BMKCloud Log in
条形banner-03

Productes

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

La seqüenciació d'amplicons 16S/18S/ITS té com a objectiu revelar la filogènia, la taxonomia i l'abundància d'espècies en una comunitat microbiana mitjançant la investigació de productes de PCR de marcadors genètics domèstics que contenen parts molt conversades i hipervariables.La introducció d'aquestes empremtes dactilars moleculars perfectes per part de Woeses et al, (1977) permet el perfil del microbioma sense aïllament.La seqüenciació de 16S (bacteris), 18S (fongs) i espaiador transcrit intern (ITS, fongs) permet la identificació tant d'espècies abundants com d'espècies rares i no identificades.Aquesta tecnologia s'ha convertit en una eina àmpliament aplicada i important per identificar la composició microbiana diferencial en diversos entorns, com ara la boca humana, els intestins, les femtes, etc.

Plataforma:Plataforma Illumina NovaSeq


Detalls del servei

Resultats de demostració

Cas d'estudi

Avantatges del servei

● Identificació ràpida i sense aïllament de la composició microbiana en mostres ambientals

● Alta resolució en components poc abundants en mostres ambientals

● Últim flux d'anàlisi QIIME2 amb anàlisis diverses en termes de base de dades, anotació, OTU/ASV.

● Alt rendiment, major precisió

● Aplicable a diversos estudis de comunitats microbianes

● BMK té una àmplia experiència amb més de 100.000 mostres/any, que cobreixen sòl, aigua, gas, fangs, femtes, intestins, pell, brou de fermentació, insectes, plantes, etc.

● BMKCloud va facilitar la interpretació de dades amb 45 eines d'anàlisi personalitzades

Especificacions del servei

SeqüenciacióPlataforma

Biblioteca

Rendiment de dades recomanat

Temps estimat d'execució

Plataforma Illumina NovaSeq

PE250

Etiquetes 50K/100K/300K

30 dies

Anàlisis bioinformàtics

● Control de qualitat de les dades en brut

● Agrupació/eliminació de soroll OTU (ASV)

● Anotació OTU

● Diversitat alfa

● Diversitat beta

● Anàlisi intergrupal

● Anàlisi d'associació contra factors experimentals

● Funció de predicció del gen

16S

Requisits de mostra i lliurament

Requisits de mostra:

PerExtractes d'ADN:

Tipus de mostra

Import

Concentració

Puresa

Extractes d'ADN

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Per a mostres ambientals:

Tipus de mostra

Procediment de mostreig recomanat

Sòl

Quantitat de mostreig: aprox.5 g;La substància marcida restant s'ha d'eliminar de la superfície;Tritureu trossos grans i passeu per filtre de 2 mm;Mostres al·lícuotes en tub EP estèril o cirotub per reservar.

Excrements

Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote mostres en tub EP estèril o criotub per a la reserva.

Continguts intestinals

Les mostres s'han de processar en condicions asèptiques.Rentar el teixit recollit amb PBS;Centrifugueu el PBS i recolliu el precipitant en tubs EP.

Llots

Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote la mostra de fang en un tub EP estèril o un criotub per a la reserva

Mas d'aigua

Per a mostres amb quantitat limitada de microbis, com ara aigua de l'aixeta, aigua de pou, etc., recollir almenys 1 L d'aigua i passar per un filtre de 0,22 μm per enriquir microbians a la membrana.Emmagatzemar la membrana en un tub estèril.

Pell

Raspau amb cura la superfície de la pell amb un cotó estèril o una fulla quirúrgica i col·loqueu-la en un tub estèril.

Lliurament de mostres recomanat

Congeleu les mostres en nitrogen líquid durant 3-4 hores i emmagatzemeu-les en nitrogen líquid o -80 graus per reservar a llarg termini.Cal enviar mostres amb gel sec.

Flux de treball del servei

lliurament de mostres

Lliurament de la mostra

Preparació de la biblioteca

Construcció de la biblioteca

Seqüenciació

Seqüenciació

Anàlisi de dades

Anàlisi de dades

Serveis postvenda

Serveis postvenda


  • Anterior:
  • Pròxim:

  • 1.Distribució de les espècies

    3

    2.Mapa de calor: agrupació de riquesa d'espècies

    4

    3.Corba de facció rara

    5

    4.Anàlisi NMDS

    6

    5.Anàlisi de les mans

    7

     

     

     

    Cas BMK

    Les persones obeses amb i sense diabetis tipus 2 mostren diferents capacitats funcionals microbianes intestinals i composició

    Publicat:Cell Host & Microbe, 2019

    Estratègia de seqüenciació:

    magra sense diabetis (n=633);Obesos no diabetis (n=494);diabetis obesa tipus 2 (n=153);
    Regió objectiu: 16S rDNA V1-V2
    Plataforma: Illumina Miseq (seqüenciació d'amplicons basada en NGS)
    El subconjunt d'extractes d'ADN es va sotmetre a seqüenciació metagenòmica a Illumina Hiseq

    Resultats clau

    Els perfils microbians d'aquestes malalties metabòliques es van diferenciar amb èxit.
    En comparar les característiques microbianes generades per la seqüenciació 16S, es va trobar que l'obesitat s'associava amb canvis en la composició microbiana, característiques individuals, especialment una disminució significativa d'Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, etc. .

    Referència

    Thingholm, LB, et al."Les persones obeses amb i sense diabetis tipus 2 mostren una capacitat i composició funcionals microbianes intestinals diferents".Cèl·lula hoste i microbi26.2 (2019).

     

    obtenir un pressupost

    Escriu el teu missatge aquí i envia'ns-ho

    Envia'ns el teu missatge: