-
De novo sekvenciranje genoma biljaka/životinja
De novosekvenciranje se odnosi na izgradnju cijelog genoma vrste korištenjem tehnologija sekvenciranja, npr. PacBio, Nanopore, NGS, itd., u odsustvu referentnog genoma.Izvanredno poboljšanje dužine čitanja tehnologije sekvenciranja treće generacije donijelo je nove mogućnosti u sklapanju složenih genoma, kao što su oni sa visokom heterozigotnošću, visokim omjerom repetitivnih regija, poliploidima, itd. Sa dužinom čitanja na nivou od desetina kilobaza, ova očitavanja sekvenciranja omogućavaju rešavanje ponavljajućih elemenata, regiona sa abnormalnim sadržajem GC i drugih veoma složenih regiona.
Platforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Sklop genoma zasnovan na Hi-C
Hi-C je metoda dizajnirana da uhvati konfiguraciju hromozoma kombinacijom sondiranja interakcija zasnovanih na blizini i sekvenciranja visoke propusnosti.Vjeruje se da je intenzitet ovih interakcija u negativnoj korelaciji s fizičkom udaljenosti na hromozomima.Stoga bi Hi-C podaci mogli voditi grupisanje, redoslijed i orijentaciju sklopljenih sekvenci u nacrtu genoma i sidrenje tih na određeni broj hromozoma.Ova tehnologija omogućava sklapanje genoma na nivou hromozoma u nedostatku genetske mape zasnovane na populaciji.Svaki pojedinačni genom treba Hi-C.
Platforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evoluciona genetika
Evolucijska genetika je prepuna usluga sekvenciranja dizajnirana za pružanje sveobuhvatnog tumačenja evolucijskih informacija datih materijala na osnovu genetskih varijacija, uključujući SNP, InDels, SV i CNV.Pruža sve fundamentalne analize potrebne za opisivanje evolucijskih promjena i genetskih karakteristika populacija, kao što su struktura populacije, genetski diverzitet, filogenski odnosi, itd. Takođe sadrži studije o protoku gena, koje omogućavaju procjenu efektivne veličine populacije, vremena divergencije.
-
Comparative Genomics
Komparativna genomika doslovno znači poređenje kompletnih sekvenci i struktura genoma različitih vrsta.Ova disciplina ima za cilj otkrivanje evolucije vrsta, funkcije gena, regulatornog mehanizma gena na nivou genoma identifikacijom struktura sekvenci i elemenata koji su se sačuvali ili razlikovali među različitim vrstama.Tipična komparativna genomska studija uključuje analize u porodici gena, evolucionom razvoju, dupliciranju cijelog genoma, selektivnom pritisku itd.
-
Bulked Segregant analiza
Grupna segregantna analiza (BSA) je tehnika koja se koristi za brzu identifikaciju genetskih markera povezanih s fenotipom.Glavni tok rada BSA sadrži odabir dvije grupe pojedinaca s ekstremno suprotnim fenotipovima, udruživanje DNK svih pojedinaca kako bi se formirala dva dijela DNK, identificiranje diferencijalnih sekvenci između dva skupa.Ova tehnika se intenzivno koristi u identifikaciji genetskih markera koji su snažno povezani ciljanim genima u genomima biljaka/životinja.
