mRNA-sekvenciranje (NGS) – De novo

Sekvenciranje mRNA omogućava profiliranje svih transkripata mRNA u ćelijama pod specifičnim uslovima i široko je korištena tehnologija u različitim istraživačkim oblastima. BMKCloud De novo mRNA-seq cjevovod je dizajniran za analizu biblioteka sekvenciranja obogaćenih poli-A kada nije dostupan referentni genom. Cjevovod počinje kontrolom kvaliteta, nakon čega slijedide novosastavljanje transkripta i odabir unigenskog seta. Analiza unigenske strukture predviđa kodirajuću sekvencu (CDS) i jednostavne sekvencijalne ponavljanja (SSR). Nakon toga, analiza diferencijalne ekspresije pronalazi različito eksprimirane gene (DEG) među testiranim uslovima, nakon čega slijedi funkcionalna anotacija i obogaćivanje DEG-ova kako bi se izvukli biološki uvidi.