Redukovana zastupljenost bisulfitnog sekvenciranja (RRBS)
Specifikacije usluge
Platforma: NovaSeq platforma, PE150
Tip biblioteke: 200-400bp insert bisulfitom tretirana DNK biblioteka
Strategija sekvenciranja: upareni kraj 150 bp
Preporučeni izlaz podataka: 10 Gb sirovih podataka/uzorak
Zahtjevi za uzorke
Količina DNK: ≥ 2ug
Koncentracija DNK:≥ 20ng/μl.
Čistoća: OD260/280 = 1,8 do 2,0 bez degradacije ili kontaminacije RNK
Bioinformatička analiza
Tok rada usluge
Isporuka uzorka
Izgradnja biblioteke
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
a.Referentna statistika poravnanja genoma
Statistika očitavanja mapiranja
Sstatistika dubine sekvenciranja i pokrivenosti C lokacije
Aakumulirana pokrivenost
Defikasnost gutanja svakog uzorka
b.Detekcija mjesta metilacije
Spisak nivoa metilacije na mestu C
BS konverzija
Metilirani citozin
Raspodjela nivoa metilacije
c.Mapa metilacije
Genome-wide
Genome element
d.Poređenje nivoa metilacije između uzoraka
Pairwise Korelacija CG metilacije
PCA-CG metilacija
Csjaj CG metilacije
d.Diferencijalna analiza metilacije
Sstatistika DMR-a
Distribucija DMR dužine
Heat map
DMR distribucija u ciljanom regionu
