Proizvodi

Sekvenciranje prokariotske RNK

Sekvenciranje prokariotske RNK koristi sekvenciranje sljedeće generacije (NGS) da otkrije prisustvo i količinu RNK u datom trenutku, analizom promjenjivog ćelijskog transkriptoma.Sekvencioniranje prokariotske RNK naše kompanije, posebno je usmjereno na prokariote sa referentnim genomima, pružajući vam profiliranje transkriptoma, analizu strukture gena, itd. Široko je primijenjeno na osnovna naučna istraživanja, istraživanje i razvoj lijekova i još mnogo toga.

Platforma: Illumina NovaSeq platforma

Kontaktiraj nas

Detalji usluge

Specifikacije usluge

Platforma: Illumina NovaSeq platforma, PE150

Tip biblioteke: 350bp insert cDNA biblioteka (zavisi od vršne distribucije)

Strategija sekvenciranja: upareni kraj 150 bp

Preporučena količina podataka: 2 Gb neobrađenih podataka/uzorak

Bioinformatika

(1) Kontrola kvaliteta podataka sekvencioniranja: distribucija nukleotida, distribucija baznog kvaliteta, procjena odnosa rRNA;

(2) Analiza poravnanja sekvenci: Statistika rezultata poravnanja, Zasićenost sekvenciranja, Pokrivenost sekvenciranja;

(3) Referentna oznaka genoma (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analiza ekspresije: Distribucija ekspresije (sa dva ili više uzoraka), Analiza ekspresije između uzoraka (Venn analiza, Korelaciona analiza, PCA analiza);

(5) Analiza diferencijalne ekspresije (sa dva ili više uzoraka);

(6) Analiza skupa gena: Vennova analiza, Klaster analiza, Analiza anotacije funkcije (COG, GO, KEGG), Analiza obogaćivanja funkcije (GO, KEGG), Hordalni graf obogaćivanja funkcije, Ipath analiza;

(7) analiza sRNA: predviđanje sRNA, anotacija sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), predviđanje sekundarne strukture sRNA, predviđanje ciljnog gena sRNA;

(8) Analiza strukture transkripta: analiza operona, predviđanje početne i krajnje lokacije transkripcije, UTR anotacija i analiza, predviđanje sekvence promotora, SNP/InDel analiza (SNP/InDel anotacija, SNP/InDel regionalna distribucija, SNP statistika).