10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Característiques
● Resolució: 100 µM
● Diàmetre del punt: 55 µM
● Nombre de places: 4992
● Àrea de captura: 6,5 x 6,5 mm
● Cada punt amb codi de barres està carregat amb imprimadors formats per 4 seccions:
- cua poli(dT) per a la preparació de l'ARNm i la síntesi d'ADNc
- Identificador únic molecular (UMI) per corregir el biaix d'amplificació
- Codi de barres espacial
- Seqüència d'unió del cebador de seqüenciació de lectura parcial 1
● Tinció H&E de seccions
Avantatges
●Servei únic: integra tots els passos basats en l'experiència i les habilitats, com ara la criosecció, la tinció, l'optimització de teixits, el codi de barres espacial, la preparació de la biblioteca, la seqüenciació i la bioinformàtica.
● Equip tècnic altament qualificat: amb experiència en més de 250 tipus de teixits i més de 100 espècies, incloent humans, ratolins, mamífers, peixos i plantes.
●Actualització en temps real de tot el projecte: amb control total del progrés experimental.
●Bioinformàtica estàndard integral:El paquet inclou 29 anàlisis i més de 100 xifres d'alta qualitat.
●Anàlisi i visualització de dades personalitzades: disponible per a diferents peticions de recerca.
●Anàlisi conjunta opcional amb seqüenciació d'ARNm unicel·lular
Especificacions
| Exemples de requisits | Biblioteca | Estratègia de seqüenciació | Dades recomanades | Control de qualitat |
| Criomostres incrustades en OCT, mostres FFPE (Diàmetre òptim: aprox. 6x6x6 mm3) 3 blocs per mostra | Biblioteca d'ADNc Visium 10X | Il·lumina PE150 | 50K lectures PE per lloc (60 Gb) | RIN>7 |
Per obtenir més detalls sobre la guia de preparació de mostres i el flux de treball del servei, no dubteu a parlar amb aExpert en BMKGENE
Flux de treball del servei
En la fase de preparació de la mostra, es realitza un assaig inicial d'extracció d'ARN a granel per garantir que es pugui obtenir un ARN d'alta qualitat.En l'etapa d'optimització del teixit, les seccions es tenyeixen i es visualitzen i s'optimitzen les condicions de permeabilització per a l'alliberament d'ARNm del teixit.A continuació, s'aplica el protocol optimitzat durant la construcció de la biblioteca, seguit de la seqüenciació i l'anàlisi de dades.
El flux de treball del servei complet inclou actualitzacions en temps real i confirmacions del client per mantenir un bucle de feedback sensible, garantint una execució del projecte sense problemes.
Inclou l'anàlisi següent:
Control de qualitat de les dades:
o Sortida de dades i distribució de la puntuació de qualitat
o Detecció de gens per punt
o Cobertura de teixits
Anàlisi de la mostra interna:
o Riquesa genètica
o Agrupació puntual, inclosa l'anàlisi de dimensions reduïdes
o Anàlisi de l'expressió diferencial entre clústers: identificació de gens marcadors
o Anotació funcional i enriquiment de gens marcadors
Anàlisi intergrupal
o Recombinació de taques d'ambdues mostres (p. ex. malalts i control) i nova agrupació
o Identificació de gens marcadors per a cada clúster
o Anotació funcional i enriquiment de gens marcadors
o Expressió diferencial d'un mateix clúster entre grups
Anàlisi de mostra interna
Agrupació de punts
Identificació de gens marcadors i distribució espacial
Anàlisi intergrupal
Combinació de dades dels dos grups i recluster
Gens marcadors de nous clústers
Exploreu els avenços facilitats pel servei de transcriptòmica espacial de BMKGene per 10X Visium En aquestes publicacions destacades:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, un potencial homòleg de Drosophila dels GPCR d'adhesió de mamífers, està implicat en reaccions antitumorals a cèl·lules oncogèniques injectades a les mosques', Actes de l'Acadèmia Nacional de Ciències dels Estats Units d'Amèrica, 120 (30), pàg.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL enables high-resolution delineation of spatiotemporal transcriptomic data', Briefings in Bioinformatics, 24(2), pàgs. 1–10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) "Atles espacial-temporal d'organogènesi en el desenvolupament de flors d'orquídies", Nucleic Acids Research, 50(17), pàg. 9724–9737.doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) "La integració de la transcriptòmica espacial i la seqüenciació d'ARN d'un sol nucli revela les estratègies terapèutiques potencials per al leiomioma uterí", International Journal of Biological Sciences, 19(8), pàg. 2515–2530.doi: 10.7150/IJBS.83510.
