BMKCloud Log in
条形banner-03

Proizvodi

Metagenomsko sekvenciranje -NGS

Metagenom se odnosi na kolekciju ukupnog genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što je metagenom okoliša, ljudski metagenom, itd. Sadrži genome mikroorganizama koji se mogu kultivirati i koji se ne mogu kultivirati.Metagenomsko sekvenciranje je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i brojnosti vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži sa faktorima okoline.

Platforma:Illumina NovaSeq platforma


Detalji usluge

Demo Results

Studija slučaja

Prednosti usluge

● Bez izolacije i kultivacije za profilisanje mikrobne zajednice

● Visoka rezolucija u otkrivanju vrsta sa malom zastupljenošću u uzorcima životne sredine

● Ideja „meta-“ integriše sve biološke karakteristike na funkcionalnom nivou, nivou vrste i nivou gena, što odražava dinamički pogled koji je bliži stvarnosti.

● BMK akumulira ogromno iskustvo u različitim tipovima uzoraka sa preko 10.000 obrađenih uzoraka.

Specifikacije usluge

 Platforma

Sekvenciranje

Preporučeni podaci

Vrijeme preokreta

Illumina NovaSeq platforma

PE150

6 G/10 G/20 G

45 radnih dana

Bioinformatičke analize

● Kontrola kvaliteta sirovih podataka

● Sastavljanje metagenoma

● Neredundantni skup gena i anotacija

● Analiza diverziteta vrsta

● Analiza raznolikosti genetičke funkcije

● Međugrupna analiza

● Analiza povezanosti sa eksperimentalnim faktorima

liuchengtu11

Zahtjevi za uzorke i dostava

Uzorci zahtjeva:

ZaDNK ekstrakti:

Tip uzorka

Iznos

Koncentracija

Čistoća

DNK ekstrakti

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Za uzorke životne sredine:

Tip uzorka

Preporučeni postupak uzorkovanja

Zemlja

Količina uzorkovanja: cca.5 g;Preostalu osušenu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i proći kroz filter od 2 mm;Alikvotni uzorci u sterilnoj EP-epruveti ili cirotubi za rezervaciju.

Feces

Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotne uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju.

Crijevni sadržaj

Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uslovima.Oprati prikupljeno tkivo sa PBS;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete.

Mulj

Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotni uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju

Vodeno tijelo

Za uzorak sa ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara, itd., Sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filter od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobi na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti.

Skin

Pažljivo ostružite površinu kože sterilnim pamučnim štapićem ili hirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu.

Preporučena dostava uzorka

Zamrznite uzorke u tečnom azotu na 3-4 sata i čuvajte u tečnom azotu ili -80 stepeni na dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.

Tok rada usluge

dostava uzorka

Isporuka uzorka

Library Preparation

Izgradnja biblioteke

Sekvenciranje

Sekvenciranje

Analiza podataka

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Usluge nakon prodaje


  • Prethodno:
  • Sljedeći:

  • 1.Histogram: Distribucija vrsta

    3

    2. Funkcionalni geni označeni KEGG metaboličkim putevima

    4

    3. Toplotna mapa: Diferencijalne funkcije zasnovane na relativnom obilju gena54.Circos gena rezistencije na antibiotike CARD

    6

    BMK Case

    Prevalencija gena otpornosti na antibiotike i bakterijskih patogena duž kontinuuma tlo-mangrove korijena

    Objavljeno:Časopis za opasne materijale, 2021

    Strategija sekvenciranja:

    Materijali: DNK ekstrakti četiri fragmenta uzoraka povezanih s korijenom mangrove: nezasađeno tlo, rizosfera, episfera i endosfera
    Platforma: Illumina HiSeq 2500
    Meta: Metagenome
    16S rRNA gen V3-V4 regija

    Ključni rezultati

    Obrađeno je metagenomsko sekvenciranje i metabarkodiranje na kontinuumu tlo-korijen mladica mangrova kako bi se proučavala diseminacija gena otpornosti na antibiotike (ARG) iz tla u biljke.Metagenomski podaci su otkrili da je 91,4% gena otpornosti na antibiotike obično identificirano u sva četiri gore spomenuta dijela tla, što je pokazalo kontinuirani način.Sekvenciranjem 16S rRNA amplikona je generirano 29.285 sekvenci, koje predstavljaju 346 vrsta.U kombinaciji s profiliranjem vrsta sekvenciranjem amplikona, utvrđeno je da je ova diseminacija neovisna o mikrobioti povezanoj s korijenom, međutim, mogla bi se olakšati pokretom genetskih elemenata.Ova studija je identificirala protok ARG-a i patogena iz tla u biljke kroz međusobno povezani kontinuum tlo-korijen.

    Referenca

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Prevalencija gena otpornosti na antibiotike i bakterijskih patogena duž kontinuuma tlo-korijen mangrova.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.

    dobiti citat

    Napišite svoju poruku ovdje i pošaljite nam je

    Pošaljite nam svoju poruku: