Plant/Animal De Novo Genome Sequencing
Prednosti usluge
Razvoj platformi za sekvenciranje i bioinformatike ude novosastavljanje genoma
(Amarasinghe SL et al.,Genome Biology, 2020)
● Izgradnja novih genoma i poboljšanje postojećih referentnih genoma za vrste od interesa.
● Veća tačnost, kontinuitet i kompletnost u montaži
● Izgradnja temeljnih resursa za istraživanje polimorfizma sekvenci, QTL-ova, uređivanja gena, uzgoja, itd.
● Opremljen punim spektrom platformi za sekvenciranje treće generacije: rješenje za sklapanje genoma na jednom mjestu
● Fleksibilne strategije sekvenciranja i sastavljanja koje ispunjavaju različite genome sa različitim karakteristikama
● Visokokvalificirani tim bioinformatičara s velikim iskustvom u složenim sklopovima genoma, uključujući poliploide, džinovske genome itd.
● Preko 100 uspešnih slučajeva sa akumulativnim objavljenim faktorom uticaja od preko 900
● Vreme preokreta do 3 meseca za sastavljanje genoma na nivou hromozoma.
● Solidna tehnička podrška sa nizom patenata i softverskih autorskih prava na eksperimentalnoj strani i bioinformatici.
Specifikacije usluge
|
Sadržaj
|
Platforma
|
Read Length
|
Pokrivenost
|
| Genome Survey
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Genome Sequencing
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi čitanja
| ≥ 30X
|
| Hi-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Radni tok
Zahtjevi za uzorke i dostava
Uzorci zahtjeva:
| Vrste | Tkivo | Za PacBio | Za Nanopore |
| Životinje | Visceralni organi (jetra, slezena, itd.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Muscle | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Krv sisara | ≥ 1,5 mL | ≥ 5,0 mL | |
| Krv riba ili ptica | ≥ 0,2 mL | ≥ 0,5 mL | |
| Biljke | Sveže lišće | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Latica ili stabljika | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Korijenje ili sjeme | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Ćelije | Ćelijska kultura | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Preporučena dostava uzorka
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Za većinu uzoraka preporučujemo da se ne čuvaju u etanolu.
Označavanje uzoraka: Uzorci moraju biti jasno označeni i identični sa dostavljenim obrascima za informacije o uzorku.
Isporuka: Suhi led: Uzorci se prvo moraju spakovati u vreće i zakopati u suvi led.
Tok rada usluge
Dizajn eksperimenta
Isporuka uzorka
Ekstrakcija DNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
*Demo rezultati prikazani ovdje su svi iz genoma objavljenih uz Biomarker Technologies
1.Circos na sastavljanju genoma na nivou hromozomaG. rotundifoliumod strane Nanopore platforme za sekvenciranje
Wang M et al.,Molekularna biologija i evolucija, 2021
2.Statistika sastava genoma Weining raži i anotacija
Li G et al.,Nature Genetics, 2021
3. Predviđanje genaSechium edulegenom, izveden iz tri metode predviđanja:De novopredviđanje, predviđanje zasnovano na homologiji i predviđanje zasnovano na RNA-Seq podacima
Fu A et al.,Horticulture Research, 2021
4. Identifikacija netaknutih dugih terminalnih ponavljanja u tri genoma pamuka
Wang M et al.,Molekularna biologija i evolucija, 2021
5.Hi-C toplotna kartaC. acuminatagenom koji pokazuje sve-po-sve interakcije u cijelom genomu.Intenzitet Hi-C interakcija je proporcionalan linearnoj udaljenosti između kontiga.Čista ravna linija na ovoj toplotnoj mapi ukazuje na visoko precizno sidrenje kontiga na hromozomima.(Omjer sidrenja kontiga: 96,03%)
kang M et al.,Komunikacije u prirodi,2021
BMK Case
Visokokvalitetni sklop genoma naglašava karakteristike genoma raži i agronomski važne gene
Objavljeno: Nature Genetics, 2021
Strategija sekvenciranja:
Sklapanje genoma: PacBio CLR način rada s bibliotekom od 20 kb (497 Gb, približno 63×)
Korekcija sekvence: NGS sa 270 bp DNK bibliotekom (430 Gb, približno 54×) na Illumina platformi
Contigs sidrenje: Hi-C biblioteka (560 Gb, cca. 71×) na Illumina platformi
Optička mapa: (779,55 Gb, cca. 99×) na Bionano Irys
Ključni rezultati
1. Objavljen je skup Weining genoma raži sa ukupnom veličinom genoma od 7,74 Gb (98,74% procijenjene veličine genoma protočnom citometrijom).Scaffold N50 ovog sklopa je postigao 1,04 Gb.93,67% kontiga je uspješno usidreno na 7 pseudo-hromozoma.Ovaj sklop je ocijenjen pomoću mape povezivanja, LAI i BUSCO, što je rezultiralo visokim ocjenama u svim evaluacijama.
2. Dalja istraživanja komparativne genomike, mape genetske veze, transkriptomske studije su rađene na osnovu ovog genoma.Otkriveno je niz genomskih karakteristika povezanih s osobinama uključujući duplikacije gena u cijelom genomu i njihov utjecaj na gene biosinteze škroba;fizička organizacija složenih prolaminskih lokusa, karakteristike ekspresije gena koje su u osnovi rane osobine glave i navodne hromozomske regije i lokusi u raži povezani sa pripitomljavanjem.
 Circos dijagram o genomskim karakteristikama genoma Weining raži |  Evolucijska i hromozomska sintenska analiza genoma raži |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Visokokvalitetni sklop genoma naglašava karakteristike genoma raži i agronomski važne gene.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
