Sekvenciranje cijelog genoma biljke/životinje
1. Prednosti usluge
Veliko iskustvo u sekvenciranju genoma za preko 1000 vrsta.
Preko 800 objavljenih slučajeva sa akumulativnim faktorom uticaja od preko 4000.
Sveobuhvatna bioinformatička analiza pozivanja varijacija i analize funkcija.
2. Specifikacije usluge
| Platforma | Biblioteka | Preporučena dubina sekvence | |
| Illumina | PE 150 | Za SNP, InDel pozivanje ≥ 10x Za SV, CNY pozive ≥ 30x
| |
| Nanopore
| 8 kb | Za SV, CNY pozive ≥ 20x | |
| Pacbio | CCS | 15 kb | Za SNP, InDel, SV, CNY pozive ≥ 10x |
3. Zahtjevi za uzorke
| Platforma | konc.(ng/μL)
| Količina (ng)
| Čistoća
| Agarozni gel
| ||
| OD260/280 | OD260/230 | 1. Očistite glavni pojas bez ili ograničenodegradacija uočena na gelu. 2. Nema ili ograničena kontaminacija RNK ili proteinima
| ||||
| Illumina | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Nanopore
| ≥30 | Zavisi od prinosa podataka 10μg/ćeliji | 1.7-2.2 | ≥1,5 | ||
| Pacbio | CCS | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. Analiza bioinformacija
5. Tok rada servisa
Isporuka uzorka
Ekstrakcija DNK
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Isporuka podataka
1) Statistika mapiranja genoma
Tabela 1 Statistika rezultata mapiranja
Slika 1 Distribucija veličine umetka i pokrivenosti čitanja.
2) Detekcija varijacija
Slika 2 Statistika i napomena SNP/INDEL/SV među uzorcima
Slika 3 Distribucija varijacija na nivou genoma
3) Funkcionalno označavanje varijacija
| 2019 | Komunikacije u prirodi | Ponovno sekvenciranje cijelog genoma otkriva porijeklo Brassica napus i genetske lokuse uključene u njegovo poboljšanje |
| 2020 | PNAS | Evoluciono porijeklo i historija pripitomljavanja zlatne ribice (Carassius auratus) |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Referentni genomi dvije kultivirane vrste jute |
| 2021 | Plant Biotechnology Journal | Genomski potpisi alopoliploida iz sjemena povrća i uljarica Brassicajuncea i genetski lokusi koji kontroliraju akumulaciju glukozinolata |
| 2019 | Molecular Plant | Ponovno sekvenciranje cijelog genoma svjetske kolekcije aksesija uljane repice otkriva genetsku osnovu njihove divergencije ekotipova |
| 2022 | Horticulture Research | Analiza povezanosti na nivou genoma pruža molekularni uvid u prirodnu varijaciju veličine sjemenki lubenice |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Studija asocijacije na genomu identificira varijante GhSAD1 koje daje hladnoću u pamuku |
| 2021 | Journal of Experimental Botany | Studija asocijacija na cijelom genomu i poređenje transkriptoma otkrivaju nove QTL i gene kandidate koji kontroliraju veličinu latica u sjemenu uljane repice |
