Metagenomsko sekvenciranje (NGS)
Prednosti usluge
ØBez izolacije i uzgoja za profiliranje mikrobne zajednice
ØVisoka rezolucija u otkrivanju vrsta sa malom zastupljenošću u uzorcima životne sredine
ØIdeja „meta-“ integriše sve biološke karakteristike na funkcionalnom nivou, nivou vrste i nivou gena, što odražava dinamički pogled koji je bliži stvarnosti.
ØBMK akumulira ogromno iskustvo u različitim tipovima uzoraka sa preko 10.000 obrađenih uzoraka.
Specifikacije usluge
| SekvenciranjePlatforma | Biblioteka | Preporučeni prinos podataka | Procijenjeno vrijeme obrade |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | 50K/100K/300K oznake | 30 dana |
Bioinformatičke analize
üKontrola kvaliteta sirovih podataka
üSklop metagenoma
üNeredundantni skup gena i anotacija
üAnaliza raznolikosti vrsta
üAnaliza diverziteta genetičke funkcije
üMeđugrupna analiza
üAnaliza asocijacija na eksperimentalne faktore
Zahtjevi za uzorke i dostava
Zahtjevi za uzorke:
ZaDNK ekstrakti:
| Tip uzorka | Iznos | Koncentracija | Čistoća |
| DNK ekstrakti | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za uzorke životne sredine:
| Tip uzorka | Preporučeni postupak uzorkovanja |
| Zemlja | Količina uzorkovanja: cca.5 g;Preostalu osušenu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i proći kroz filter od 2 mm;Alikvotni uzorci u sterilnoj EP-epruveti ili cirotubi za rezervaciju. |
| Feces | Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotne uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju. |
| Crijevni sadržaj | Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uslovima.Oprati prikupljeno tkivo sa PBS;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete. |
| Mulj | Količina uzorkovanja: cca.5 g;Sakupite i alikvotni uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju |
| Vodeno tijelo | Za uzorak sa ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara, itd., Sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filter od 0,22 μm da biste obogatili mikrobi na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti. |
| Skin | Pažljivo ostružite površinu kože sterilnim pamučnim štapićem ili hirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu. |
Preporučena dostava uzorka
Zamrznite uzorke u tečnom azotu na 3-4 sata i pohranite u tečnom azotu ili -80 stepeni na dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.
Tok rada usluge
Isporuka uzorka
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1.Histogram: Distribucija vrsta
2. Funkcionalni geni označeni KEGG metaboličkim putevima
3. Toplotna mapa: Diferencijalne funkcije zasnovane na relativnom obilju gena
4.Circos gena rezistencije na antibiotike CARD
BMK Case
Prevalencija gena otpornosti na antibiotike i bakterijskih patogena duž kontinuuma tlo-mangrove korijena
Objavljeno:Časopis za opasne materijale, 2021
Strategija sekvenciranja:
Materijali: DNK ekstrakti četiri fragmenta uzoraka povezanih s korijenom mangrove: nezasađeno tlo, rizosfera, episfera i endosfera
Platforma: Illumina HiSeq 2500
Meta: Metagenome
16S rRNA gen V3-V4 regija
Ključni rezultati
Obrađeno je metagenomsko sekvenciranje i metabarkodiranje na kontinuumu tlo-korijen mladica mangrova kako bi se proučavala diseminacija gena otpornosti na antibiotike (ARG) iz tla u biljke.Metagenomski podaci su otkrili da je 91,4% gena otpornosti na antibiotike obično identificirano u sva četiri gore spomenuta dijela tla, što je pokazalo kontinuirani način.Sekvenciranjem 16S rRNA amplikona je generirano 29.285 sekvenci, koje predstavljaju 346 vrsta.U kombinaciji s profiliranjem vrsta sekvenciranjem amplikona, utvrđeno je da je ova diseminacija neovisna o mikrobioti povezanoj s korijenom, međutim, može se olakšati pokretom genetskih elemenata.Ova studija je identificirala protok ARG-a i patogena iz tla u biljke kroz međusobno povezani kontinuum tlo-korijen.
Referenca
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).Prevalencija gena otpornosti na antibiotike i bakterijskih patogena duž kontinuuma tlo – korijen mangrova.Journal of Hazardous Materials, 408, 124985.
