Dugo nekodirajuće sekvenciranje - Illumina
Prednosti usluge
●Zajednička analiza mRNA i lncRNAKombinovanjem kvantifikacije mRNA transkripata sa proučavanjem lncRNA i njihovih ciljeva, moguće je dobiti detaljan pregled regulatornog mehanizma koji leži u osnovi ćelijskog odgovora.
●Opsežno stručno znanjeObradili smo preko 230.000 uzoraka, obuhvatajući različite uzorke i ciljeve projekata. U svaki projekat unosimo bogato stručno znanje.
●Zajednička analiza mRNA i lncRNAKombinujemo kvantifikaciju mRNA transkripata sa proučavanjem lncRNA i njihovih ciljeva, omogućavajući detaljan pregled regulatornog mehanizma koji leži u osnovi ćelijskog odgovora.
●Rigorozna kontrola kvalitetePrimjenjujemo ključne kontrolne tačke u svim fazama, od pripreme uzoraka do pripreme biblioteka, sekvenciranja i bioinformatike. Naš pedantni monitoring osigurava dosljedno visokokvalitetne rezultate.
●Sveobuhvatna anotacijaKoristimo više baza podataka za funkcionalnu anotaciju diferencijalno eksprimiranih gena (DEG) i provođenje odgovarajućih analiza obogaćivanja. Ovaj sveobuhvatni pristup pruža uvid u ćelijske i molekularne procese koji leže u osnovi transkriptomskog odgovora, osiguravajući da dobijete sve moguće informacije o podacima vašeg eksperimenta.
●Postprodajna podrškaRazumijemo koliko je važno biti prisutan, zato se naša posvećenost proteže i nakon završetka projekta, uz 3-mjesečni postprodajni servis. Tokom ovog perioda, nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja vezana za rezultate.
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Biblioteka | Platforma | Preporučeni podaci | Kontrola kvaliteta podataka |
| rRNA osiromašena usmjerena biblioteka | Illumina PE150 | 10-16 GB | Q30≥85% |
Nukleotidi:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK na gelu. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva elevacija osnovne linije |
● Biljke:
Korijen, stabljika ili latica: 450 mg
List ili sjeme: 300 mg
Voće: 1,2 g
● Životinja:
Srce ili crijeva: 450 mg
Utroba ili mozak: 240 mg
Mišići: 600 mg
Kosti, kosa ili koža: 1,5 g
● Člankonošci:
Insekti: 9 g
Rakovi: 450 mg
● Puna krv:2 cijevi
● Ćelije: 106 ćelije
● Serum i plazma6 mL
Preporučena dostava uzorka
Kontejner: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (aluminijska folija se ne preporučuje)
Primjer označavanja: Grupiraj + ponovi, npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorke treba pakirati u vreće i zakopati u suhi led.
2. RNAstabilne epruvete: RNA uzorci se mogu sušiti u epruveti za stabilizaciju RNA (npr. RNAstable®) i transportovati na sobnoj temperaturi.
Tok rada servisa
Dizajn eksperimenta
Dostava uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
Bioinformatika
- Sirovi podaci
- Kontrola kvaliteta podataka
- Poravnanje genoma
- Struktura gena (Alternativno splajsovanje, optimizacija strukture gena i predviđanje novih gena)
- Kvantifikacija ekspresije gena
- Analiza diferencijalne ekspresije
- DEG anotacija i obogaćivanje + Diferencijalno eksprimirani lncRNA ciljni geni
- Identifikacija transkripta
- Identifikacija lncRNA (konzervacija lncRNA i poznata lncRNA)
- Predviđanje ciljnih gena lncRNA
- Kvantifikacija ekspresije lncRNA
- Zajednička analiza s podacima mRNA
Analiza diferencijalne ekspresije gena (DEG)
Kvantifikacija ekspresije lncRNA – klasterovanje
Obogaćivanje ciljnih gena lncRNA
Analiza položaja zajedničke mRNA i lncRNA – Circos dijagram (srednji krug je mRNA, a unutrašnji krug je lncRNA)
Istražite napredak koji omogućavaju BMKGeneove usluge sekvenciranja lncRNA putem odabrane kolekcije publikacija.
Ji, H. i dr. (2020) 'Identifikacija, funkcionalno predviđanje i ključna verifikacija lncRNA lncRNA povezanih s hladnim stresom u jetri pacova',Naučni izvještaji2020 10:1, 10(1), str. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. i dr. (2021) 'Integrativna transkriptomska analiza otkriva imunološki mehanizam soja šarana otpornog na CyHV-3',Granice u imunologiji, 12, str. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ i dr. (2022) 'Prioritizacija konkurentnih endogenih RNK regulatornih mreža zasnovana na integraciji više omika u karcinomu pluća malih ćelija: Molekularne karakteristike i kandidati za lijekove',Granice u onkologiji, 12, str. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. i dr. (2020) 'Genetska disekcija mreže koekspresije gena koja je u osnovi fotosinteze kod Populusa',Časopis za biljnu biotehnologiju, 18(4), str. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. i dr. (2022) 'Globalna regulatorna mreža za disreguliranu ekspresiju gena i abnormalnu metaboličku signalizaciju u imunološkim ćelijama u mikrookruženju Gravesove bolesti i Hashimotovog tireoiditisa',Granice u imunologiji, 13, str. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
