Sekvenciranje prokariotske RNK
Karakteristike
● Obrada uzorka RNK uključivala je depleciju rRNA, nakon čega je slijedila priprema usmjerene RNK biblioteke.
● Bioinformatička analiza zasnovana na usklađivanju s referentnim genomom
● Analiza uključuje ekspresiju gena i diferentne gene, ali i analizu strukture transkripta i sRNA
Prednosti usluge
●Rigorozna kontrola kvalitetePrimjenjujemo ključne kontrolne tačke u svim fazama, od pripreme uzoraka i biblioteka do sekvenciranja i bioinformatike. Ovo pažljivo praćenje osigurava dosljedno visokokvalitetne rezultate.
●Podaci o sekvenciranju specifičnom za lanac: zbog usmjerene pripreme RNK biblioteke, što omogućava identifikaciju antisens transkripata.
●Kompletna analiza prilagođena prokariotskim transkriptomimaBioinformatički proces ne uključuje samo analizu genske ekspresije, već i analizu strukture transkripta, uključujući identifikaciju operona, UTR-ova i promotora. Također uključuje analizu sRNA, odnosno anotaciju i predviđanje sekundarne strukture i ciljeva.
●Postprodajna podrškaNaša posvećenost se proteže i nakon završetka projekta, uz tromjesečni postprodajni servis. Tokom ovog perioda, nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije pitanja i odgovora kako bismo odgovorili na sva pitanja vezana za rezultate.
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Biblioteka | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete |
| rRNA osiromašena usmjerena biblioteka | Illumina PE150 | 1-2 GB | Q30≥85% |
Zahtjevi za uzorak:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8-2,0 OD260/230=1,0-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK na gelu. | RIN≥6,5 |
Preporučena dostava uzorka
Kontejner: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (aluminijska folija se ne preporučuje)
Primjer označavanja: Grupiraj + ponovi, npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorke treba pakirati u vreće i zakopati u suhi led.
2. RNAstabilne epruvete: RNA uzorci se mogu sušiti u epruveti za stabilizaciju RNA (npr. RNAstable®) i transportovati na sobnoj temperaturi.
Tok rada servisa
Dostava uzorka
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
Tok rada bioinformatičke analize
Uključuje sljedeće analize:
● Kontrola kvalitete sirovih podataka
● Usklađivanje s referentnim genomom
● Procjena kvalitete biblioteke: slučajnost fragmentacije RNK, veličina inserta i zasićenost sekvenciranja
● Funkcionalna anotacija predviđenih kodirajućih gena
● Analiza ekspresije: korelacija i analiza glavnih komponenti (PCA)
● Diferencijalna ekspresija gena (DEG)
● Funkcionalna anotacija i obogaćivanje DEG-ova
● Analiza sRNA: predviđanje, anotacija, meta i predviđanje sekundarne strukture
● Analiza strukture transkripta: operoni, početne i završne pozicije, netranslatirana regija (UTS), promotor i analiza SNP/InDel
Zasićenost sekvenciranja
Funkcionalna anotacija kodirajućih gena
Korelacija između uzoraka
Analiza diferencijalno eksprimiranih gena (DEG)
Analiza funkcionalnog obogaćivanja
sRNA anotacija
Istražite napredak koji su omogućile BMKGeneove usluge sekvenciranja mRNA pune dužine Nanopore u ovoj istaknutoj publikaciji.
Guan, CP i dr. (2018) 'Globalne promjene transkriptoma bakterije Staphylococcus epidermidis, koja formira biofilm, kao odgovor na ukupne alkaloide Sophorea alopecuroides',Poljski časopis za mikrobiologiju, 67(2), str. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
