Pacbio transkriptom pune dužine

PacBio sekvenciranje transkriptoma pune dužine, Isoseq, omogućava tačnu identifikaciju izoformi transkripta, osvjetljavajući alternativnu poliadenilaciju i splajsovanje, te dovodeći do preciznije analize ekspresije gena. BMKCloud PacBio cjevovod transkriptoma pune dužine dizajniran je za analizu cDNA biblioteka sekvenciranih u režimu kružnog konsenzusa (CCS) i identificira nehimerne sekvence pune dužine (FLNC), koje se zatim grupiraju u neredundantne transkripte. Naknadna BUSCO analiza procjenjuje potpunost sklopa transkriptoma. Iz sastavljenog transkriptoma provode se višestruke analize: alternativno splajsovanje, jednostavno ponavljanje sekvence (SSR), predviđanje lncRNA i odgovarajućih ciljnih gena, predviđanje novih gena, analiza genske porodice, analiza transkripcijskih faktora i funkcionalna anotacija transkripata.