Metagenomic Sequing -NGS
Metagenome je zbirka ukupnog genetskog materijala mješovite zajednice organizma, poput okolišnih i ljudskih metagenoma. Sadrži genome i kultivable i nekultivirajuće mikroorganizme. Metagenomic sačmarić sa NGS-om omogućava proučavanje ovih zamršenih genumskih pejzaža ugrađenih u uzorke zaštite okoliša pružajući više od taksonomskog profiliranja, dajući i zrnasti uvide u različitost obilja i složene strukture stanovništva i složene strukture stanovništva i složene strukture stanovništva. Iza taksonomske studije, metagenomiča sačmarice nudi i funkcionalnu genomičku perspektivu, omogućavajući istraživanje kodiranih gena i njihovih uloga u ekološkim procesima. Konačno, uspostavljanje korelacijskih mreža između genetskih elemenata i okolišnih faktora doprinosi holističkom razumijevanju zamršenog međusobnog prijelaza između mikrobnih zajednica i njihove ekološke pozadine. Zaključno, metagenomična sekvenciranje stoji kao ključni instrument za otkrivanje genumijskih intrikcija različitih mikrobnih zajednica, osvjetljavajući višestruke odnose između genetike i ekologije u tim složenim ekosustavima.
Platforme: Illumina Novaseq i DNBSEQ-T7
Prednosti usluge
●Način izolacije i kultivacije za profiliranje mikrobne zajednice: Omogućavanje sekvenciranja genetskog materijala od nekultiviranih organizama.
●Visoka rezolucija: Otkrijte vrste niskog obilja u uzorcima zaštite okoliša.
●Sveobuhvatna analiza bioinformatike:Fokusiran ne samo na taksonomsku raznolikost, već i na funkcionalnu raznolikost zajednice.
●Opsežno iskustvo:Uz praćenje uspješno zatvaranja više metagenomičkih projekata u različitim istraživačkim domenima i preradom preko 200.000 uzoraka, naš tim donosi bogatstvo iskustva u svakom projektu.
Servisne specifikacije
| Platforma sekvenciranja | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvaliteta |
| Illumina novaseq ili dnbseq-t7 | PE150 | 6-20GB | Q30≥85% |
Službeni zahtevi
| Koncentracija (NG / μl) | Ukupni iznos (NG) | Volumen (μl) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Tlo / mulj: 2-3G
● Crijevni sadržaj-životinja: 0,5-2G
● Crijevni sadržaji - Insekt: 0,1-0,25g
● Postrojenje postrojenja (obogaćeni sediment): 0,5-1G
● Fermentacijski juha obogaćeni sediment): 0,2-0,5g
● feece (velike životinje): 0,5-2G
● fekali (miš): 3-5Držains
● Plućna alveolarna lavagena tekućina: Filter papir
● Vaginalni bris: 5-6 brisa
● Snitaj / genitalni bris / saliva / oralno meko tkivo / Pharyngeal Swab / rektalni bris: 2-3 brisa
● Površinski mikroorganizam: 5-6 brisa
● Vodeni / vazduh / Biofilm: Filter Paper
● Endofiti: 2-3G
● Stomatološka ploča: 0,5-1G
Servisni protok rada
Dostava uzoraka
Građevinarstvo biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
Uključuje sljedeću analizu:
● Sekviranje kontrole kvaliteta podataka
● Metagenome Montaža i predviđanje gena
● Napomena o genu
● Taksonomska analiza alfa raznolikosti
● Funkcionalna analiza zajednice: biološka funkcija, metabolički, antibiotički otpor
● Analiza i na funkcionalnu i taksonomsku raznolikost:
Analiza beta raznolikosti
Interkoup analiza
Analiza korelacije: između faktora okoliša i sastava i raznolikosti
Funkcionalna analiza: KARTIJSKI ANTIBIOTIČKI Otpor
Diferencijalna analiza metaboličkih puteva Kegg: HEATMAP značajnih puteva
Alfa raznolikost taksonomske distribucije: ACE indeks
Beta raznolikost taksonomske distribucije: PCOA
Istražite napredak koji su omogućili usluge sekvenciranja BMKGEN-a s illumom kroz kustornu kolekciju publikacija.
Hai, TUŽILAC WHITING - PITANJE: Et al. (2023) "metabolomična analiza promjena u crijevnim sadržajima duge pastrmke (oncorhynchus miniks) zaražena zaraznim hematopoetskim virusom nekroze na različitim kulturim temperaturama vode",Granice u mikrobiologiji, 14, str. 1275649. DOI: 10.3389 / FMICB.2023.1275649.
Mao, C. i dr. (2023) 'Mikrobne zajednice, geni otpornosti i otporni rizici u urbanim jezerima različitih trofika: unutarnje veze i vanjski utjecaji',Časopis za opasne materijale napreduje, 9, str. 100233. DOI: 10.1016 / J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. i dr. (2022) 'Metagenomska analiza otkrila je razlike u sastavu i funkciji između mikroorganizama sa tekućinom i čvrstom pridruženim jarkom ovaca,Granice u mikrobiologiji, 13, str. 851567. DOI: 10.3389 / FMICB.2022.851567.
Yin, J. i dr. (2023) 'pretilo Microbioita izvedene ningxiang-a prepričava karnitin metabolizam za promociju taloža za masnu kiselinu u mršavim dlizinima',Inovacija, 4 (5), str. 100486. DOI: 10.1016 / J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'Metagenski uvid u potencijalne rizike reprezentativnog bio / nerazgradivih plastičnih i neplastičnih krhotina u gornjim i donjim doživima ušća Haihe, Kine',Nauka o ukupnom okruženju, 887, str. 164026. Doi: 10.1016 / J.Scitotenv.2023.164026.
