BMKCloud Log in
条形banner-03

Productes

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

La subunitat de l'ARNr 16S i 18S que conté regions molt conservades i hipervariables és una empremta molecular perfecta per a la identificació d'organismes procariotes i eucariotes.Aprofitant la seqüenciació, aquests amplicons es poden orientar en funció de les parts conservades i les regions hipervariables es poden caracteritzar completament per a la identificació microbiana contribuint a estudis que cobreixen l'anàlisi de la diversitat microbiana, la taxonomia, la filogènia, etc. Molècula única en temps real (SMRT). ) de la plataforma PacBio permet obtenir lectures llargues molt precises, que podrien cobrir amplicons de longitud completa (aproximadament 1,5 Kb).L'àmplia visió del camp genètic va millorar molt la resolució en l'anotació d'espècies en la comunitat de bacteris o fongs.

Plataforma:PacBio Seqüela II


Detalls del servei

Resultats de demostració

Cas d'estudi

Avantatges del servei

1

● Lectures llargues que revelen una seqüència completa de 16S/18S/ITS

● Trucades base molt precises amb la seqüenciació en mode PacBio CCS

● Resolució a nivell d'espècie en anotació OTU/ASV

● Últim flux d'anàlisi QIIME2 amb anàlisis diverses en termes de base de dades, anotació, OTU/ASV.

● Aplicable a diversos estudis de comunitats microbianes

● BMK té una àmplia experiència amb més de 100.000 mostres/any, que cobreixen sòl, aigua, gas, fangs, femtes, intestins, pell, brou de fermentació, insectes, plantes, etc.

● BMKCloud va facilitar la interpretació de dades amb 45 eines d'anàlisi personalitzades

Especificacions del servei

SeqüenciacióPlataforma

Biblioteca

Dades recomanades

Temps de resposta

PacBio Seqüela II

SMRT-campana

Etiquetes 5K/10K/20K

44 dies laborables

Anàlisis bioinformàtics

● Control de qualitat de les dades en brut

● Agrupació/eliminació de soroll OTU (ASV)

● Anotació OTU

● Diversitat alfa

● Diversitat beta

● Anàlisi intergrupal

● Anàlisi d'associació contra factors experimentals

● Funció de predicció del gen

16sPacbio

Requisits de mostra i lliurament

Requisits de mostra:

PerExtractes d'ADN:

Tipus de mostra

Import

Concentració

Puresa

Extractes d'ADN

> 1 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Per a mostres ambientals:

Tipus de mostra

Procediment de mostreig recomanat

Sòl

Quantitat de mostreig: aprox.5 g;La substància marcida restant s'ha d'eliminar de la superfície;Tritureu trossos grans i passeu per filtre de 2 mm;Mostres al·lícuotes en tub EP estèril o cirotub per reservar.

Excrements

Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote mostres en tub EP estèril o criotub per a la reserva.

Continguts intestinals

Les mostres s'han de processar en condicions asèptiques.Rentar el teixit recollit amb PBS;Centrifugueu el PBS i recolliu el precipitant en tubs EP.

Llots

Quantitat de mostreig: aprox.5 g;Recolliu i alíquote la mostra de fang en un tub EP estèril o un criotub per a la reserva

Mas d'aigua

Per a mostres amb quantitat limitada de microbis, com ara aigua de l'aixeta, aigua de pou, etc., recollir almenys 1 L d'aigua i passar per un filtre de 0,22 μm per enriquir microbians a la membrana.Emmagatzemar la membrana en un tub estèril.

Pell

Raspau amb cura la superfície de la pell amb un cotó estèril o una fulla quirúrgica i col·loqueu-la en un tub estèril.

Lliurament de mostres recomanat

Congeleu les mostres en nitrogen líquid durant 3-4 hores i emmagatzemeu-les en nitrogen líquid o -80 graus per reservar a llarg termini.Cal enviar mostres amb gel sec.

Flux de treball del servei

lliurament de mostres

Lliurament de la mostra

Preparació de la biblioteca

Construcció de la biblioteca

Seqüenciació

Seqüenciació

Anàlisi de dades

Anàlisi de dades

Serveis postvenda

Serveis postvenda


  • Anterior:
  • Pròxim:

  • 1.Taxa d'anotació del perfil de la comunitat microbiana basat en V3+V4(Illumina) versus el perfil complet (PacBio).
    (Es van aplicar les dades de 30 projectes escollits aleatòriament per a estadístiques)

    3

    2. Taxa d'anotació de la seqüenciació d'amplicons de longitud completa a nivell d'espècie en diferents tipus de mostres

    4

    3.Distribució de les espècies

    5
    4.Arbre filogenètic

    6

    Cas BMK

    L'exposició a l'arsènic indueix danys a la barrera intestinal i la consegüent activació de l'eix intestí-fetge que condueix a la inflamació i la piroptosi del fetge als ànecs.

    Publicat:Ciència del medi ambient total,2021

    Estratègia de seqüenciació:

    Mostres: control vs grup exposat a ATO de 8 mg/kg
    Rendiment de dades de seqüenciació: 102.583 seqüències CCS en brut en total
    Control: 54.518 ± 747 CCS efectius
    Exposició a l'ATO: 45.050 ± 1675 CCS efectius

    Resultats clau

    Diversitat alfa:L'exposició a l'ATO va alterar significativament la riquesa i la diversitat microbiana intestinal dels ànecs.

    Anàlisi de metastàtiques:
    A nivell de fílum: només s'han detectat 2 fílums bacterians en grups control
    A nivell de gènere: es van trobar 6 gèneres significativament diferents en abundància relativa
    A nivell d'espècies: s'han identificat 36 espècies en total, amb 6 d'elles significativament diferents en l'abundància de revivència.

    Referència

    Thingholm, LB, et al."Les persones obeses amb i sense diabetis tipus 2 mostren una capacitat i composició funcionals microbianes intestinals diferents".Cèl·lula hoste i microbi26.2 (2019).

    obtenir un pressupost

    Escriu el teu missatge aquí i envia'ns-ho

    Envia'ns el teu missatge: