Metagenomsko sekvenciranje -NGS
Prednosti usluge
● Bez izolacije i kultivacije za profilisanje mikrobne zajednice
● Visoka rezolucija u otkrivanju vrsta sa malom zastupljenošću u uzorcima životne sredine
● Ideja “meta-” integriše sve biološke karakteristike na funkcionalnom nivou, nivou vrste i nivou gena, što odražava dinamički pogled koji je bliži stvarnosti.
● BMK akumulira ogromno iskustvo u različitim tipovima uzoraka sa preko 10.000 obrađenih uzoraka.
Specifikacije usluge
| Platforma | Sekvenciranje | Preporučeni podaci | Vrijeme preokreta |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 radnih dana |
Bioinformatičke analize
● Kontrola kvaliteta sirovih podataka
● Sastavljanje metagenoma
● Neredundantni skup gena i anotacija
● Analiza diverziteta vrsta
● Analiza raznolikosti genetičke funkcije
● Međugrupna analiza
● Analiza povezanosti sa eksperimentalnim faktorima
Zahtjevi za uzorke i dostava
Uzorci zahtjeva:
ZaDNK ekstrakti:
| Tip uzorka | Iznos | Koncentracija | Čistoća |
| DNK ekstrakti | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za uzorke životne sredine:
| Tip uzorka | Preporučeni postupak uzorkovanja |
| Zemlja | Količina uzorkovanja: cca.5 g;Preostalu osušenu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i proći kroz filter od 2 mm;Alikvotni uzorci u sterilnoj EP-epruveti ili cirotubi za rezervaciju. |
| Feces | Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotne uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju. |
| Crijevni sadržaj | Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uslovima.Oprati prikupljeno tkivo sa PBS;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete. |
| Mulj | Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotni uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju |
| Vodeno tijelo | Za uzorak sa ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara, itd., Sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filter od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobi na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti. |
| Skin | Pažljivo ostružite površinu kože sterilnim pamučnim štapićem ili hirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu. |
Preporučena dostava uzorka
Zamrznite uzorke u tečnom azotu na 3-4 sata i čuvajte u tečnom azotu ili -80 stepeni na dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.
Tok rada usluge
Isporuka uzorka
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1.Histogram: Distribucija vrsta
2. Funkcionalni geni označeni KEGG metaboličkim putevima
3. Toplotna mapa: Diferencijalne funkcije zasnovane na relativnom obilju gena
4.Circos gena rezistencije na antibiotike CARD
BMK Case
Prevalencija gena otpornosti na antibiotike i bakterijskih patogena duž kontinuuma tlo-mangrove korijena
Objavljeno:Časopis za opasne materijale, 2021
Strategija sekvenciranja:
Materijali: DNK ekstrakti četiri fragmenta uzoraka povezanih s korijenom mangrove: nezasađeno tlo, rizosfera, episfera i endosfera
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Meta: Metagenome
16S rRNA gen V3-V4 regija
Ključni rezultati
Obrađeno je metagenomsko sekvenciranje i metabarkodiranje na kontinuumu tlo-korijen mladica mangrova kako bi se proučavala diseminacija gena otpornosti na antibiotike (ARG) iz tla u biljke.Metagenomski podaci su otkrili da je 91,4% gena otpornosti na antibiotike obično identificirano u sva četiri gore spomenuta dijela tla, što je pokazalo kontinuirani način.Sekvenciranjem 16S rRNA amplikona generirano je 29.285 sekvenci, koje predstavljaju 346 vrsta.U kombinaciji s profiliranjem vrsta sekvenciranjem amplikona, utvrđeno je da je ova diseminacija neovisna o mikrobioti povezanoj s korijenom, međutim, može se olakšati pokretom genetskih elemenata.Ova studija je identificirala protok ARG-a i patogena iz tla u biljke kroz međusobno povezani kontinuum tlo-korijen.
Referenca
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Prevalencija gena otpornosti na antibiotike i bakterijskih patogena duž kontinuuma tlo-mangrove.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
