Hi-C baziran Genomski sklop
Prednosti usluge
Pregled Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Nauka, 2009)
● Nema potrebe za konstruisanjem genetske populacije za sidrenje kontiga;
● Veća gustina markera dovodi do većeg omjera sidrenja kontiga na iznad 90%;
● Omogućava evaluaciju i ispravke na postojećim sklopovima genoma;
● Kraće vreme obrade sa većom preciznošću u sastavljanju genoma;
● Bogato iskustvo sa preko 1000 Hi-C biblioteka konstruisanih za preko 500 vrsta;
● Preko 100 uspešnih slučajeva sa akumulativnim objavljenim faktorom uticaja od preko 760;
● Hi-C baziran sklop genoma za poliploidni genom, 100% stopa sidrenja je postignuta u prethodnom projektu;
● In-house patenti i autorska prava na softver za Hi-C eksperimente i analizu podataka;
● Samorazvijen softver za podešavanje vizualizovanih podataka, omogućava ručno pomeranje blokova, preokretanje, opozivanje i ponavljanje.
Specifikacije usluge
|
Library Type
|
Platforma | Read Length | Preporučite strategiju |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatičke analize
● Kontrola kvaliteta sirovih podataka
● Hi-C kontrola kvaliteta biblioteke
● Hi-C sklop genoma
● Evaluacija nakon montaže
Zahtjevi za uzorke i dostava
Uzorci zahtjeva:
| Životinja | Gljivice | Biljke
|
| Zamrznuto tkivo: 1-2 g po biblioteci Ćelije: 1x 10^7 ćelija po biblioteci | Zamrznuto tkivo: 1g po biblioteci | Zamrznuto tkivo: 1-2 g po biblioteci
|
| *Preporučujemo da pošaljete najmanje 2 alikvota (po 1 g) za Hi-C eksperiment. | ||
Preporučena dostava uzorka
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Za većinu uzoraka preporučujemo da se ne čuvaju u etanolu.
Označavanje uzoraka: Uzorci moraju biti jasno označeni i identični sa dostavljenim obrascima za informacije o uzorku.
Isporuka: Suhi led: Uzorci se prvo moraju spakovati u vreće i zakopati u suvi led.
Tok rada usluge
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Ekstrakcija DNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
*Ovdje prikazani demo rezultati su svi iz genoma objavljenih uz Biomarker Technologies
1.Hi-C interakcijska toplotna kartaCamptotheca acuminatagenom.Kao što je prikazano na karti, intenzitet interakcija je u negativnoj korelaciji sa linearnom udaljenosti, što ukazuje na visoko precizan sklop na nivou hromozoma.(Omjer sidrenja: 96,03%)
Kang M et al.,Nature Communications, 2021
2.Hi-C je olakšao validaciju inverzija izmeđuGossypium hirsutumL. TM-1 A06 iG. arboreumChr06
Yang Z et al.,Komunikacije u prirodi, 2019
3. Sastavljanje i bialelna diferencijacija genoma kasave SC205.Hi-C toplotna mapa pokazuje jasan rascjep u homolognim hromozomima.
Hu W et al.,Molecular Plant, 2021
4.Hi-C toplotna karta na sklopu genoma dvije vrste Ficusa:F.microcarpa(omjer sidrenja: 99,3%) iF.hispida (omjer sidrenja: 99,7%)
Zhang X et al.,Cell, 2020
BMK Case
Genomi stabla Banyan i ose oprašivača pružaju uvid u koevoluciju smokve i ose
Objavljeno: Cell, 2020
Strategija sekvenciranja:
F. microcarpa genom: pribl.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: pribl.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: pribl.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Ključni rezultati
1. Dva genoma stabla banjana i jedan genom ose oprašivača su konstruisani korišćenjem PacBio sekvenciranja, Hi-C i mape povezivanja.
(1)F. microcarpagenom: Ustanovljen je sklop od 426 Mb (97,7% procijenjene veličine genoma) sa kontigom N50 od 908 Kb, BUSCO rezultatom od 95,6%.Ukupno 423 Mb sekvence su usidrene na 13 hromozoma pomoću Hi-C.Anotacija genoma dala je 29.416 gena koji kodiraju proteine.
(2)F. Hispidagenom: Sklop od 360 Mb (97,3% procijenjene veličine genoma) je bio prinos sa kontigom N50 od 492 Kb i BUSCO rezultatom od 97,4%.Ukupno 359 Mb sekvenci je usidreno na 14 hromozoma pomoću Hi-C i veoma identično mapi veze visoke gustine.
(3)Eupristina verticillatagenom: Ustanovljen je sklop od 387 Mb (procijenjena veličina genoma: 382 Mb) sa kontigom N50 od 3,1 Mb i BUSCO rezultatom od 97,7%.
2. Komparativna genomička analiza otkrila je veliki broj strukturnih varijacija između dvijeFicusgenomi, koji su pružili neprocjenjiv genetski resurs za studije adaptivne evolucije.Ova studija je po prvi put pružila uvid u koevoluciju smokve i osa na genomskom nivou.
 Circos dijagram o genomskim karakteristikama dvojeFicusgenome, uključujući hromozome, segmentne duplikacije (SD), transpozone (LTR, TE, DNK TE), ekspresiju gena i sintezu |  Identifikacija Y hromozoma i gen kandidata za određivanje pola |
Zhang, X., et al.“Genomi stabla Banyan i osa oprašivača pružaju uvid u koevoluciju smokve i ose.”Ćelija 183.4 (2020).
