) i transportovati na sobnoj temperaturi.
Tok rada servisa
Nukleotidi:
Dostava uzorka
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
Tok rada servisa
Tkivo:
Dizajn eksperimenta
Dostava uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
● Obrada sirovih podataka
● Identifikacija transkripta
● Alternativno spajanje
● Kvantifikacija ekspresije na nivou gena i nivoa izoformi
● Analiza diferencijalne ekspresije
● Anotacija i obogaćivanje funkcija (DEG i DET)
Analiza alternativnog spajanja
Alternativna analiza poliadenilacije (APA)
Predviđanje lncRNA
Anotacija novih gena
Grupiranje DET-ova
Protein-proteinske mreže u diferentno raspoređenim genima (DEG)
Istražite napredak koji omogućavaju BMKGeneove usluge sekvenciranja mRNA pune dužine Nanopore putem odabrane kolekcije publikacija.
Gong, B. i dr. (2023) 'Epigenetska i transkripcijska aktivacija sekretorne kinaze FAM20C kao onkogena u gliomu', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), str. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. i dr. (2023) 'Sekvenciranje transkriptoma pune dužine limfocita koji reagiraju na IFN-γ otkriva Th1-iskrivljeni imunološki odgovor kod iverka (Paralichthys olivaceus)', Imunologija riba i školjki, 134, str. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. i dr. (2023) 'Komparativna analiza metoda sekvenciranja RNK PacBio i ONT za identifikaciju otrova Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), str. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. i dr. (2023) 'Nano-sekvencijska analiza otkriva različite funkcionalne tendencije između egzosoma i mikrovezikula izvedenih iz hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), str. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
