Specifično-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Detalji usluge
Technical Scheme
Radni tok
Prednosti usluge
Visoka efikasnost otkrivanja markera- Tehnologija sekvenciranja visoke propusnosti pomaže SLAF-Seq-u u otkrivanju stotina hiljada oznaka unutar cijelog genoma.
Niska zavisnost od genoma- Može se primijeniti na vrste sa ili bez referentnog genoma.
Fleksibilna shema dizajna- Jednoenzimska, dual-enzimska, multi-enzimska probava i razne vrste enzima, svi se mogu odabrati kako bi zadovoljili različite ciljeve istraživanja ili vrste.Prethodna evaluacija u silikonu se koristi da bi se osigurao optimalan dizajn enzima.
Efikasna enzimska probava- Predeksperiment je sproveden radi optimizacije uslova, što formalni eksperiment čini stabilnim i pouzdanim.Efikasnost prikupljanja fragmenata može dostići preko 95%.
Ravnomjerno raspoređene SLAF oznake- SLAF oznake su u najvećoj meri ravnomerno raspoređene u svim hromozomima, postižući u proseku 1 SLAF na 4 kb.
Efikasno izbjegavanje ponavljanja- Repetitivna sekvenca u SLAF-Seq podacima je smanjena na manje od 5%, posebno kod vrsta sa visokim nivoom ponavljanja, kao što su pšenica, kukuruz, itd.
Veliko iskustvo- Preko 2000 zatvorenih SLAF-Seq projekata na stotine vrsta koje pokrivaju biljke, sisare, ptice, insekte, vodene organizme itd.
Samorazvijen bioinformatički tok rada- BMKGENE je razvio integrisani bioinformatički radni tok za SLAF-Seq kako bi se osigurala pouzdanost i tačnost krajnjeg rezultata.
Specifikacije usluge
| Platforma | Konc. (ng/gl) | Ukupno (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Volum>15μl) | 1.6-2.5 |
Preporučena strategija sekvenciranja
Dubina sekvenciranja: 10X/Tag
| Veličina genoma | Preporučene SLAF oznake |
| < 500 Mb | 100K ili WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Džinovski ili složeni genomi | 300 - 400K |
| Prijave
| Preporučeno Populaciona skala
| Strategija sekvenciranja i dubina
| |
| Dubina
| Tag Number
| ||
| GWAS
| Broj uzorka ≥ 200
| 10X
|
Prema veličina genoma
|
| Genetska evolucija
| Pojedinci svakog podgrupa ≥ 10; ukupno uzoraka ≥ 30
| 10X
| |
Preporučena dostava uzorka
Kontejner: epruveta za centrifugiranje od 2 ml
Za većinu uzoraka preporučujemo da se ne čuvaju u etanolu.
Označavanje uzoraka: Uzorci moraju biti jasno označeni i identični sa dostavljenim obrascima za informacije o uzorku.
Isporuka: Suhi led: Uzorci se prvo moraju spakovati u vreće i zakopati u suvi led.
Service Workflow
Uzorak QC
Pilot eksperiment
SLAF-eksperiment
Library Preparation
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1. Statistika rezultata karte
2. Razvoj SLAF markera
3. Oznaka varijacije
| Godina | Journal | IF | Naslov | Prijave |
| 2022 | Komunikacije u prirodi | 17.694 | Genomska osnova giga-hromozoma i giga-genoma drveća božura Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Novi fitolog | 7.433 | Otisci pripitomljavanja usidre genomske regije od agronomskog značaja soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Vještačke introgresije Gossypium barbadense u G. hirsutum u cijelom genomu otkrivaju superiorne lokuse za istovremeno poboljšanje kvaliteta i prinosa pamučnih vlakana osobine | SLAF-Evoluciona genetika |
| 2019 | Molecular Plant | 10.81 | Populaciona genomska analiza i De Novo skupština otkrivaju porijeklo Weedyja Riža kao evolucijska igra | SLAF-Evoluciona genetika |
| 2019 | Nature Genetics | 31.616 | Slijed genoma i genetska raznolikost običnog šarana, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage mapa |
| 2014 | Nature Genetics | 25.455 | Genom uzgojenog kikirikija pruža uvid u kariotipove mahunarki, poliploid evolucija i pripitomljavanje usjeva. | SLAF-Linkage mapa |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Identifikacija ST1 otkriva selekciju koja uključuje stopiranje morfologije sjemena i sadržaj ulja tokom pripitomljavanja soje | SLAF-Marker razvoj |
| 2022 | Međunarodni časopis za molekularne nauke | 6.208 | Identifikacija i razvoj DNK markera za Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomična supstitucija hromozoma | SLAF-Marker razvoj |
